转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019310-RA_Salv SmilChr01G001516 bZIP XP_057803325.1 MP00648 ACACGTGG

可能结合的靶基因

9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 69 / 124 下载 TSV

上一页 69 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001110 Chr04 NC_080390.1:15934032-15934039promoter 内 3695-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 15929849-15933733(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G001528 Chr03 NC_080389.1:19043259-19043266promoter 内 3691-3698 bp - 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 19040345-19042956(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G002721 Chr05 NC_080391.1:31311229-31311236promoter 内 3691-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 31311539-31316331(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G002608 Chr02 NC_080388.1:45240112-45240119promoter 内 3683-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 45237515-45239801(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G000309 Chr03 NC_080389.1:3538603-3538610promoter 内 3677-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 3537024-3538286(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G005538 Chr02 NC_080388.1:75412205-75412212promoter 内 3671-3678 bp - 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 75408257-75411882(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G001152 Chr02 NC_080388.1:20976026-20976033promoter 内 3666-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 20976361-20982168(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G002889 Chr01 NC_080387.1:47578491-47578498promoter 内 3654-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 47578838-47585690(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr06G002385 Chr06 NC_080392.1:34665397-34665404promoter 内 3654-3661 bp - 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 34659935-34665057(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G001336 Chr03 NC_080389.1:15599274-15599281promoter 内 3647-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 15595801-15598927(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G001700 Chr04 NC_080390.1:28128342-28128349promoter 内 3639-3646 bp - 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 28124056-28127987(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G002825 Chr02 NC_080388.1:48355029-48355036promoter 内 3637-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 48355393-48357723(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G002798 Chr04 NC_080390.1:43889210-43889217promoter 内 3637-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 43886863-43888853(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr06G000643 Chr06 NC_080392.1:5699355-5699362promoter 内 3635-3642 bp - 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 5698318-5698996(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G003820 Chr03 NC_080389.1:57265030-57265037promoter 内 3634-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 57259763-57264670(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G000235 Chr02 NC_080388.1:3014078-3014085promoter 内 3633-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 3014446-3015135(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G000698 Chr04 NC_080390.1:8146319-8146326promoter 内 3627-3634 bp - 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 8141791-8145952(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G003464 Chr02 NC_080388.1:55932031-55932038promoter 内 3626-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 55932406-55936660(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G002905 Chr04 NC_080390.1:45324869-45324876promoter 内 3619-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 45323556-45324494(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G000324 Chr05 NC_080391.1:2431701-2431708promoter 内 3619-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 2429929-2431326(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G002884 Chr03 NC_080389.1:45514434-45514441promoter 内 3613-3620 bp + 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 45514822-45515380(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G001053 Chr04 NC_080390.1:14997376-14997383promoter 内 3605-3612 bp + 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 14997772-15001653(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G004000 Chr01 NC_080387.1:58406393-58406400promoter 内 3604-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 58404496-58406003(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G000311 Chr05 NC_080391.1:2351652-2351659promoter 内 3603-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 2352050-2352532(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G004462 Chr02 NC_080388.1:67038243-67038250promoter 内 3591-3598 bp - 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 67036686-67037840(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G001012 Chr02 NC_080388.1:17877665-17877672promoter 内 3590-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 17873514-17877261(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G001322 Chr01 NC_080387.1:26259124-26259131promoter 内 3589-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 26259536-26262315(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr06G000310 Chr06 NC_080392.1:2234664-2234671promoter 内 3577-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 2235088-2238621(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr07G001048 Chr07 NC_080393.1:7653594-7653601promoter 内 3577-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 7654018-7654697(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G002747 Chr04 NC_080390.1:43146941-43146948promoter 内 3576-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 43147366-43148855(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G004472 Chr03 NC_080389.1:62821131-62821138promoter 内 3573-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 62821559-62829024(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G002675 Chr03 NC_080389.1:42463778-42463785promoter 内 3567-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 42462635-42463351(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G001217 Chr04 NC_080390.1:18999148-18999155promoter 内 3566-3573 bp - 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 18996105-18998720(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G000110 Chr01 NC_080387.1:1866891-1866898promoter 内 3559-3566 bp + 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 1867333-1868857(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G001667 Chr03 NC_080389.1:21679900-21679907promoter 内 3556-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 21680345-21684580(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G002550 Chr03 NC_080389.1:40692223-40692230promoter 内 3552-3559 bp - 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 40690547-40691781(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
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