转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 68 / 147 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001294 Chr03 NC_080389.1:15151942-15151951promoter 内 1193-1202 bp - 2799 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 15132815-15149143(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAC
SmilChr01G003783 Chr01 NC_080387.1:56213991-56214000promoter 内 1174-1183 bp - 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 56216818-56219149(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAA
SmilChr03G002910 Chr03 NC_080389.1:45860235-45860244promoter 内 1164-1173 bp + 2828 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45856219-45857407(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGTT
SmilChr01G002731 Chr01 NC_080387.1:45661324-45661333promoter 内 1123-1132 bp - 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45664202-45666868(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGGG
SmilChr03G001495 Chr03 NC_080389.1:18245277-18245286promoter 内 1120-1129 bp - 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 18238920-18242405(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACACG
SmilChr03G000602 Chr03 NC_080389.1:6675703-6675712promoter 内 1108-1117 bp - 2884 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 6678596-6681405(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGGG
SmilChr02G005449 Chr02 NC_080388.1:74849540-74849549promoter 内 1087-1096 bp + 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 74843521-74846635(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAA
SmilChr02G003361 Chr02 NC_080388.1:54739666-54739675promoter 内 1074-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 54742593-54743716(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGTT
SmilChr01G006198 Chr01 NC_080387.1:77659037-77659046promoter 内 1034-1043 bp - 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 77662004-77666613(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAA
SmilChr03G001300 Chr03 NC_080389.1:15227778-15227787promoter 内 1029-1038 bp - 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 15222696-15224815(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CCCCGACAAA
SmilChr04G000807 Chr04 NC_080390.1:9977722-9977731promoter 内 1023-1032 bp - 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 9971240-9974753(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CCCCGACAAA
SmilChr03G002413 Chr03 NC_080389.1:38376748-38376757promoter 内 1000-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 38372638-38373756(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGC
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38383040-38383049promoter 内 1000-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGC
SmilChr01G004457 Chr01 NC_080387.1:62688783-62688792promoter 内 999-1008 bp + 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 62691785-62695137(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGCCGACAAT
SmilChr02G002668 Chr02 NC_080388.1:46183917-46183926promoter 内 993-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 46186925-46187875(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAA
SmilChr02G000487 Chr02 NC_080388.1:6642763-6642772promoter 内 982-991 bp + 3010 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 6636649-6639753(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAA
SmilChr01G000366 Chr01 NC_080387.1:7569887-7569896promoter 内 980-989 bp + 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 7572908-7575735(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAC
SmilChr01G005182 Chr01 NC_080387.1:69533906-69533915promoter 内 970-979 bp - 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69536937-69538900(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAA
SmilChr01G003310 Chr01 NC_080387.1:51792276-51792285promoter 内 962-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 51785927-51789246(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CACCGACAAC
SmilChr01G001097 Chr01 NC_080387.1:22467722-22467731promoter 内 960-969 bp + 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 22464592-22464690(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAA
SmilChr01G001513 Chr01 NC_080387.1:28963137-28963146promoter 内 950-959 bp - 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 28966188-28971360(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAA
SmilChr03G000528 Chr03 NC_080389.1:5656334-5656343promoter 内 941-950 bp + 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 5651875-5653283(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGGGG
SmilChr04G000429 Chr04 NC_080390.1:4536932-4536941promoter 内 911-920 bp + 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4540022-4540933(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGC
SmilChr02G002824 Chr02 NC_080388.1:48356095-48356104promoter 内 902-911 bp - 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 48351833-48353005(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGC
SmilChr01G003504 Chr01 NC_080387.1:53622800-53622809promoter 内 896-905 bp + 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53617154-53619704(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGAA
SmilChr02G002500 Chr02 NC_080388.1:43453773-43453782promoter 内 893-902 bp + 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 43449618-43450674(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAA
SmilChr01G005283 Chr01 NC_080387.1:70208250-70208259promoter 内 890-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 70211361-70212134(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCTGTCGGAA
SmilChr02G003166 Chr02 NC_080388.1:52694750-52694759promoter 内 882-891 bp - 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 52684719-52691640(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGC
SmilChr04G001383 Chr04 NC_080390.1:22490310-22490319promoter 内 852-861 bp - 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 22484790-22487170(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 AACCGACAAC
SmilChr01G000065 Chr01 NC_080387.1:1094745-1094754promoter 内 837-846 bp - 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1072493-1091590(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAGC
SmilChr03G003842 Chr03 NC_080389.1:57543003-57543012promoter 内 817-826 bp - 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 57546187-57552597(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGTT
SmilChr03G003837 Chr03 NC_080389.1:57516507-57516516promoter 内 814-823 bp - 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 57519694-57522590(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGTT
SmilChr01G003494 Chr01 NC_080387.1:53549946-53549955promoter 内 809-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53541977-53546763(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GACCGACAAG
SmilChr02G002720 Chr02 NC_080388.1:47042360-47042369promoter 内 772-781 bp - 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47031540-47039140(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTCCGACAAC
SmilChr02G000891 Chr02 NC_080388.1:15331759-15331768promoter 内 762-771 bp + 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 15334998-15339992(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TGCCGACAAT
SmilChr02G000632 Chr02 NC_080388.1:9509176-9509185promoter 内 759-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 9512418-9513257(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGTG
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