转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003597; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008984-RA_Salv SmilChr07G003597 Nin-like XP_057773587.1 MP00449 ATTTGGCTTTTCGGA

可能结合的靶基因

9453 个结合位点 8096 个候选靶基因 第 7 / 162 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000796 Chr08 NC_080394.1:5854408-5854422promoter 内 187-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 5847768-5850608(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTCAAAAGCCACAT
SmilChr08G000227 Chr08 NC_080394.1:1540236-1540250promoter 内 79-93 bp - 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 1533942-1536328(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGTCTTTTCGGG
SmilChr01G004152 Chr01 NC_080387.1:60051431-60051445promoter 内 3144-3158 bp - 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 60045751-60050588(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTGGTG
SmilChr02G002201 Chr02 NC_080388.1:39236262-39236276promoter 内 2737-2751 bp + 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 39230773-39235012(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCAAAA
SmilChr07G000881 Chr07 NC_080393.1:6298483-6298497promoter 内 2694-2708 bp - 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 6299790-6301912(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAGGACATCT
SmilChr02G001440 Chr02 NC_080388.1:27083862-27083876promoter 内 2634-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 27085229-27088122(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTTGGCTTTTCAGA
SmilChr07G003569 Chr07 NC_080393.1:41670422-41670436promoter 内 2084-2098 bp - 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 41667665-41668519(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GGACGGCTTTTCGGG
SmilChr02G004880 Chr02 NC_080388.1:70885566-70885580promoter 内 2018-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 70887549-70898316(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCCTTCATC
SmilChr02G002203 Chr02 NC_080388.1:39236262-39236276promoter 内 1498-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 39238765-39239775(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTGGTG
SmilChr02G001439 Chr02 NC_080388.1:27083862-27083876promoter 内 707-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 27075764-27080582(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTGAAAAGCCAAAC
SmilChr07G002146 Chr07 NC_080393.1:19626217-19626231promoter 内 512-526 bp - 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 19629706-19638300(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCGAAAAGCCAAGG
SmilChr07G000882 Chr07 NC_080393.1:6298483-6298497promoter 内 468-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 2 6302016-6302086(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAGGACATCT
SmilChr03G000534 Chr03 NC_080389.1:5769734-5769748promoter 内 3831-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 5769904-5771013(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCGAAAAGGCAAGT
SmilChr02G000029 Chr02 NC_080388.1:305641-305655promoter 内 3689-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 305953-343096(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTTGGCTTTTCAGA
SmilChr05G002258 Chr05 NC_080391.1:24298888-24298902promoter 内 3660-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 24299229-24302171(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AAATGGCTTTTGGCG
SmilChr03G001938 Chr03 NC_080389.1:27517478-27517492promoter 内 3611-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 27517868-27523585(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTTGGCTTTTCAGA
SmilChr03G001099 Chr03 NC_080389.1:12665878-12665892promoter 内 3591-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 12664727-12665482(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GATTGGCTTTTCGTG
SmilChr03G000317 Chr03 NC_080389.1:3629273-3629287promoter 内 3407-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 3629867-3633029(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTTTGGCTTTTCAGA
SmilChr06G001576 Chr06 NC_080392.1:17223412-17223426promoter 内 3384-3398 bp - 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 17221077-17222809(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCTTTCAAT
SmilChr08G001324 Chr08 NC_080394.1:10592159-10592173promoter 内 3191-3205 bp + 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 10592969-10597296(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 GTGTGGCTTTTCGCG
SmilChr01G000176 Chr01 NC_080387.1:2895603-2895617promoter 内 2931-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 2896673-2900364(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATATGCCTTTTCGAG
SmilChr05G000729 Chr05 NC_080391.1:5562197-5562211promoter 内 2647-2661 bp - 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 5563551-5565055(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CACCAAAAGCCAAAA
SmilChr03G004678 Chr03 NC_080389.1:64224431-64224445promoter 内 2558-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 64219089-64223002(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ACCGAAAAGGCAAGT
SmilChr07G000802 Chr07 NC_080393.1:5647097-5647111promoter 内 2517-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 5648581-5648662(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCTTTGGTT
SmilChr05G001936 Chr05 NC_080391.1:19704112-19704126promoter 内 2388-2402 bp + 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 19705725-19708507(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGGCCCTTCATC
SmilChr04G003438 Chr04 NC_080390.1:50920279-50920293promoter 内 2346-2360 bp + 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 50921934-50925611(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 ATTTGCCTTTTCGTG
SmilChr03G003817 Chr03 NC_080389.1:57231062-57231076promoter 内 2158-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 57232905-57233327(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGGTGGCTTTTCCGG
SmilChr02G001469 Chr02 NC_080388.1:27424589-27424603promoter 内 2117-2131 bp + 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 27420157-27422719(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 AATGAAGGGCCAAAT
SmilChr06G002319 Chr06 NC_080392.1:33459872-33459886promoter 内 2092-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 33456850-33457977(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAGGACATCT
SmilChr04G001947 Chr04 NC_080390.1:31608576-31608590promoter 内 2091-2105 bp + 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 31598935-31606680(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAGGACATCT
SmilChr03G001191 Chr03 NC_080389.1:13715039-13715053promoter 内 2050-2064 bp + 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 13707541-13713102(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCTGAAAAGCCAAAC
SmilChr03G001147 Chr03 NC_080389.1:13226528-13226542promoter 内 2025-2039 bp + 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 13222908-13224566(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TCCGAAAGGACATCT
SmilChr07G000462 Chr07 NC_080393.1:3259344-3259358promoter 内 2001-2015 bp + 1986 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 3261344-3263473(+) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 CAATGACTTTTCGGG
SmilChr01G005197 Chr01 NC_080387.1:69655516-69655530promoter 内 1975-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 69652794-69653504(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TGGTGGCTTTTCCGG
SmilChr06G001252 Chr06 NC_080392.1:13015014-13015028promoter 内 1784-1798 bp - 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 13010342-13012811(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTGGTG
SmilChr05G000728 Chr05 NC_080391.1:5562197-5562211promoter 内 1600-1614 bp - 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 5559511-5559810(-) SMil_00008984-RA_Salv MP00449 TTTTGGCTTTTGGTG
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