转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 7 / 128 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002624 Chr07 NC_080393.1:25307795-25307809promoter 内 1996-2010 bp - 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 25305331-25305804(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCTCCACCGCCG
SmilChr01G003421 Chr01 NC_080387.1:52845357-52845371promoter 内 1234-1248 bp + 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 52848124-52849820(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCACCACCGCCA
SmilChr06G003283 Chr06 NC_080392.1:45373498-45373512promoter 内 1023-1037 bp - 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 45376476-45379542(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGCGGAGGTGG
SmilChr01G005967 Chr01 NC_080387.1:75379864-75379878promoter 内 688-702 bp - 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 75373607-75376565(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCTCCACCGCCG
SmilChr02G000258 Chr02 NC_080388.1:3302832-3302846promoter 内 3734-3748 bp + 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 3303099-3307437(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCCA
SmilChr05G000833 Chr05 NC_080391.1:6555988-6556002promoter 内 3297-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 6556692-6557778(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCGG
SmilChr01G002387 Chr01 NC_080387.1:41112471-41112485promoter 内 3213-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 41111140-41111697(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCCA
SmilChr01G002388 Chr01 NC_080387.1:41125632-41125646promoter 内 3213-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 41124302-41124858(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCCA
SmilChr02G004852 Chr02 NC_080388.1:70680961-70680975promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 70678035-70679714(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCCA
SmilChr03G004594 Chr03 NC_080389.1:63762499-63762513promoter 内 2445-2459 bp - 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 63764055-63765487(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGCGG
SmilChr04G003627 Chr04 NC_080390.1:52760037-52760051promoter 内 2339-2353 bp + 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 52757318-52758389(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGCGGAGGTGG
SmilChr01G001466 Chr01 NC_080387.1:28450345-28450359promoter 内 1337-1351 bp + 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 28453009-28456605(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCCA
SmilChr06G000689 Chr06 NC_080392.1:6090573-6090587promoter 内 240-254 bp - 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 6094334-6106175(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGCGGAGGTGG
SmilChr06G000306 Chr06 NC_080392.1:2219471-2219485promoter 内 2405-2419 bp - 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 2210189-2217889(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGCCT
SmilChr06G000307 Chr06 NC_080392.1:2219471-2219485promoter 内 2206-2220 bp - 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 2221266-2224612(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGTGG
SmilChr07G004638 Chr07 NC_080393.1:59251947-59251961promoter 内 489-503 bp + 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 59245972-59248449(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGTGG
SmilChr07G003755 Chr07 NC_080393.1:45724963-45724977promoter 内 2941-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 45722805-45723917(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGTGG
SmilChr02G002470 Chr02 NC_080388.1:43096425-43096439promoter 内 2211-2225 bp - 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 43098215-43100259(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGTGG
SmilChr06G003244 Chr06 NC_080392.1:45139705-45139719promoter 内 840-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 45135380-45136558(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGCCT
SmilChr06G003245 Chr06 NC_080392.1:45139705-45139719promoter 内 699-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 45143007-45148113(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGGTGG
SmilChr02G000561 Chr02 NC_080388.1:7899845-7899859promoter 内 638-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 7893948-7896496(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCGCCT
SmilChr02G002376 Chr02 NC_080388.1:41648640-41648654promoter 内 2836-2850 bp + 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 41649805-41652168(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCTCCACCGCCA
SmilChr05G002206 Chr05 NC_080391.1:23522130-23522144promoter 内 2789-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 23523342-23525067(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr08G000448 Chr08 NC_080394.1:3189097-3189111promoter 内 2557-2571 bp - 1430 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 3190541-3191670(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr08G001602 Chr08 NC_080394.1:13268099-13268113promoter 内 2124-2138 bp - 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 13269976-13273013(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr08G001590 Chr08 NC_080394.1:13148250-13148264promoter 内 2121-2135 bp - 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 13150130-13153166(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr08G000447 Chr08 NC_080394.1:3189097-3189111promoter 内 1758-1772 bp - 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 3184483-3186868(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCCG
SmilChr01G005798 Chr01 NC_080387.1:74055115-74055129promoter 内 532-546 bp + 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 3 74058584-74062104(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCCG
SmilChr07G003645 Chr07 NC_080393.1:43225121-43225135promoter 内 3793-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 43225329-43226439(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr05G004175 Chr05 NC_080391.1:55677525-55677539promoter 内 3098-3112 bp - 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 55678428-55681348(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr03G003758 Chr03 NC_080389.1:56692401-56692415promoter 内 1557-1571 bp - 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 56686700-56689971(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCCG
SmilChr05G000717 Chr05 NC_080391.1:5475841-5475855promoter 内 536-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 5462755-5472390(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr08G001754 Chr08 NC_080394.1:14747042-14747056promoter 内 3289-3303 bp - 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 14747754-14749570(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGG
SmilChr04G002092 Chr04 NC_080390.1:33737808-33737822promoter 内 2930-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 33738879-33739589(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCTCCACCGCCA
SmilChr06G001338 Chr06 NC_080392.1:13920167-13920181promoter 内 2349-2363 bp - 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 13921819-13923194(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGGGGG
SmilChr05G000661 Chr05 NC_080391.1:4978882-4978896promoter 内 86-100 bp - 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 4982797-4992411(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGGAGG
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SmilChr06G003162 Chr06 NC_080392.1:44597588-44597602promoter 内 2727-2741 bp - 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 44590229-44596328(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCGCCA
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SmilChr04G003391 Chr04 NC_080390.1:50465060-50465074promoter 内 699-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 8 50458881-50461772(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCG
SmilChr02G001165 Chr02 NC_080388.1:21296590-21296604promoter 内 441-455 bp + 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 8 21300150-21300222(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCG
SmilChr08G003087 Chr08 NC_080394.1:31103976-31103990promoter 内 3066-3080 bp + 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 5 31097406-31103055(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGCGGAGGTGG
SmilChr05G001413 Chr05 NC_080391.1:12752632-12752646promoter 内 3084-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 12753549-12754367(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTGG
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SmilChr05G003956 Chr05 NC_080391.1:53298498-53298512promoter 内 2624-2638 bp + 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 53293288-53297135(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTGG