转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 68 / 142 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005047 Chr01 NC_080387.1:68408037-68408051promoter 内 712-726 bp - 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 68401320-68404762(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCTACTG
SmilChr04G003267 Chr04 NC_080390.1:49376116-49376130promoter 内 698-712 bp - 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49379419-49384245(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTAGGGTAGGTGAT
SmilChr05G000245 Chr05 NC_080391.1:1883535-1883549promoter 内 678-692 bp + 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 1875483-1880226(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTGCAGTAGGTGAA
SmilChr01G005244 Chr01 NC_080387.1:69959149-69959163promoter 内 660-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69962490-69962883(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGCAGTTAGGTGGG
SmilChr01G000927 Chr01 NC_080387.1:19663270-19663284promoter 内 650-664 bp - 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 19658453-19659933(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCAGCTA
SmilChr02G003638 Chr02 NC_080388.1:57746559-57746573promoter 内 628-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 57742456-57743200(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACTTCCAC
SmilChr05G002877 Chr05 NC_080391.1:34450432-34450446promoter 内 613-627 bp - 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34445134-34447058(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCAAGAA
SmilChr02G002281 Chr02 NC_080388.1:40298494-40298508promoter 内 545-559 bp - 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 40288991-40295052(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCAACAACCACCAA
SmilChr06G001386 Chr06 NC_080392.1:14511627-14511641promoter 内 323-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 14504566-14507963(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCTACC
SmilChr07G002497 Chr07 NC_080393.1:23702608-23702622promoter 内 287-301 bp - 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 23706322-23709184(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTAGTAGGTGTA
SmilChr02G002201 Chr02 NC_080388.1:39238727-39238741promoter 内 272-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39230773-39235012(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGAGGTAGGTGTT
SmilChr02G000689 Chr02 NC_080388.1:10983356-10983370promoter 内 142-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10975909-10979511(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACAACTACCACTAT
SmilChr02G004630 Chr02 NC_080388.1:68775262-68775276promoter 内 1623-1637 bp + 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 68777640-68785367(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCGTGGG
SmilChr08G001843 Chr08 NC_080394.1:15805142-15805156promoter 内 1619-1633 bp + 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 15807524-15814605(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCAAAGT
SmilChr02G005533 Chr02 NC_080388.1:75375253-75375267promoter 内 3973-3987 bp - 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 75370224-75375239(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCTACGT
SmilChr05G000420 Chr05 NC_080391.1:3174677-3174691promoter 内 3871-3885 bp - 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 3174807-3178989(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACGGTAGGTAGG
SmilChr08G001941 Chr08 NC_080394.1:17044826-17044840promoter 内 3553-3567 bp - 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 17043379-17044392(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCAACAACCACCAA
SmilChr01G004993 Chr01 NC_080387.1:67971602-67971616promoter 内 1736-1750 bp - 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 67966518-67969351(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCGTGGG
SmilChr03G000250 Chr03 NC_080389.1:2941816-2941830promoter 内 1581-1595 bp + 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 2944236-2951268(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTGGAG
SmilChr03G002169 Chr03 NC_080389.1:33742702-33742716promoter 内 1088-1102 bp + 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 33738165-33739803(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGATGGTAGGTATG
SmilChr04G000464 Chr04 NC_080390.1:4950451-4950465promoter 内 1033-1047 bp - 2954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 4953419-4958842(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTTGGTAGGTGTA
SmilChr07G001500 Chr07 NC_080393.1:11924332-11924346promoter 内 187-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 11928146-11963560(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCAACCGCCACCAC
SmilChr02G004628 Chr02 NC_080388.1:68775262-68775276promoter 内 125-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 68769284-68771400(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACGGTAGGTAGG
SmilChr04G003339 Chr04 NC_080390.1:50063745-50063759promoter 内 3952-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50063794-50066373(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCTTATA
SmilChr01G005930 Chr01 NC_080387.1:75082384-75082398promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 75081009-75082346(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGTGGGTAGGTGAT
SmilChr03G002664 Chr03 NC_080389.1:42300061-42300075promoter 内 3841-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 42300221-42301075(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGATGGTAGGTAGT
SmilChr02G002684 Chr02 NC_080388.1:46499477-46499491promoter 内 3813-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46492875-46499303(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCACTAA
SmilChr02G002660 Chr02 NC_080388.1:46024155-46024169promoter 内 3802-3816 bp - 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 46021666-46023970(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGATGG
SmilChr07G000759 Chr07 NC_080393.1:5337977-5337991promoter 内 3776-3790 bp + 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5337013-5337766(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTAGTTAAA
SmilChr07G000760 Chr07 NC_080393.1:5342937-5342951promoter 内 3775-3789 bp + 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5342012-5342725(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTAGTTAAA
SmilChr04G003119 Chr04 NC_080390.1:47756551-47756565promoter 内 3731-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 47756821-47758790(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTACCTACCTCTAT
SmilChr08G002738 Chr08 NC_080394.1:27000716-27000730promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 26997190-27000441(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAAAAGTAGGTGGG
SmilChr07G000734 Chr07 NC_080393.1:5108874-5108888promoter 内 3636-3650 bp - 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5109239-5114124(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAATGGTAGGTGGT
SmilChr01G005931 Chr01 NC_080387.1:75082384-75082398promoter 内 3585-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 75082800-75084372(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCT
SmilChr01G005909 Chr01 NC_080387.1:74948075-74948089promoter 内 3519-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 74948557-74950133(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCACCT
SmilChr01G001620 Chr01 NC_080387.1:30303616-30303630promoter 内 3514-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 30300687-30303143(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCAAGTT
SmilChr08G004500 Chr08 NC_080394.1:54620408-54620422promoter 内 3506-3520 bp - 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54619052-54619927(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTACTAC
SmilChr04G004010 Chr04 NC_080390.1:55417313-55417327promoter 内 3492-3506 bp + 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 55417822-55418714(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCACTTG
SmilChr08G003065 Chr08 NC_080394.1:30836547-30836561promoter 内 3445-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 30834457-30836005(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTGCTAC
SmilChr07G001035 Chr07 NC_080393.1:7556028-7556042promoter 内 3411-3425 bp + 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 7551094-7555452(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGACAGGTAGGTGAA
SmilChr02G002577 Chr02 NC_080388.1:44818248-44818262promoter 内 3345-3359 bp + 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 44818904-44820917(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATACCTACCTACAC
SmilChr05G001326 Chr05 NC_080391.1:11445470-11445484promoter 内 3314-3328 bp + 673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 11446157-11452769(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCACTTG
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