转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 67 / 149 下载 TSV

上一页 67 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000030 Chr03 NC_080389.1:374932-374946promoter 内 778-792 bp - 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 378155-379450(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CCAGTGGATAAGCTT
SmilChr01G006057 Chr01 NC_080387.1:76030615-76030629promoter 内 642-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 76033974-76039301(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGACTTATCCATTTA
SmilChr02G001842 Chr02 NC_080388.1:33622129-33622143promoter 内 568-582 bp + 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33615806-33618710(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTTCAGATAAGGTT
SmilChr01G001993 Chr01 NC_080387.1:35324890-35324904promoter 内 567-581 bp - 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35328324-35336128(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATATGGAT
SmilChr01G001055 Chr01 NC_080387.1:21894624-21894638promoter 内 513-527 bp - 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 21887929-21891150(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCTTTATCCATTTC
SmilChr04G003886 Chr04 NC_080390.1:54686592-54686606promoter 内 467-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54681522-54683072(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCGCAGA
SmilChr01G002032 Chr01 NC_080387.1:35934047-35934061promoter 内 442-456 bp - 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35927524-35930502(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCATATCCATATC
SmilChr01G002044 Chr01 NC_080387.1:36174309-36174323promoter 内 427-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 36177883-36180840(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCATATCCATATC
SmilChr04G001143 Chr04 NC_080390.1:16830275-16830289promoter 内 358-372 bp - 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16833918-16835681(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAATGGATAAAGAG
SmilChr04G003617 Chr04 NC_080390.1:52675013-52675027promoter 内 321-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52669016-52671347(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTCCTTATCTACTTC
SmilChr03G000650 Chr03 NC_080389.1:7242051-7242065promoter 内 280-294 bp - 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7237817-7238344(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGCATTATCCACTTA
SmilChr03G000913 Chr03 NC_080389.1:10452882-10452896promoter 内 277-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10456606-10459868(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAAGAA
SmilChr02G003428 Chr02 NC_080388.1:55514394-55514408promoter 内 266-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55508429-55510673(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCATTATCCAAACC
SmilChr03G004047 Chr03 NC_080389.1:59440418-59440432promoter 内 230-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59444189-59446271(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCTTTATCCAATAA
SmilChr02G002090 Chr02 NC_080388.1:37496987-37497001promoter 内 220-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37487786-37493220(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAAAGGATAAGGGA
SmilChr01G006073 Chr01 NC_080387.1:76163058-76163072promoter 内 199-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 76166860-76175433(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCTTTATCCATTTC
SmilChr01G004926 Chr01 NC_080387.1:67339427-67339441promoter 内 140-154 bp - 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 67332558-67335580(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCATTATCCAAACC
SmilChr03G001374 Chr03 NC_080389.1:16203086-16203100promoter 内 130-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16196523-16199229(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGTTTGGATAATGAG
SmilChr01G004754 Chr01 NC_080387.1:65739955-65739969promoter 内 119-133 bp + 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 65743837-65744217(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCTTTATCCAATCG
SmilChr02G003430 Chr02 NC_080388.1:55520247-55520261promoter 内 15-29 bp + 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55524233-55529275(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCCGAAGA
SmilChr01G005659 Chr01 NC_080387.1:72932642-72932656promoter 内 13-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72936630-72940415(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATGGATAAGCGT
SmilChr01G002075 Chr01 NC_080387.1:36701337-36701351promoter 内 3384-3398 bp + 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 36699589-36700734(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAAGTTG
SmilChr04G003352 Chr04 NC_080390.1:50126663-50126677promoter 内 2638-2652 bp - 1349 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 50128026-50131833(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAAAAGATAAGGTA
SmilChr04G003351 Chr04 NC_080390.1:50126663-50126677promoter 内 1260-1274 bp - 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 50121532-50123936(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCTTTTAT
SmilChr01G005427 Chr01 NC_080387.1:71450632-71450646promoter 内 3043-3057 bp - 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 71448583-71449688(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGCTTATCCTTTTT
SmilChr01G002920 Chr01 NC_080387.1:47974458-47974472promoter 内 2382-2396 bp - 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 47970777-47972853(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTAATCCATATT
SmilChr04G003863 Chr04 NC_080390.1:54556446-54556460promoter 内 1962-1976 bp + 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 54558485-54562023(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCAAAAA
SmilChr01G004676 Chr01 NC_080387.1:64859927-64859941promoter 内 1666-1680 bp + 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 64853565-64857606(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATGGATAATTTT
SmilChr02G004572 Chr02 NC_080388.1:68217382-68217396promoter 内 1092-1106 bp - 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 68220291-68226607(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATAAGGATAAGCCT
SmilChr03G003886 Chr03 NC_080389.1:57939545-57939559promoter 内 36-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 57928068-57935594(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCTTTGGATAAAGCT
SmilChr01G003105 Chr01 NC_080387.1:49856741-49856755promoter 内 3811-3825 bp + 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 49856931-49862217(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCACATC
SmilChr04G003782 Chr04 NC_080390.1:53994153-53994167promoter 内 3792-3806 bp + 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 53994362-53998106(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACTTCATCCATATC
SmilChr03G000550 Chr03 NC_080389.1:5958994-5959008promoter 内 3723-3737 bp + 264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 5959272-5962864(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAAATTATCCATAAT
SmilChr01G005268 Chr01 NC_080387.1:70124126-70124140promoter 内 3660-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 70124467-70125279(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTATTATCCAATAT
SmilChr04G004021 Chr04 NC_080390.1:55448165-55448179promoter 内 3611-3625 bp - 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 55448555-55454161(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTGGATAATTTT
SmilChr01G002608 Chr01 NC_080387.1:44270666-44270680promoter 内 3532-3546 bp - 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 44269414-44270211(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCATATA
SmilChr04G003674 Chr04 NC_080390.1:53202245-53202259promoter 内 3531-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 53200836-53201789(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTTATCCAAATT
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