转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 70 / 132 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004167 Chr02 NC_080388.1:63980932-63980942promoter 内 2630-2640 bp + 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63976250-63979571(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTC
SmilChr02G000938 Chr02 NC_080388.1:16368912-16368922promoter 内 2596-2606 bp + 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16358836-16367517(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTATA
SmilChr01G001219 Chr01 NC_080387.1:24470071-24470081promoter 内 2576-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24471496-24475714(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTAG
SmilChr01G003393 Chr01 NC_080387.1:52661993-52662003promoter 内 2549-2559 bp - 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52657385-52660551(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTAAGTCAACA
SmilChr03G001462 Chr03 NC_080389.1:17461106-17461116promoter 内 2506-2516 bp + 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 17462601-17463092(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACC
SmilChr02G004096 Chr02 NC_080388.1:63270572-63270582promoter 内 2457-2467 bp + 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63272116-63275906(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TATGGTCAACG
SmilChr03G001268 Chr03 NC_080389.1:14716723-14716733promoter 内 2388-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14718336-14720534(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATAGTCAACA
SmilChr01G001714 Chr01 NC_080387.1:31610121-31610131promoter 内 2317-2327 bp - 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31605432-31608447(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAC
SmilChr03G000481 Chr03 NC_080389.1:5124201-5124211promoter 内 2270-2280 bp + 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5118033-5122480(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTATA
SmilChr02G002369 Chr02 NC_080388.1:41473724-41473734promoter 内 2151-2161 bp - 1840 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 41471010-41471884(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTAAGTCAACA
SmilChr02G003802 Chr02 NC_080388.1:59653347-59653357promoter 内 2103-2113 bp - 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59655245-59658777(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTATA
SmilChr01G000469 Chr01 NC_080387.1:9584010-9584020promoter 内 1989-1999 bp - 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9586022-9587586(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACCTAA
SmilChr02G005440 Chr02 NC_080388.1:74798896-74798906promoter 内 1981-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74789115-74796886(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAC
SmilChr02G002432 Chr02 NC_080388.1:42332835-42332845promoter 内 1812-1822 bp - 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 42335024-42336319(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTC
SmilChr02G000391 Chr02 NC_080388.1:4848514-4848524promoter 内 1803-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4850712-4851596(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTC
SmilChr02G002456 Chr02 NC_080388.1:42861144-42861154promoter 内 1798-1808 bp - 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 42851946-42858951(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TATAGTCAACC
SmilChr01G005475 Chr01 NC_080387.1:71742843-71742853promoter 内 1760-1770 bp - 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 71734846-71740612(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAC
SmilChr02G005569 Chr02 NC_080388.1:75591662-75591672promoter 内 1760-1770 bp - 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 75584703-75589431(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATAGTCAACA
SmilChr03G001077 Chr03 NC_080389.1:12466974-12466984promoter 内 1727-1737 bp - 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 12469248-12470919(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAG
SmilChr01G003600 Chr01 NC_080387.1:54561626-54561636promoter 内 1716-1726 bp - 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 54563911-54565456(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTATA
SmilChr02G002599 Chr02 NC_080388.1:45132875-45132885promoter 内 1697-1707 bp + 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45122975-45130581(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTC
SmilChr02G001402 Chr02 NC_080388.1:26608311-26608321promoter 内 1617-1627 bp + 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26610695-26614264(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACC
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18505478-18505488promoter 内 1580-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 18507899-18512555(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTAAGTCAAAG
SmilChr03G000458 Chr03 NC_080389.1:4883007-4883017promoter 内 1557-1567 bp + 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4885451-4887397(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAC
SmilChr01G005066 Chr01 NC_080387.1:68558907-68558917promoter 内 1511-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 68550983-68556427(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTTAA
SmilChr02G004972 Chr02 NC_080388.1:71610968-71610978promoter 内 1419-1429 bp - 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 71605631-71608396(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAC
SmilChr03G000844 Chr03 NC_080389.1:9635233-9635243promoter 内 1376-1386 bp + 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9631854-9632618(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTC
SmilChr01G005556 Chr01 NC_080387.1:72382777-72382787promoter 内 1320-1330 bp - 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72377029-72380106(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTAAGTCAACA
SmilChr01G000112 Chr01 NC_080387.1:1906322-1906332promoter 内 1256-1266 bp + 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1909067-1909139(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTAAGTCAACA
SmilChr02G004143 Chr02 NC_080388.1:63766408-63766418promoter 内 1190-1200 bp - 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63761396-63763607(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CATAGTCAACA
SmilChr02G005514 Chr02 NC_080388.1:75253738-75253748promoter 内 1124-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 75249826-75250871(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GAAAGTCAAAC
SmilChr02G005442 Chr02 NC_080388.1:74798896-74798906promoter 内 1116-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74801781-74805413(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTC
SmilChr01G002825 Chr01 NC_080387.1:46858911-46858921promoter 内 1080-1090 bp + 2911 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46850530-46856000(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GGTTGACTATA
SmilChr03G000908 Chr03 NC_080389.1:10402895-10402905promoter 内 1018-1028 bp + 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 10405878-10409933(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TTAAGTCAACC
SmilChr02G000218 Chr02 NC_080388.1:2842783-2842793promoter 内 855-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2845929-2851125(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTC
SmilChr02G002936 Chr02 NC_080388.1:49882385-49882395promoter 内 853-863 bp + 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 49871369-49879247(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTTTGACTTTC
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