转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 69 / 152 下载 TSV

上一页 69 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001748 Chr03 NC_080389.1:23724385-23724399promoter 内 2266-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 23719198-23722664(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGCACCGACGTCGA
SmilChr08G002144 Chr08 NC_080394.1:19304710-19304724promoter 内 2245-2259 bp - 1742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 19306466-19310473(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGGCGGCGGTGGAT
SmilChr01G003642 Chr01 NC_080387.1:54923579-54923593promoter 内 2186-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54919370-54921778(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCCACCGCCGCCGT
SmilChr04G001169 Chr04 NC_080390.1:17482608-17482622promoter 内 2183-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17484426-17485847(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGCACCGACAACAT
SmilChr02G000641 Chr02 NC_080388.1:9701499-9701513promoter 内 2108-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9703392-9706749(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGCACCGACGTCGA
SmilChr06G001439 Chr06 NC_080392.1:15185332-15185346promoter 内 2099-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 15181605-15183444(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGTGTGTCGGTGCAT
SmilChr06G001954 Chr06 NC_080392.1:24201511-24201525promoter 内 2068-2082 bp - 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24203444-24208996(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTACCGTCGGTGGTA
SmilChr02G003595 Chr02 NC_080388.1:57155555-57155569promoter 内 2002-2016 bp - 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 57149153-57153570(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCACCGACTCATC
SmilChr01G003748 Chr01 NC_080387.1:55800528-55800542promoter 内 2000-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 55802529-55803993(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATTCACCGACGGCAC
SmilChr07G003839 Chr07 NC_080393.1:47550184-47550198promoter 内 1969-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 47544999-47548166(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGCACCGACGTCGA
SmilChr03G004579 Chr03 NC_080389.1:63666830-63666844promoter 内 1913-1927 bp + 2074 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 63668918-63671346(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGCCGCCTC
SmilChr08G001176 Chr08 NC_080394.1:9440418-9440432promoter 内 1879-1893 bp - 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9442540-9444783(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AACATGTCGGTGCCG
SmilChr05G000944 Chr05 NC_080391.1:7633624-7633638promoter 内 1877-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 7635748-7640339(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGCACCGACGTTGG
SmilChr08G001523 Chr08 NC_080394.1:12383062-12383076promoter 内 1875-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12385188-12392450(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATGTGTCGGTGCTT
SmilChr02G001467 Chr02 NC_080388.1:27409149-27409163promoter 内 1858-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 27403928-27407020(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTTCACCGACGGCGG
SmilChr02G002659 Chr02 NC_080388.1:46022233-46022247promoter 内 1843-1857 bp + 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 46018745-46020089(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGGCGGCGGTGGAA
SmilChr02G002602 Chr02 NC_080388.1:45153569-45153583promoter 内 1839-1853 bp - 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 45155731-45157723(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTTTTGTCGGTGAAC
SmilChr04G001001 Chr04 NC_080390.1:13897066-13897080promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 13892626-13894881(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGTTGTCGGTGTTG
SmilChr03G001000 Chr03 NC_080389.1:11324495-11324509promoter 内 1799-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11321347-11322307(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTACACCGACGCAAG
SmilChr04G000783 Chr04 NC_080390.1:9600238-9600252promoter 内 1787-1801 bp - 2200 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9595001-9598038(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGTCGCTGT
SmilChr08G001966 Chr08 NC_080394.1:17345911-17345925promoter 内 1717-1731 bp - 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17348195-17353428(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGGCGTCGGTGTGG
SmilChr02G004037 Chr02 NC_080388.1:62674882-62674896promoter 内 1681-1695 bp + 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62664740-62672576(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGGCGGCGGTGGAA
SmilChr04G002876 Chr04 NC_080390.1:44902798-44902812promoter 内 1660-1674 bp - 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44905139-44906804(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTTGCGTCGGTGTAG
SmilChr04G002815 Chr04 NC_080390.1:44161064-44161078promoter 内 1576-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 44163489-44164437(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTGCACCGACATCAC
SmilChr05G002745 Chr05 NC_080391.1:31614531-31614545promoter 内 1534-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 31616998-31619627(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGCACCGACGTCGA
SmilChr04G001536 Chr04 NC_080390.1:25281100-25281114promoter 内 1519-1533 bp + 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 25283582-25284914(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCCACCGCCGCCTC
SmilChr08G003714 Chr08 NC_080394.1:41749715-41749729promoter 内 1514-1528 bp - 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 41744575-41747242(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGCACCGACGTCGA
SmilChr05G002298 Chr05 NC_080391.1:24795551-24795565promoter 内 1352-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 24798200-24799363(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTCCACCGCCGCCGG
SmilChr05G001772 Chr05 NC_080391.1:17417218-17417232promoter 内 1340-1354 bp + 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17412009-17414571(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCAATGTCGGTAGAT
SmilChr05G001753 Chr05 NC_080391.1:17072698-17072712promoter 内 1339-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17067502-17070050(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCAATGTCGGTAGAT
SmilChr08G002174 Chr08 NC_080394.1:19659800-19659814promoter 内 1317-1331 bp + 2670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 19662484-19663080(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCTCACCGACGCCAT
SmilChr08G001256 Chr08 NC_080394.1:9963885-9963899promoter 内 1228-1242 bp + 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9958950-9961126(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAAGTGGCGGTGGAC
SmilChr02G000851 Chr02 NC_080388.1:14451041-14451055promoter 内 1223-1237 bp - 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 14436538-14448277(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTACACCGACGCAAG
SmilChr02G004730 Chr02 NC_080388.1:69533068-69533082promoter 内 1209-1223 bp - 2778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69529517-69530290(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGTCACCGACGCACG
SmilChr02G002683 Chr02 NC_080388.1:46482212-46482226promoter 内 1096-1110 bp - 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 46474207-46479321(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCCACCGCCGCCGT
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