转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 68 / 129 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005184 Chr01 NC_080387.1:69550767-69550774promoter 内 3050-3057 bp - 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 69544994-69549823(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G003696 Chr01 NC_080387.1:55333034-55333041promoter 内 3044-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 55333991-55336720(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G004579 Chr01 NC_080387.1:63846303-63846310promoter 内 3038-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 63843623-63845347(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G004566 Chr01 NC_080387.1:63733059-63733066promoter 内 3022-3029 bp - 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 63727451-63732087(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G004646 Chr01 NC_080387.1:64520202-64520209promoter 内 2981-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 64517654-64519189(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G003341 Chr02 NC_080388.1:54623846-54623853promoter 内 2939-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 54624908-54629749(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G005716 Chr01 NC_080387.1:73365148-73365155promoter 内 2931-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 73366218-73368088(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G001728 Chr02 NC_080388.1:31778052-31778059promoter 内 2925-2932 bp - 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 31779128-31781707(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G001870 Chr02 NC_080388.1:33979085-33979092promoter 内 2921-2928 bp - 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 33980165-33981871(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G004344 Chr02 NC_080388.1:65731958-65731965promoter 内 2907-2914 bp + 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 65730087-65730871(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G000649 Chr01 NC_080387.1:14485226-14485233promoter 内 2885-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 14481123-14484117(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G000113 Chr02 NC_080388.1:1430575-1430582promoter 内 2883-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 1427366-1429464(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G002558 Chr01 NC_080387.1:43714687-43714694promoter 内 2881-2888 bp - 1113 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 43703415-43713574(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G000174 Chr01 NC_080387.1:2846475-2846482promoter 内 2865-2872 bp - 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 2841535-2845346(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr03G000520 Chr03 NC_080389.1:5595528-5595535promoter 内 2861-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 5596668-5597834(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G003791 Chr02 NC_080388.1:59567933-59567940promoter 内 2848-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 59569086-59572242(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G005453 Chr01 NC_080387.1:71582072-71582079promoter 内 2832-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 71575679-71580910(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G005565 Chr01 NC_080387.1:72444621-72444628promoter 内 2820-2827 bp - 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 72445802-72448002(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G004548 Chr02 NC_080388.1:68029199-68029206promoter 内 2817-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 68021422-68028022(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G005609 Chr01 NC_080387.1:72643250-72643257promoter 内 2814-2821 bp - 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 72636647-72642070(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G003495 Chr01 NC_080387.1:53555275-53555282promoter 内 2803-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 53550772-53554084(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G002937 Chr01 NC_080387.1:48148340-48148347promoter 内 2793-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 48149548-48151258(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G001679 Chr02 NC_080388.1:31020737-31020744promoter 内 2779-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 31017863-31019522(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G003392 Chr01 NC_080387.1:52646005-52646012promoter 内 2774-2781 bp + 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 52644354-52644785(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G005466 Chr01 NC_080387.1:71653560-71653567promoter 内 2769-2776 bp - 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 71654792-71658420(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G005483 Chr02 NC_080388.1:75037579-75037586promoter 内 2769-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 75034610-75036354(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G004866 Chr01 NC_080387.1:66785357-66785364promoter 内 2759-2766 bp + 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 66786599-66790422(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G001135 Chr01 NC_080387.1:23131289-23131296promoter 内 2758-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 23125739-23130053(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G003647 Chr01 NC_080387.1:54948390-54948397promoter 内 2748-2755 bp + 1246 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 54949643-54949781(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G003427 Chr01 NC_080387.1:52933609-52933616promoter 内 2737-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 52929091-52932352(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G001752 Chr02 NC_080388.1:32211845-32211852promoter 内 2727-2734 bp - 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 32208725-32210578(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G003578 Chr02 NC_080388.1:56948666-56948673promoter 内 2723-2730 bp + 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 56949944-56951287(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G003315 Chr02 NC_080388.1:54406181-54406188promoter 内 2712-2719 bp + 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 54399664-54404899(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G002277 Chr01 NC_080387.1:39532542-39532549promoter 内 2692-2699 bp + 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 39533851-39537286(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G004020 Chr01 NC_080387.1:58594890-58594897promoter 内 2684-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 58591649-58593580(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G002439 Chr01 NC_080387.1:41975349-41975356promoter 内 2672-2679 bp - 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 41968455-41974027(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
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