转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 71 / 134 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004552 Chr02 NC_080388.1:68051829-68051843promoter 内 838-852 bp + 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68045485-68048680(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGGATCT
SmilChr01G001792 Chr01 NC_080387.1:32785378-32785392promoter 内 727-741 bp + 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 32778863-32782118(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAAATTA
SmilChr02G002829 Chr02 NC_080388.1:48383091-48383105promoter 内 653-667 bp - 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48386439-48389938(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATTATTACTTTC
SmilChr02G000728 Chr02 NC_080388.1:11825967-11825981promoter 内 636-650 bp + 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11829332-11830760(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCTCATAATGATTAT
SmilChr01G000572 Chr01 NC_080387.1:11868394-11868408promoter 内 547-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11861723-11864954(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACGGAAATGATTAC
SmilChr01G006151 Chr01 NC_080387.1:76974089-76974103promoter 内 406-420 bp + 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 76964924-76970508(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTATACAA
SmilChr01G004855 Chr01 NC_080387.1:66727688-66727702promoter 内 339-353 bp + 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 66731350-66734673(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGTAATGATTTT
SmilChr02G001518 Chr02 NC_080388.1:28290641-28290655promoter 内 143-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28294499-28302957(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAAACAATGATTAT
SmilChr02G004854 Chr02 NC_080388.1:70694778-70694792promoter 内 1272-1286 bp - 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 70697507-70701326(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr01G004391 Chr01 NC_080387.1:62086900-62086914promoter 内 3510-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 62087391-62090905(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr02G000405 Chr02 NC_080388.1:5016962-5016976promoter 内 3434-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 5017529-5022524(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTGGGTGATGATTAG
SmilChr02G001797 Chr02 NC_080388.1:32759674-32759688promoter 内 3378-3392 bp + 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 32760297-32763479(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr03G002855 Chr03 NC_080389.1:45133392-45133406promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 45134165-45135806(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr01G000460 Chr01 NC_080387.1:9426417-9426431promoter 内 3218-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 9423489-9425648(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCGTTGTA
SmilChr02G004307 Chr02 NC_080388.1:65450834-65450848promoter 内 3115-3129 bp - 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 65445620-65449962(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTATATAATGATGGG
SmilChr02G002042 Chr02 NC_080388.1:36781016-36781030promoter 内 1229-1243 bp + 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 36773289-36778258(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr02G000383 Chr02 NC_080388.1:4783847-4783861promoter 内 826-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 4787022-4791337(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTGTATAATGATGAA
SmilChr03G002909 Chr03 NC_080389.1:45852149-45852163promoter 内 96-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 45856054-45858775(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTATTGTG
SmilChr01G003996 Chr01 NC_080387.1:58372191-58372205promoter 内 3960-3974 bp - 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 58372232-58373246(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATTATTACTTAA
SmilChr02G002298 Chr02 NC_080388.1:40559695-40559709promoter 内 3887-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 40559809-40561749(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTTTTAATGATTAC
SmilChr01G002177 Chr01 NC_080387.1:37860349-37860363promoter 内 3760-3774 bp - 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 37860590-37862542(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr03G000555 Chr03 NC_080389.1:6010318-6010332promoter 内 3685-3699 bp + 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 6006474-6010016(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr03G000069 Chr03 NC_080389.1:821368-821382promoter 内 3594-3608 bp - 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 821775-824790(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr02G005508 Chr02 NC_080388.1:75199110-75199124promoter 内 3244-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 75199867-75203331(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr01G002781 Chr01 NC_080387.1:46269481-46269495promoter 内 3237-3251 bp + 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 46270245-46272496(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGGTAATGATTTA
SmilChr01G001586 Chr01 NC_080387.1:29869149-29869163promoter 内 3205-3219 bp + 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 29869945-29875021(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATTTAATGATGGT
SmilChr02G001522 Chr02 NC_080388.1:28353307-28353321promoter 内 3176-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 28350071-28352496(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCTTCTAATGATTAA
SmilChr01G002176 Chr01 NC_080387.1:37860349-37860363promoter 内 3172-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 37858811-37859534(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr01G001182 Chr01 NC_080387.1:23880975-23880989promoter 内 3140-3154 bp + 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 23866677-23880128(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr01G001183 Chr01 NC_080387.1:23896816-23896830promoter 内 2968-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 23890170-23895797(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr01G001100 Chr01 NC_080387.1:22527619-22527633promoter 内 2964-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 22528656-22530377(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr01G004852 Chr01 NC_080387.1:66684862-66684876promoter 内 2803-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 66682128-66683678(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr01G003997 Chr01 NC_080387.1:58372191-58372205promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 58373452-58375694(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATTATTACTTAA
SmilChr03G000644 Chr03 NC_080389.1:7160578-7160592promoter 内 2667-2681 bp + 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 7156954-7159258(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATAATTACTTTT
SmilChr02G001705 Chr02 NC_080388.1:31359857-31359871promoter 内 2639-2653 bp - 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 31361219-31369495(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTAGATTA
SmilChr01G003348 Chr01 NC_080387.1:52236402-52236416promoter 内 2351-2365 bp - 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 52234547-52234766(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
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