转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000025; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021663-RA_Salv SmilChr01G000025 SBP XP_057790305.1 MP00633 TTGTACGGA

可能结合的靶基因

8026 个结合位点 6833 个候选靶基因 第 74 / 137 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005012 Chr02 NC_080388.1:71919276-71919284promoter 内 3039-3047 bp - 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 71914545-71918322(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr05G002145 Chr05 NC_080391.1:22631225-22631233promoter 内 2975-2983 bp + 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 22620611-22630207(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr02G004652 Chr02 NC_080388.1:68956497-68956505promoter 内 2927-2935 bp - 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 68954898-68955431(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr04G003843 Chr04 NC_080390.1:54457918-54457926promoter 内 2915-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54455889-54456840(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr08G000648 Chr08 NC_080394.1:4821991-4821999promoter 内 2892-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4823100-4825560(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr08G000578 Chr08 NC_080394.1:4236506-4236514promoter 内 2881-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4234252-4235394(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr08G000580 Chr08 NC_080394.1:4242574-4242582promoter 内 2881-2889 bp - 1112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4240337-4241462(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr04G001536 Chr04 NC_080390.1:25282435-25282443promoter 内 2854-2862 bp + 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 25283582-25284914(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr06G003268 Chr06 NC_080392.1:45306318-45306326promoter 内 2812-2820 bp - 1181 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 45304075-45305137(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr03G002413 Chr03 NC_080389.1:38374939-38374947promoter 内 2810-2818 bp - 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 38372638-38373756(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38381231-38381239promoter 内 2810-2818 bp - 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr06G003270 Chr06 NC_080392.1:45312416-45312424promoter 内 2810-2818 bp - 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 45310171-45311233(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr01G001964 Chr01 NC_080387.1:34972487-34972495promoter 内 2803-2811 bp + 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 34969412-34971297(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr01G006052 Chr01 NC_080387.1:76015147-76015155promoter 内 2796-2804 bp - 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 76012807-76013950(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr01G003385 Chr01 NC_080387.1:52530054-52530062promoter 内 2791-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 52531264-52532222(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr08G003401 Chr08 NC_080394.1:35868588-35868596promoter 内 2754-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35869835-35872426(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr08G004023 Chr08 NC_080394.1:48670348-48670356promoter 内 2688-2696 bp + 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 48658637-48669043(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr04G004020 Chr04 NC_080390.1:55444890-55444898promoter 内 2677-2685 bp + 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55446214-55446965(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr01G001980 Chr01 NC_080387.1:35200232-35200240promoter 内 2660-2668 bp + 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35197190-35198899(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr02G000245 Chr02 NC_080388.1:3173425-3173433promoter 内 2647-2655 bp - 1346 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3169047-3172079(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr05G002416 Chr05 NC_080391.1:26693290-26693298promoter 内 2642-2650 bp + 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 26689756-26691939(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr03G002249 Chr03 NC_080389.1:35420387-35420395promoter 内 2610-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35421778-35425099(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr04G004057 Chr04 NC_080390.1:55720344-55720352promoter 内 2551-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55716952-55718902(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr08G004528 Chr08 NC_080394.1:54836464-54836472promoter 内 2504-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54824367-54834975(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr01G000588 Chr01 NC_080387.1:12742023-12742031promoter 内 2495-2503 bp + 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 12743529-12746523(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr08G003756 Chr08 NC_080394.1:42774954-42774962promoter 内 2486-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 42770992-42773447(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr01G000604 Chr01 NC_080387.1:13153214-13153222promoter 内 2478-2486 bp - 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 13148705-13151699(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr04G003547 Chr04 NC_080390.1:51817192-51817200promoter 内 2477-2485 bp + 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 51818716-51820269(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr03G003227 Chr03 NC_080389.1:49994386-49994394promoter 内 2456-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 49989855-49992849(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr01G006069 Chr01 NC_080387.1:76097926-76097934promoter 内 2445-2453 bp + 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 76091732-76096378(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr05G002848 Chr05 NC_080391.1:33952379-33952387promoter 内 2441-2449 bp + 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 33953939-33967574(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr05G002966 Chr05 NC_080391.1:35960356-35960364promoter 内 2387-2395 bp + 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35954385-35958750(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr05G002646 Chr05 NC_080391.1:29845911-29845919promoter 内 2377-2385 bp - 1616 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 29843321-29844295(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 GAGTACGGA
SmilChr02G003907 Chr02 NC_080388.1:61125467-61125475promoter 内 2348-2356 bp - 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 61127120-61129344(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr01G000763 Chr01 NC_080387.1:16725025-16725033promoter 内 2341-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 16722822-16723373(-) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
SmilChr03G001394 Chr03 NC_080389.1:16537870-16537878promoter 内 2298-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 16539573-16545270(+) SMil_00021663-RA_Salv MP00633 TCCGTACTC
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