转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 66 / 161 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003238 Chr02 NC_080388.1:53648277-53648290promoter 内 290-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 53651988-53659844(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACATTTGACTTTTG
SmilChr06G002296 Chr06 NC_080392.1:33139645-33139658promoter 内 281-294 bp + 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33143365-33147033(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGCTTTGACTTCTC
SmilChr07G002625 Chr07 NC_080393.1:25325150-25325163promoter 内 279-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 25319511-25321441(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATGT
SmilChr02G002877 Chr02 NC_080388.1:49034929-49034942promoter 内 242-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49038688-49045424(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATGT
SmilChr03G004090 Chr03 NC_080389.1:59785328-59785341promoter 内 186-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 59789143-59793198(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATGT
SmilChr07G000178 Chr07 NC_080393.1:1113131-1113144promoter 内 133-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1116999-1124993(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGTTTGACTTTGG
SmilChr01G002949 Chr01 NC_080387.1:48357431-48357444promoter 内 93-106 bp - 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48361339-48364998(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CATAAGTCAACCAT
SmilChr02G002373 Chr02 NC_080388.1:41561316-41561329promoter 内 40-53 bp - 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 41549344-41557368(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACATTTGACTTTTG
SmilChr06G001642 Chr06 NC_080392.1:18559798-18559811promoter 内 3-16 bp + 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 18563796-18570273(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACATTTGACTTTTG
SmilChr04G003134 Chr04 NC_080390.1:47924957-47924970promoter 内 2410-2423 bp - 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 47926548-47928905(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAACCTA
SmilChr05G000800 Chr05 NC_080391.1:6267745-6267758promoter 内 1490-1503 bp - 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 6270256-6271073(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAACATT
SmilChr03G004453 Chr03 NC_080389.1:62649098-62649111promoter 内 3863-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 62649236-62651273(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGAAGTCAACTGA
SmilChr07G003743 Chr07 NC_080393.1:45622535-45622548promoter 内 3217-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 45623319-45633964(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAAAGTCAAAGAA
SmilChr01G001920 Chr01 NC_080387.1:34328448-34328461promoter 内 3115-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 34329334-34330618(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAACATT
SmilChr07G001919 Chr07 NC_080393.1:16609275-16609288promoter 内 2769-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 16603842-16608056(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTAAGTCAACGTT
SmilChr02G002186 Chr02 NC_080388.1:39061802-39061815promoter 内 2728-2741 bp - 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 39063075-39063960(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAACGC
SmilChr02G000914 Chr02 NC_080388.1:15870084-15870097promoter 内 2594-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 15850486-15868690(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGGTTGACTTCTT
SmilChr02G000915 Chr02 NC_080388.1:15870084-15870097promoter 内 2575-2588 bp - 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 15852719-15868671(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGGTTGACTTCTT
SmilChr01G002160 Chr01 NC_080387.1:37602702-37602715promoter 内 2290-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 37604413-37606391(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGTGTTGACTTATT
SmilChr07G004533 Chr07 NC_080393.1:57984732-57984745promoter 内 2217-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 57986516-57989224(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTAAAGTCAACAAC
SmilChr05G002459 Chr05 NC_080391.1:27126326-27126339promoter 内 2173-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 27121433-27124511(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAACATT
SmilChr03G003928 Chr03 NC_080389.1:58368356-58368369promoter 内 1926-1939 bp - 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 58365116-58366294(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAGTTGACTTCTT
SmilChr06G002126 Chr06 NC_080392.1:28589154-28589167promoter 内 1720-1733 bp + 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 28574604-28586886(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAAAGTA
SmilChr01G003073 Chr01 NC_080387.1:49571833-49571846promoter 内 1671-1684 bp + 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 49574163-49579321(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATGTTGACTTTGA
SmilChr02G002184 Chr02 NC_080388.1:39061802-39061815promoter 内 1059-1072 bp - 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 39057442-39058873(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCGTTTGACTTTTC
SmilChr03G003931 Chr03 NC_080389.1:58381849-58381862promoter 内 903-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 58377911-58378764(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAGTTGACTTCTT
SmilChr03G003930 Chr03 NC_080389.1:58368356-58368369promoter 内 730-743 bp - 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 58371627-58374485(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAACTTA
SmilChr03G001131 Chr03 NC_080389.1:13060553-13060566promoter 内 3985-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13060569-13065688(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTAAGTCAACTCT
SmilChr03G001132 Chr03 NC_080389.1:13066382-13066395promoter 内 3970-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13066413-13071497(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTAAGTCAACTCT
SmilChr06G002015 Chr06 NC_080392.1:25905562-25905575promoter 内 3969-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25904667-25905543(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAACATC
SmilChr01G002670 Chr01 NC_080387.1:44914496-44914509promoter 内 3964-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44914533-44918072(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTGC
SmilChr03G000784 Chr03 NC_080389.1:8940263-8940276promoter 内 3903-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 8937178-8940178(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAAGAG
SmilChr04G002838 Chr04 NC_080390.1:44522410-44522423promoter 内 3844-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44522567-44527405(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAACCA
SmilChr06G000665 Chr06 NC_080392.1:5847982-5847995promoter 内 3826-3839 bp + 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 5848157-5849913(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCCTTTGACTTTAT
SmilChr01G001043 Chr01 NC_080387.1:21678089-21678102promoter 内 3810-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 21673892-21677911(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTTGTTGACTTTAC
SmilChr01G002334 Chr01 NC_080387.1:40500147-40500160promoter 内 3810-3823 bp - 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 40495964-40499969(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTTGTTGACTTTAC
SmilChr03G003312 Chr03 NC_080389.1:51368119-51368132promoter 内 3777-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 51368343-51369923(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTAAAGTCAACAAC
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SmilChr02G000144 Chr02 NC_080388.1:1934792-1934805promoter 内 3494-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1935299-1938061(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACTTTGACTTTGG
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SmilChr01G001919 Chr01 NC_080387.1:34328448-34328461promoter 内 3148-3161 bp - 840 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34324330-34327608(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATGTTGACTTTGA
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