转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000070; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001046-RA_Salv SmilChr04G000070 bHLH XP_057807324.1 MP00034 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 75 / 134 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004046 Chr05 NC_080391.1:54443292-54443299promoter 内 877-884 bp + 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 54433584-54440175(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr02G002423 Chr02 NC_080388.1:42195133-42195140promoter 内 873-880 bp - 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 42198261-42199616(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr04G002768 Chr04 NC_080390.1:43438025-43438032promoter 内 872-879 bp + 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 43441154-43446940(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr02G001291 Chr02 NC_080388.1:23733560-23733567promoter 内 866-873 bp - 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 23726053-23730432(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr04G004154 Chr04 NC_080390.1:56234650-56234657promoter 内 865-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 56237786-56244020(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr01G000323 Chr01 NC_080387.1:6380930-6380937promoter 内 862-869 bp + 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 6384069-6392414(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr01G000588 Chr01 NC_080387.1:12740390-12740397promoter 内 862-869 bp + 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12743529-12746523(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr04G001965 Chr04 NC_080390.1:31875954-31875961promoter 内 858-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 31879097-31880597(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr03G004002 Chr03 NC_080389.1:59042581-59042588promoter 内 852-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 59045730-59048398(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr03G000035 Chr03 NC_080389.1:442104-442111promoter 内 849-856 bp + 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 438117-438959(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr02G004272 Chr02 NC_080388.1:64926067-64926074promoter 内 845-852 bp + 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 64921711-64922918(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr01G003355 Chr01 NC_080387.1:52296679-52296686promoter 内 841-848 bp + 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 52299839-52302820(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr04G003961 Chr04 NC_080390.1:55130740-55130747promoter 内 840-847 bp - 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55125607-55127586(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr02G001013 Chr02 NC_080388.1:17881321-17881328promoter 内 830-837 bp + 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 17884492-17885463(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr01G005900 Chr01 NC_080387.1:74906685-74906692promoter 内 827-834 bp - 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 74901583-74903518(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr01G000852 Chr01 NC_080387.1:18405629-18405636promoter 内 825-832 bp + 3169 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 18408805-18412146(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr04G003090 Chr04 NC_080390.1:47534781-47534788promoter 内 823-830 bp + 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47527776-47531610(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr02G000331 Chr02 NC_080388.1:4212493-4212500promoter 内 818-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4207634-4209317(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr04G001104 Chr04 NC_080390.1:15811844-15811851promoter 内 817-824 bp - 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 15806728-15808667(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr05G002855 Chr05 NC_080391.1:34046118-34046125promoter 内 817-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 34049302-34051225(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr01G005348 Chr01 NC_080387.1:70721769-70721776promoter 内 816-823 bp + 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 70724954-70726316(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr03G004628 Chr03 NC_080389.1:63934906-63934913promoter 内 815-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 63938092-63939767(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr02G005500 Chr02 NC_080388.1:75142510-75142517promoter 内 811-818 bp + 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 75145700-75149372(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr01G004673 Chr01 NC_080387.1:64811112-64811119promoter 内 809-816 bp + 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 64814304-64815109(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr05G000169 Chr05 NC_080391.1:1342132-1342139promoter 内 809-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1335060-1338947(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr04G003129 Chr04 NC_080390.1:47903997-47904004promoter 内 808-815 bp - 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47897872-47900811(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr06G000126 Chr06 NC_080392.1:887750-887757promoter 内 806-813 bp + 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 890945-891892(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr03G000010 Chr03 NC_080389.1:116046-116053promoter 内 805-812 bp + 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 110983-112857(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr06G000041 Chr06 NC_080392.1:345962-345969promoter 内 802-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 349161-350093(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr02G004587 Chr02 NC_080388.1:68349061-68349068promoter 内 801-808 bp + 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 68352261-68355449(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr03G004515 Chr03 NC_080389.1:63198240-63198247promoter 内 801-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 63201440-63202039(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGT
SmilChr02G002386 Chr02 NC_080388.1:41791045-41791052promoter 内 800-807 bp - 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 41794246-41799827(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr05G002209 Chr05 NC_080391.1:23551680-23551687promoter 内 793-800 bp + 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 23554888-23560180(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr02G000979 Chr02 NC_080388.1:17169620-17169627promoter 内 788-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 17172833-17173870(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
SmilChr03G002406 Chr03 NC_080389.1:38190050-38190057promoter 内 788-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 38173463-38186844(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 TCACGTGC
SmilChr04G003765 Chr04 NC_080390.1:53886541-53886548promoter 内 783-790 bp - 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53889759-53893102(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 GCACGTGA
SmilChr02G003825 Chr02 NC_080388.1:59894338-59894345promoter 内 782-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 59897557-59899453(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGC
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