转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 71 / 119 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006092 Chr01 NC_080387.1:76405320-76405330promoter 内 1742-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 76400229-76403071(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTA
SmilChr01G001795 Chr01 NC_080387.1:32818730-32818740promoter 内 1719-1729 bp + 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 32821012-32823779(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAAAA
SmilChr02G002665 Chr02 NC_080388.1:46146021-46146031promoter 内 1559-1569 bp + 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 46148463-46150262(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAAAC
SmilChr02G000458 Chr02 NC_080388.1:6123710-6123720promoter 内 1542-1552 bp + 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6118977-6121261(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr01G005663 Chr01 NC_080387.1:72965170-72965180promoter 内 1530-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 72959969-72962709(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr01G001974 Chr01 NC_080387.1:35159500-35159510promoter 内 1492-1502 bp + 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35154693-35157001(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTA
SmilChr02G003280 Chr02 NC_080388.1:54107416-54107426promoter 内 1428-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54109989-54111942(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr01G004626 Chr01 NC_080387.1:64318818-64318828promoter 内 1409-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 64304875-64316236(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTA
SmilChr01G004062 Chr01 NC_080387.1:59043489-59043499promoter 内 1395-1405 bp + 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59040510-59040893(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr01G003331 Chr01 NC_080387.1:52022285-52022295promoter 内 1332-1342 bp + 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 52024954-52026587(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TAAAGTCAAAC
SmilChr02G002634 Chr02 NC_080388.1:45712922-45712932promoter 内 1229-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45705858-45710160(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAAAA
SmilChr02G000409 Chr02 NC_080388.1:5101149-5101159promoter 内 1164-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5096352-5098322(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GAGAGTCAACC
SmilChr01G004413 Chr01 NC_080387.1:62259145-62259155promoter 内 1065-1075 bp + 2926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 62262081-62265543(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAAAA
SmilChr02G000131 Chr02 NC_080388.1:1801919-1801929promoter 内 1064-1074 bp + 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1797090-1798992(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr01G001395 Chr01 NC_080387.1:27442320-27442330promoter 内 971-981 bp + 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 27439228-27439300(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr02G002032 Chr02 NC_080388.1:36617686-36617696promoter 内 897-907 bp - 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 36620790-36622199(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr02G002659 Chr02 NC_080388.1:46023254-46023264promoter 内 826-836 bp + 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 46018745-46020089(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTA
SmilChr02G000338 Chr02 NC_080388.1:4335571-4335581promoter 内 800-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4338772-4339104(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAAAA
SmilChr01G002267 Chr01 NC_080387.1:39459801-39459811promoter 内 769-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 39454608-39456579(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAAAA
SmilChr02G003914 Chr02 NC_080388.1:61238486-61238496promoter 内 767-777 bp + 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 61234002-61235262(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr01G001692 Chr01 NC_080387.1:31147328-31147338promoter 内 643-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 31142274-31143980(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr01G005714 Chr01 NC_080387.1:73354558-73354568promoter 内 528-538 bp + 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 73346682-73351095(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTGGG
SmilChr02G003191 Chr02 NC_080388.1:53072994-53073004promoter 内 385-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 53067817-53069388(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTACT
SmilChr01G004394 Chr01 NC_080387.1:62101443-62101453promoter 内 381-391 bp - 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 62105063-62109085(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr01G001614 Chr01 NC_080387.1:30270666-30270676promoter 内 176-186 bp + 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 30274491-30275147(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAAAA
SmilChr02G003254 Chr02 NC_080388.1:53827932-53827942promoter 内 157-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 53831776-53834508(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTTTGACTTGG
SmilChr02G004174 Chr02 NC_080388.1:64031355-64031365promoter 内 94-104 bp + 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 64035262-64036151(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAAAA
SmilChr02G000057 Chr02 NC_080388.1:741495-741505promoter 内 39-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 745457-746379(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTACT
SmilChr01G004310 Chr01 NC_080387.1:61274191-61274201promoter 内 2-12 bp + 3989 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 61278190-61287644(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CCAAGTCAAAA
SmilChr01G006004 Chr01 NC_080387.1:75613740-75613750promoter 内 3388-3398 bp + 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 75614353-75617198(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TTAAGTCAACC
SmilChr02G001130 Chr02 NC_080388.1:20438293-20438303promoter 内 2836-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 20436674-20437138(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TCAAGTCAACT
SmilChr01G005414 Chr01 NC_080387.1:71370298-71370308promoter 内 2464-2474 bp + 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 71366512-71368771(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTGA
SmilChr02G001021 Chr02 NC_080388.1:18038405-18038415promoter 内 2967-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 18031757-18037381(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATCAGTCAACA
SmilChr02G000571 Chr02 NC_080388.1:8067220-8067230promoter 内 2547-2557 bp + 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 8068674-8071081(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TCAAGTCAACT
SmilChr01G001475 Chr01 NC_080387.1:28533745-28533755promoter 内 1687-1697 bp - 2304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 28536059-28538387(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TGTTGACTGAT
SmilChr01G001398 Chr01 NC_080387.1:27480619-27480629promoter 内 80-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 27475464-27476708(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 ATCAGTCAACA
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