靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00019310-RA_Salv |
SmilChr01G001516 |
bZIP | XP_057803325.1 |
MP00648 |
ACACGTGG |
9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 69 / 124 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr04G001110 |
Chr04 | NC_080390.1:15934032-15934039promoter 内 3695-3702 bp |
- | 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 15929849-15933733(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr03G001528 |
Chr03 | NC_080389.1:19043259-19043266promoter 内 3691-3698 bp |
- | 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 19040345-19042956(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr05G002721 |
Chr05 | NC_080391.1:31311229-31311236promoter 内 3691-3698 bp |
+ | 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 31311539-31316331(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G002608 |
Chr02 | NC_080388.1:45240112-45240119promoter 内 3683-3690 bp |
- | 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 45237515-45239801(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr03G000309 |
Chr03 | NC_080389.1:3538603-3538610promoter 内 3677-3684 bp |
- | 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 3537024-3538286(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G005538 |
Chr02 | NC_080388.1:75412205-75412212promoter 内 3671-3678 bp |
- | 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 75408257-75411882(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G001152 |
Chr02 | NC_080388.1:20976026-20976033promoter 内 3666-3673 bp |
+ | 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 20976361-20982168(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr01G002889 |
Chr01 | NC_080387.1:47578491-47578498promoter 内 3654-3661 bp |
+ | 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 47578838-47585690(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr06G002385 |
Chr06 | NC_080392.1:34665397-34665404promoter 内 3654-3661 bp |
- | 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 34659935-34665057(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr03G001336 |
Chr03 | NC_080389.1:15599274-15599281promoter 内 3647-3654 bp |
- | 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 15595801-15598927(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G001700 |
Chr04 | NC_080390.1:28128342-28128349promoter 内 3639-3646 bp |
- | 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 28124056-28127987(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G002825 |
Chr02 | NC_080388.1:48355029-48355036promoter 内 3637-3644 bp |
+ | 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 48355393-48357723(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G002798 |
Chr04 | NC_080390.1:43889210-43889217promoter 内 3637-3644 bp |
- | 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 43886863-43888853(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr06G000643 |
Chr06 | NC_080392.1:5699355-5699362promoter 内 3635-3642 bp |
- | 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 5698318-5698996(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr03G003820 |
Chr03 | NC_080389.1:57265030-57265037promoter 内 3634-3641 bp |
- | 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 57259763-57264670(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G000235 |
Chr02 | NC_080388.1:3014078-3014085promoter 内 3633-3640 bp |
+ | 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 3014446-3015135(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G000698 |
Chr04 | NC_080390.1:8146319-8146326promoter 内 3627-3634 bp |
- | 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 8141791-8145952(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G003464 |
Chr02 | NC_080388.1:55932031-55932038promoter 内 3626-3633 bp |
+ | 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 55932406-55936660(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G002905 |
Chr04 | NC_080390.1:45324869-45324876promoter 内 3619-3626 bp |
- | 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 45323556-45324494(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr05G000324 |
Chr05 | NC_080391.1:2431701-2431708promoter 内 3619-3626 bp |
- | 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 2429929-2431326(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr03G002884 |
Chr03 | NC_080389.1:45514434-45514441promoter 内 3613-3620 bp |
+ | 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 45514822-45515380(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G001053 |
Chr04 | NC_080390.1:14997376-14997383promoter 内 3605-3612 bp |
+ | 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 14997772-15001653(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr01G004000 |
Chr01 | NC_080387.1:58406393-58406400promoter 内 3604-3611 bp |
- | 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 58404496-58406003(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr05G000311 |
Chr05 | NC_080391.1:2351652-2351659promoter 内 3603-3610 bp |
+ | 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 2352050-2352532(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G004462 |
Chr02 | NC_080388.1:67038243-67038250promoter 内 3591-3598 bp |
- | 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 67036686-67037840(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr02G001012 |
Chr02 | NC_080388.1:17877665-17877672promoter 内 3590-3597 bp |
- | 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 17873514-17877261(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr01G001322 |
Chr01 | NC_080387.1:26259124-26259131promoter 内 3589-3596 bp |
+ | 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 26259536-26262315(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr06G000310 |
Chr06 | NC_080392.1:2234664-2234671promoter 内 3577-3584 bp |
+ | 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 2235088-2238621(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr07G001048 |
Chr07 | NC_080393.1:7653594-7653601promoter 内 3577-3584 bp |
+ | 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 7654018-7654697(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G002747 |
Chr04 | NC_080390.1:43146941-43146948promoter 内 3576-3583 bp |
+ | 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 43147366-43148855(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr03G004472 |
Chr03 | NC_080389.1:62821131-62821138promoter 内 3573-3580 bp |
+ | 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 62821559-62829024(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr03G002675 |
Chr03 | NC_080389.1:42463778-42463785promoter 内 3567-3574 bp |
- | 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 42462635-42463351(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr04G001217 |
Chr04 | NC_080390.1:18999148-18999155promoter 内 3566-3573 bp |
- | 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 18996105-18998720(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
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Chr01 | NC_080387.1:1866891-1866898promoter 内 3559-3566 bp |
+ | 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 1867333-1868857(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
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+ | 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 21680345-21684580(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
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- | 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 40690547-40691781(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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SmilChr05G000031 |
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+ | 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 152556-156118(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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- | 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 23515333-23517277(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr01G006045 |
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+ | 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 75960614-75962698(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
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+ | 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 55397320-55400201(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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+ | 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 5998264-6007964(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
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+ | 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 52907293-52913197(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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- | 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 60155499-60159332(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr05G000004 |
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+ | 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 9372-18827(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |
SmilChr01G005160 |
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+ | 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 69375120-69376802(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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SmilChr02G001625 |
Chr02 | NC_080388.1:30171587-30171594promoter 内 3475-3482 bp |
+ | 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 30172113-30174698(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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SmilChr06G002947 |
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+ | 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 70010225-70014037(+) |
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+ | 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.5/ 100 | 2 | 24163457-24169067(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGT |