转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 68 / 136 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002130 Chr08 NC_080394.1:19174684-19174694promoter 内 313-323 bp + 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 19178372-19181748(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCG
SmilChr05G000080 Chr05 NC_080391.1:433303-433313promoter 内 302-312 bp + 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 428497-429614(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr02G001615 Chr02 NC_080388.1:30093354-30093364promoter 内 296-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30088731-30089659(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr03G001069 Chr03 NC_080389.1:12396547-12396557promoter 内 296-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12391736-12392852(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr02G001590 Chr02 NC_080388.1:29649203-29649213promoter 内 287-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 29644545-29645499(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr07G002883 Chr07 NC_080393.1:29058105-29058115promoter 内 278-288 bp + 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 29051272-29054392(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGGGTC
SmilChr03G003944 Chr03 NC_080389.1:58520400-58520410promoter 内 268-278 bp - 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 58507257-58516677(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCG
SmilChr08G003161 Chr08 NC_080394.1:32207619-32207629promoter 内 251-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32201879-32203879(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr01G001809 Chr01 NC_080387.1:33027748-33027758promoter 内 221-231 bp + 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 33023165-33023978(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr01G000210 Chr01 NC_080387.1:3702306-3702316promoter 内 198-208 bp + 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 3706109-3707727(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGGTCAGCGCA
SmilChr03G002066 Chr03 NC_080389.1:31525441-31525451promoter 内 160-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 31529282-31530244(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr06G002364 Chr06 NC_080392.1:34450607-34450617promoter 内 160-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34454448-34454903(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr04G000358 Chr04 NC_080390.1:3451953-3451963promoter 内 156-166 bp - 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 3455798-3456654(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr08G003536 Chr08 NC_080394.1:37984861-37984871promoter 内 129-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 37980893-37980999(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGGGCTGAGCC
SmilChr08G004257 Chr08 NC_080394.1:52073891-52073901promoter 内 124-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 52057989-52070024(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGTA
SmilChr07G002669 Chr07 NC_080393.1:25980696-25980706promoter 内 114-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 25984583-25985245(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr06G001498 Chr06 NC_080392.1:16038050-16038060promoter 内 57-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16031727-16034116(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGGTCAGCGCT
SmilChr03G000736 Chr03 NC_080389.1:8309824-8309834promoter 内 47-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 8313778-8314274(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr01G003490 Chr01 NC_080387.1:53450150-53450160promoter 内 44-54 bp - 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53454107-53456184(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGACCC
SmilChr06G001861 Chr06 NC_080392.1:22042603-22042613promoter 内 39-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 22046565-22050595(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr07G004661 Chr07 NC_080393.1:59513677-59513687promoter 内 33-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59508488-59509719(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGGGCTGAGCG
SmilChr04G003827 Chr04 NC_080390.1:54366262-54366272promoter 内 3703-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 54366560-54368416(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGTT
SmilChr03G001051 Chr03 NC_080389.1:12237184-12237194promoter 内 720-730 bp - 3271 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 12233248-12233913(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAG
SmilChr07G002679 Chr07 NC_080393.1:26187755-26187765promoter 内 12-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 26191744-26199892(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTG
SmilChr08G004807 Chr08 NC_080394.1:57383149-57383159promoter 内 3918-3928 bp + 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 57383232-57391037(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGGA
SmilChr05G002354 Chr05 NC_080391.1:25549861-25549871promoter 内 3708-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 25549507-25549578(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGGA
SmilChr06G001379 Chr06 NC_080392.1:14452754-14452764promoter 内 3624-3634 bp + 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 14453131-14453901(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTG
SmilChr05G002353 Chr05 NC_080391.1:25549861-25549871promoter 内 3516-3526 bp - 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 25549304-25549386(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGGA
SmilChr07G000993 Chr07 NC_080393.1:7230481-7230491promoter 内 3450-3460 bp + 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 7228743-7229940(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGTT
SmilChr02G004709 Chr02 NC_080388.1:69361688-69361698promoter 内 3448-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69362241-69363486(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAG
SmilChr01G002931 Chr01 NC_080387.1:48094068-48094078promoter 内 3401-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 48090316-48093478(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTG
SmilChr08G002081 Chr08 NC_080394.1:18703794-18703804promoter 内 3340-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 18704455-18708320(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGTT
SmilChr03G003477 Chr03 NC_080389.1:53310130-53310140promoter 内 3277-3287 bp - 714 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 53310854-53316655(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGTT
SmilChr04G003834 Chr04 NC_080390.1:54386082-54386092promoter 内 3160-3170 bp - 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54386923-54390307(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCCGCTGAGTT
SmilChr07G002131 Chr07 NC_080393.1:19478211-19478221promoter 内 3115-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 19479097-19485668(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACTCAGCGGA
SmilChr02G005500 Chr02 NC_080388.1:75144665-75144675promoter 内 2966-2976 bp - 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 75145700-75149372(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CAGGCTGAGCC
SmilChr02G004708 Chr02 NC_080388.1:69361688-69361698promoter 内 2961-2971 bp + 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69357387-69360658(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGG
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SmilChr07G001342 Chr07 NC_080393.1:10377709-10377719promoter 内 1902-1912 bp + 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 10379808-10384568(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTG
SmilChr05G000532 Chr05 NC_080391.1:4075831-4075841promoter 内 1689-1699 bp + 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4072232-4073529(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCGCTGAGGG
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