转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 7 / 147 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005372 Chr02 NC_080388.1:74408966-74408980promoter 内 2662-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 74410305-74412582(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTGCCTAACTTAAGT
SmilChr01G000319 Chr01 NC_080387.1:6219226-6219240promoter 内 2635-2649 bp + 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6216030-6217874(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTGCCTAACTATGTT
SmilChr01G000006 Chr01 NC_080387.1:148631-148645promoter 内 1760-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 150872-154321(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCACCTAACTTTAAC
SmilChr02G004624 Chr02 NC_080388.1:68738912-68738926promoter 内 1026-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 68741887-68742788(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGGAAAGTTAGGCTC
SmilChr01G003018 Chr01 NC_080387.1:49210172-49210186promoter 内 938-952 bp + 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 49203621-49207123(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACTTCTCT
SmilChr01G004591 Chr01 NC_080387.1:63921372-63921386promoter 内 723-737 bp + 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 63914506-63918108(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACTTATCT
SmilChr01G004092 Chr01 NC_080387.1:59361008-59361022promoter 内 364-378 bp + 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 59364645-59367870(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACATAAGTTAGGTCG
SmilChr01G005424 Chr01 NC_080387.1:71427186-71427200promoter 内 993-1007 bp - 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 71419189-71424192(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCAAAAGTTAGGCTA
SmilChr01G003870 Chr01 NC_080387.1:56947929-56947943promoter 内 275-289 bp - 3712 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 56951655-56955578(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGCCTAACTTCTGT
SmilChr03G004147 Chr03 NC_080389.1:60298861-60298875promoter 内 79-93 bp + 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 60293890-60294953(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGCCTAACTTATAT
SmilChr01G003804 Chr01 NC_080387.1:56428676-56428690promoter 内 1369-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 56422122-56426058(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGCCTAACTTCTGT
SmilChr01G004763 Chr01 NC_080387.1:65807013-65807027promoter 内 481-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 65799425-65803507(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACAGAAGTTAGGCTC
SmilChr03G000583 Chr03 NC_080389.1:6501228-6501242promoter 内 3675-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 6500139-6500916(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTGCCTAACTCTGGC
SmilChr02G005007 Chr02 NC_080388.1:71927999-71928013promoter 内 3598-3612 bp - 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 71877186-71927610(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGAAAGTTAGGCTT
SmilChr01G002674 Chr01 NC_080387.1:44954646-44954660promoter 内 3552-3566 bp - 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 44955095-44955667(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACCTTTTT
SmilChr03G003733 Chr03 NC_080389.1:56365321-56365335promoter 内 3262-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 56361768-56364596(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACGCCTAACTTTCAT
SmilChr01G003222 Chr01 NC_080387.1:50993150-50993164promoter 内 3164-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 50981776-50992327(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAAAGTTAGGTTC
SmilChr02G000216 Chr02 NC_080388.1:2826597-2826611promoter 内 3113-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 2822211-2825723(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAGATAGTTAGGCGA
SmilChr03G001309 Chr03 NC_080389.1:15381620-15381634promoter 内 2809-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 15382812-15388809(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATGAAGTTAGGCAT
SmilChr02G001303 Chr02 NC_080388.1:24175710-24175724promoter 内 2605-2619 bp - 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 24174222-24174328(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGATAAGTTAGGTAA
SmilChr02G000986 Chr02 NC_080388.1:17342604-17342618promoter 内 2547-2561 bp - 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 17344058-17346016(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCGCCTAACTTTGCC
SmilChr02G001014 Chr02 NC_080388.1:17885158-17885172promoter 内 2166-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 17886993-17888133(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AATATAGTTAGGCAT
SmilChr01G004998 Chr01 NC_080387.1:68018712-68018726promoter 内 1785-1799 bp - 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 68020928-68023989(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACTAGATT
SmilChr01G004389 Chr01 NC_080387.1:62052120-62052134promoter 内 1781-1795 bp - 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 62054340-62056294(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAACTTATCT
SmilChr03G000363 Chr03 NC_080389.1:4074515-4074529promoter 内 1764-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 4076752-4077935(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAAGGTTAGGTAC
SmilChr03G004069 Chr03 NC_080389.1:59672953-59672967promoter 内 1531-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 59662715-59670497(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACTTTGGC
SmilChr03G003349 Chr03 NC_080389.1:51823887-51823901promoter 内 1495-1509 bp + 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 51826393-51831369(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAAGGTTAGGTAC
SmilChr02G000821 Chr02 NC_080388.1:13830821-13830835promoter 内 1048-1062 bp + 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 13833774-13835877(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATATAAGTTAGGCTG
SmilChr01G002673 Chr01 NC_080387.1:44954646-44954660promoter 内 761-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 44950853-44951420(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAAAAGGTTAGGTAC
SmilChr03G003225 Chr03 NC_080389.1:49928484-49928498promoter 内 180-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 49932305-49934664(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCGAAAGTTAGGTTG
SmilChr02G000419 Chr02 NC_080388.1:5325369-5325383promoter 内 113-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 5319783-5321495(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAACCTTTTT
SmilChr03G004582 Chr03 NC_080389.1:63689495-63689509promoter 内 90-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 63681003-63685598(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTGAAAGTTAGGCTG
SmilChr01G002385 Chr01 NC_080387.1:41083160-41083174promoter 内 1452-1466 bp + 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 41085709-41094762(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATGATAGTTAGGCCG
SmilChr01G003393 Chr01 NC_080387.1:52664377-52664391promoter 内 161-175 bp + 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 52657385-52660551(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAACCTAACTTATTC
SmilChr01G001092 Chr01 NC_080387.1:22376199-22376213promoter 内 1982-1996 bp + 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 22371515-22374194(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAGCCTAACTACTCC
SmilChr01G001093 Chr01 NC_080387.1:22376199-22376213promoter 内 477-491 bp + 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 22379723-22397006(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGAGTAGTTAGGCTG
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SmilChr01G000349 Chr01 NC_080387.1:7165152-7165166promoter 内 1439-1453 bp - 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 7167714-7170836(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACCTATTT
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SmilChr01G000473 Chr01 NC_080387.1:9657649-9657663promoter 内 980-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 9650730-9654642(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAATGAGTTAGGCAA