靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00007048-RA_Salv |
SmilChr02G004600 |
ARF | XP_057791481.1 |
MP00574 |
ATCCGACAAA |
9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 68 / 147 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr03G001294 |
Chr03 | NC_080389.1:15151942-15151951promoter 内 1193-1202 bp |
- | 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 15132815-15149143(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AACCGACAAC |
SmilChr01G003783 |
Chr01 | NC_080387.1:56213991-56214000promoter 内 1174-1183 bp |
- | 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 56216818-56219149(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GCTGTCGGAA |
SmilChr03G002910 |
Chr03 | NC_080389.1:45860235-45860244promoter 内 1164-1173 bp |
+ | 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 45856219-45857407(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGTT |
SmilChr01G002731 |
Chr01 | NC_080387.1:45661324-45661333promoter 内 1123-1132 bp |
- | 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 45664202-45666868(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGGG |
SmilChr03G001495 |
Chr03 | NC_080389.1:18245277-18245286promoter 内 1120-1129 bp |
- | 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 18238920-18242405(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACACG |
SmilChr03G000602 |
Chr03 | NC_080389.1:6675703-6675712promoter 内 1108-1117 bp |
- | 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 6678596-6681405(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGGG |
SmilChr02G005449 |
Chr02 | NC_080388.1:74849540-74849549promoter 内 1087-1096 bp |
+ | 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 74843521-74846635(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GCTGTCGGAA |
SmilChr02G003361 |
Chr02 | NC_080388.1:54739666-54739675promoter 内 1074-1083 bp |
- | 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 54742593-54743716(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGTT |
SmilChr01G006198 |
Chr01 | NC_080387.1:77659037-77659046promoter 内 1034-1043 bp |
- | 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 77662004-77666613(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAA |
SmilChr03G001300 |
Chr03 | NC_080389.1:15227778-15227787promoter 内 1029-1038 bp |
- | 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 15222696-15224815(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CCCCGACAAA |
SmilChr04G000807 |
Chr04 | NC_080390.1:9977722-9977731promoter 内 1023-1032 bp |
- | 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 9971240-9974753(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CCCCGACAAA |
SmilChr03G002413 |
Chr03 | NC_080389.1:38376748-38376757promoter 内 1000-1009 bp |
- | 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 38372638-38373756(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAGC |
SmilChr03G002415 |
Chr03 | NC_080389.1:38383040-38383049promoter 内 1000-1009 bp |
- | 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 38378930-38380048(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAGC |
SmilChr01G004457 |
Chr01 | NC_080387.1:62688783-62688792promoter 内 999-1008 bp |
+ | 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 62691785-62695137(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TGCCGACAAT |
SmilChr02G002668 |
Chr02 | NC_080388.1:46183917-46183926promoter 内 993-1002 bp |
- | 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 46186925-46187875(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GCTGTCGGAA |
SmilChr02G000487 |
Chr02 | NC_080388.1:6642763-6642772promoter 内 982-991 bp |
+ | 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 6636649-6639753(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAA |
SmilChr01G000366 |
Chr01 | NC_080387.1:7569887-7569896promoter 内 980-989 bp |
+ | 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 7572908-7575735(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AACCGACAAC |
SmilChr01G005182 |
Chr01 | NC_080387.1:69533906-69533915promoter 内 970-979 bp |
- | 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 69536937-69538900(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAA |
SmilChr01G003310 |
Chr01 | NC_080387.1:51792276-51792285promoter 内 962-971 bp |
- | 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 51785927-51789246(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CACCGACAAC |
SmilChr01G001097 |
Chr01 | NC_080387.1:22467722-22467731promoter 内 960-969 bp |
+ | 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 22464592-22464690(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAA |
SmilChr01G001513 |
Chr01 | NC_080387.1:28963137-28963146promoter 内 950-959 bp |
- | 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 28966188-28971360(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAA |
SmilChr03G000528 |
Chr03 | NC_080389.1:5656334-5656343promoter 内 941-950 bp |
+ | 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 5651875-5653283(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGGG |
SmilChr04G000429 |
Chr04 | NC_080390.1:4536932-4536941promoter 内 911-920 bp |
+ | 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 4540022-4540933(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAGC |
SmilChr02G002824 |
Chr02 | NC_080388.1:48356095-48356104promoter 内 902-911 bp |
- | 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 48351833-48353005(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAGC |
SmilChr01G003504 |
Chr01 | NC_080387.1:53622800-53622809promoter 内 896-905 bp |
+ | 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 53617154-53619704(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGAA |
SmilChr02G002500 |
Chr02 | NC_080388.1:43453773-43453782promoter 内 893-902 bp |
+ | 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 43449618-43450674(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GCTGTCGGAA |
SmilChr01G005283 |
Chr01 | NC_080387.1:70208250-70208259promoter 内 890-899 bp |
- | 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 70211361-70212134(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GCTGTCGGAA |
SmilChr02G003166 |
Chr02 | NC_080388.1:52694750-52694759promoter 内 882-891 bp |
- | 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 52684719-52691640(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAGC |
SmilChr04G001383 |
Chr04 | NC_080390.1:22490310-22490319promoter 内 852-861 bp |
- | 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 22484790-22487170(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
AACCGACAAC |
SmilChr01G000065 |
Chr01 | NC_080387.1:1094745-1094754promoter 内 837-846 bp |
- | 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 1072493-1091590(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAGC |
SmilChr03G003842 |
Chr03 | NC_080389.1:57543003-57543012promoter 内 817-826 bp |
- | 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 57546187-57552597(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGTT |
SmilChr03G003837 |
Chr03 | NC_080389.1:57516507-57516516promoter 内 814-823 bp |
- | 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 57519694-57522590(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGTT |
SmilChr01G003494 |
Chr01 | NC_080387.1:53549946-53549955promoter 内 809-818 bp |
- | 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 53541977-53546763(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GACCGACAAG |
SmilChr02G002720 |
Chr02 | NC_080388.1:47042360-47042369promoter 内 772-781 bp |
- | 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 47031540-47039140(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAAC |
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Chr02 | NC_080388.1:15331759-15331768promoter 内 762-771 bp |
+ | 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 15334998-15339992(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TGCCGACAAT |
SmilChr02G000632 |
Chr02 | NC_080388.1:9509176-9509185promoter 内 759-768 bp |
- | 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 9512418-9513257(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGTG |
SmilChr03G003617 |
Chr03 | NC_080389.1:54836159-54836168promoter 内 758-767 bp |
- | 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 54839402-54842407(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGTT |
SmilChr02G001045 |
Chr02 | NC_080388.1:18512210-18512219promoter 内 754-763 bp |
+ | 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 18507736-18508972(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGTT |
SmilChr01G005624 |
Chr01 | NC_080387.1:72715475-72715484promoter 内 735-744 bp |
- | 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 72718741-72722620(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGGG |
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+ | 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 6882747-6883700(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGGG |
SmilChr04G000320 |
Chr04 | NC_080390.1:2917674-2917683promoter 内 730-739 bp |
- | 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 2920945-2921988(+) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
ATTGTCGGCA |
SmilChr01G005531 |
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SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACACG |
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+ | 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 64882647-64883991(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
GTTGTCGGTT |
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SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CACCGACAAC |
SmilChr03G002568 |
Chr03 | NC_080389.1:40875322-40875331promoter 内 659-668 bp |
+ | 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 40871282-40871989(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTTGTCGGGG |
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SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CCCCGACAAA |
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- | 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 3409304-3410734(-) |
SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
TTCCGACAGC |
SmilChr04G001407 |
Chr04 | NC_080390.1:22897446-22897455promoter 内 637-646 bp |
+ | 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 22892157-22894091(-) |
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MP00574 |
CTTGTCGGTC |
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+ | 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.0/ 100 | 1 | 58325837-58328573(-) |
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SMil_00007048-RA_Salv |
MP00574 |
CTTGTCGGTC |