转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004600; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007048-RA_Salv SmilChr02G004600 ARF XP_057791481.1 MP00574 ATCCGACAAA

可能结合的靶基因

9846 个结合位点 7302 个候选靶基因 第 71 / 147 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003684 Chr02 NC_080388.1:58207797-58207806promoter 内 3724-3733 bp + 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 58208074-58213277(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr04G000200 Chr04 NC_080390.1:1792567-1792576promoter 内 3592-3601 bp - 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 1790354-1792167(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr01G000180 Chr01 NC_080387.1:3042860-3042869promoter 内 3571-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 3040681-3042439(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr02G004266 Chr02 NC_080388.1:64873187-64873196promoter 内 3551-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 64873637-64876958(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGGT
SmilChr01G002353 Chr01 NC_080387.1:40701475-40701484promoter 内 3449-3458 bp - 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 40680169-40700932(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr02G001215 Chr02 NC_080388.1:22362219-22362228promoter 内 3413-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 22360668-22361640(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTGCGACAAA
SmilChr01G004472 Chr01 NC_080387.1:62821229-62821238promoter 内 3390-3399 bp - 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 62821840-62825865(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr01G000522 Chr01 NC_080387.1:10658916-10658925promoter 内 3218-3227 bp + 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 10659699-10665472(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTGCGACAAA
SmilChr01G002487 Chr01 NC_080387.1:42600439-42600448promoter 内 3204-3213 bp + 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 42601236-42602303(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr03G004704 Chr03 NC_080389.1:64332619-64332628promoter 内 3165-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 64333455-64336742(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr04G002002 Chr04 NC_080390.1:32430860-32430869promoter 内 3118-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 32425798-32429986(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr03G002896 Chr03 NC_080389.1:45691970-45691979promoter 内 3073-3082 bp - 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 45692898-45694761(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr02G000152 Chr02 NC_080388.1:2001165-2001174promoter 内 3043-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 1996854-2000216(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAG
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73207687-73207696promoter 内 3023-3032 bp + 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 73203421-73206718(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr01G000227 Chr01 NC_080387.1:4147987-4147996promoter 内 3001-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 4146340-4146996(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr03G003339 Chr03 NC_080389.1:51682120-51682129promoter 内 2861-2870 bp + 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 51680126-51680989(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr01G000084 Chr01 NC_080387.1:1596516-1596525promoter 内 2723-2732 bp + 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 1589839-1595247(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGGT
SmilChr03G004600 Chr03 NC_080389.1:63795053-63795062promoter 内 2691-2700 bp - 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 63791313-63793752(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr03G001106 Chr03 NC_080389.1:12747143-12747152promoter 内 2684-2693 bp - 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 12748460-12752581(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAG
SmilChr02G001634 Chr02 NC_080388.1:30292157-30292166promoter 内 2669-2678 bp - 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 30293489-30297610(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAG
SmilChr01G000773 Chr01 NC_080387.1:16859260-16859269promoter 内 2655-2664 bp - 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 16857237-16857923(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTGCGACAAA
SmilChr02G000058 Chr02 NC_080388.1:749113-749122promoter 内 2572-2581 bp + 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 750542-752749(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr01G004035 Chr01 NC_080387.1:58772440-58772449promoter 内 2557-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 58773884-58775054(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGGC
SmilChr01G000259 Chr01 NC_080387.1:4967546-4967555promoter 内 2540-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 4969007-4969875(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAT
SmilChr03G002756 Chr03 NC_080389.1:43813887-43813896promoter 内 2518-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 43808536-43812413(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr03G002742 Chr03 NC_080389.1:43587183-43587192promoter 内 2512-2521 bp - 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 43580843-43585703(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr01G003481 Chr01 NC_080387.1:53367599-53367608promoter 内 2421-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 53363761-53366028(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr04G002059 Chr04 NC_080390.1:33337310-33337319promoter 内 2414-2423 bp - 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 33338897-33344546(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAT
SmilChr03G001301 Chr03 NC_080389.1:15224599-15224608promoter 内 2410-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 15226190-15228415(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr04G000287 Chr04 NC_080390.1:2661667-2661676promoter 内 2401-2410 bp + 1591 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 2663267-2664339(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GCCCGACAAG
SmilChr02G002307 Chr02 NC_080388.1:40696270-40696279promoter 内 2359-2368 bp + 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 40693816-40694637(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTTGTCGGGC
SmilChr03G000860 Chr03 NC_080389.1:9818994-9819003promoter 内 2256-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 9820739-9825687(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr01G005996 Chr01 NC_080387.1:75545129-75545138promoter 内 2184-2193 bp - 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 75546946-75548973(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAG
SmilChr01G004000 Chr01 NC_080387.1:58407879-58407888promoter 内 2116-2125 bp - 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 58404496-58406003(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr02G000164 Chr02 NC_080388.1:2134784-2134793promoter 内 2034-2043 bp - 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 2130772-2132826(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ACCCGACAAC
SmilChr02G000166 Chr02 NC_080388.1:2134784-2134793promoter 内 1994-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 2136791-2137216(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGGT
SmilChr03G002318 Chr03 NC_080389.1:36534958-36534967promoter 内 1922-1931 bp + 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 36537037-36545350(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr02G002682 Chr02 NC_080388.1:46463185-46463194promoter 内 1881-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 46465305-46469714(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr02G000158 Chr02 NC_080388.1:2038735-2038744promoter 内 1794-1803 bp - 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 2040942-2043017(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr01G005999 Chr01 NC_080387.1:75582752-75582761promoter 内 1779-1788 bp - 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 75567792-75580539(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTGCGACAAA
SmilChr03G002061 Chr03 NC_080389.1:31397951-31397960promoter 内 1729-1738 bp + 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 31400223-31405967(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr01G000153 Chr01 NC_080387.1:2594455-2594464promoter 内 1612-1621 bp - 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 2596844-2599067(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGGT
SmilChr01G004001 Chr01 NC_080387.1:58407879-58407888promoter 内 1606-1615 bp - 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 58410274-58410891(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGGT
SmilChr02G000818 Chr02 NC_080388.1:13722933-13722942promoter 内 1523-1532 bp - 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 13725411-13725815(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr01G003418 Chr01 NC_080387.1:52814919-52814928promoter 内 1508-1517 bp + 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 52817412-52823614(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 ATGCGACAAA
SmilChr03G001707 Chr03 NC_080389.1:22665720-22665729promoter 内 1324-1333 bp - 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 22668397-22671563(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 GTTGTCGGGT
SmilChr02G001052 Chr02 NC_080388.1:18777406-18777415promoter 内 1247-1256 bp + 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 18772030-18774661(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAT
SmilChr04G000469 Chr04 NC_080390.1:5015517-5015526promoter 内 1176-1185 bp + 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 5018342-5019145(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 CTCCGACATA
SmilChr03G003213 Chr03 NC_080389.1:49745882-49745891promoter 内 1121-1130 bp - 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 49748762-49749301(+) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TTTGTCGCAT
SmilChr03G002107 Chr03 NC_080389.1:32780437-32780446promoter 内 1052-1061 bp + 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 32774926-32777497(-) SMil_00007048-RA_Salv MP00574 TATGTCGGAG