转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 74 / 138 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000978 Chr02 NC_080388.1:17148096-17148109promoter 内 1069-1082 bp + 2919 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 17151028-17160868(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACTGTTAGGTCCTG
SmilChr01G000452 Chr01 NC_080387.1:9192145-9192158promoter 内 1049-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9195097-9197295(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGAAACCTAACCTC
SmilChr01G004805 Chr01 NC_080387.1:66246092-66246105promoter 内 1028-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 66249065-66252509(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTAGGTAGGA
SmilChr01G001021 Chr01 NC_080387.1:21382880-21382893promoter 内 1027-1040 bp - 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 21385854-21388451(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAAACCTAACATA
SmilChr01G004324 Chr01 NC_080387.1:61399555-61399568promoter 内 971-984 bp - 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 61402585-61404376(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGACACCTAACATG
SmilChr01G000136 Chr01 NC_080387.1:2297052-2297065promoter 内 959-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 2288363-2294023(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTGTTAGGTCTTG
SmilChr01G004202 Chr01 NC_080387.1:60487516-60487529promoter 内 906-919 bp - 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60483973-60484434(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGATTAGGTAGAC
SmilChr02G003521 Chr02 NC_080388.1:56387256-56387269promoter 内 878-891 bp + 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56382676-56384146(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCAAACCAA
SmilChr02G003070 Chr02 NC_080388.1:51556079-51556092promoter 内 657-670 bp + 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 51559423-51561003(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCAGTTAGGTGTCA
SmilChr01G003213 Chr01 NC_080387.1:50914230-50914243promoter 内 656-669 bp + 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 50903496-50910898(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGATGCCTAACTCA
SmilChr01G004804 Chr01 NC_080387.1:66238033-66238046promoter 内 641-654 bp - 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 66241393-66244561(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAACACCTAACCCA
SmilChr01G003085 Chr01 NC_080387.1:49686195-49686208promoter 内 468-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49689728-49693147(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TACGTTAGGTCAAG
SmilChr01G000180 Chr01 NC_080387.1:3045969-3045982promoter 内 458-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 3040681-3042439(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGGTTAGGTTTTA
SmilChr02G003838 Chr02 NC_080388.1:60072424-60072437promoter 内 413-426 bp + 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60067055-60068849(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAAGACCTAACCAA
SmilChr02G000810 Chr02 NC_080388.1:13576769-13576782promoter 内 207-220 bp - 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 13566913-13572988(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAATTTAGGTATGG
SmilChr01G004203 Chr01 NC_080387.1:60487516-60487529promoter 内 84-97 bp - 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60491433-60494035(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTCTACCTAATCAA
SmilChr03G000735 Chr03 NC_080389.1:8294700-8294713promoter 内 79-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 8298622-8299118(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAGAACCTAACAAA
SmilChr02G002680 Chr02 NC_080388.1:46390980-46390993promoter 内 27-40 bp + 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46384041-46387019(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTAACCTAACAGT
SmilChr01G004745 Chr01 NC_080387.1:65631798-65631811promoter 内 30-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 5 65626950-65627840(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGATACCTAATATT
SmilChr02G002864 Chr02 NC_080388.1:48804626-48804639promoter 内 549-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 48808078-48808711(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGCAACCTAACTGT
SmilChr02G004788 Chr02 NC_080388.1:70038151-70038164promoter 内 7-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 4 70032069-70034170(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAATTAGGTATTA
SmilChr02G005257 Chr02 NC_080388.1:73673857-73673870promoter 内 3463-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 73671042-73673332(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTGACCTAACGTC
SmilChr02G004965 Chr02 NC_080388.1:71563961-71563974promoter 内 3422-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 71562197-71563395(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGGTTAGGTGGTA
SmilChr03G002071 Chr03 NC_080389.1:31605220-31605233promoter 内 3131-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 31606090-31607582(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAGGACCTAACAAT
SmilChr01G005941 Chr01 NC_080387.1:75144628-75144641promoter 内 3111-3124 bp - 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 75145518-75148832(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGCAACCTAACAAC
SmilChr02G002863 Chr02 NC_080388.1:48804626-48804639promoter 内 2454-2467 bp - 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 48796898-48803092(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACAGTTAGGTTGCT
SmilChr01G003308 Chr01 NC_080387.1:51772202-51772215promoter 内 2323-2336 bp - 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 51773880-51777439(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTGACCTAACGTC
SmilChr01G001727 Chr01 NC_080387.1:31815291-31815304promoter 内 2181-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 31817111-31822515(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGATACCTAATCTA
SmilChr01G001803 Chr01 NC_080387.1:32956779-32956792promoter 内 1811-1824 bp - 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 32958969-32964067(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGATACCTAATCTA
SmilChr02G005586 Chr02 NC_080388.1:75670251-75670264promoter 内 1218-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 75664446-75667481(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCAAACTGA
SmilChr01G005936 Chr01 NC_080387.1:75118650-75118663promoter 内 1108-1121 bp - 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 75113659-75115770(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTGTTAGGTTGCA
SmilChr01G005713 Chr01 NC_080387.1:73348501-73348514promoter 内 1047-1060 bp - 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 73341651-73345560(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGGTTAGGTTTTA
SmilChr01G001917 Chr01 NC_080387.1:34309640-34309653promoter 内 257-270 bp - 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 34313384-34317252(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGTCACCTAACAAA
SmilChr01G001873 Chr01 NC_080387.1:33752962-33752975promoter 内 235-248 bp - 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 3 33756728-33760494(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGTCACCTAACAAA
SmilChr02G000914 Chr02 NC_080388.1:15868782-15868795promoter 内 3896-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 15850486-15868690(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTAAGCCTAACTCA
SmilChr02G000915 Chr02 NC_080388.1:15868782-15868795promoter 内 3877-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 15852719-15868671(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTAAGCCTAACTCA
SmilChr02G002246 Chr02 NC_080388.1:39895360-39895373promoter 内 3659-3672 bp - 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 39895702-39906559(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTGTACCTAATCAG
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