转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 75 / 142 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002615 Chr03 NC_080389.1:41553900-41553914promoter 内 3929-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 41551723-41553842(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr04G000077 Chr04 NC_080390.1:711143-711157promoter 内 3891-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 711253-714956(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTAACTACCACAAA
SmilChr02G003927 Chr02 NC_080388.1:61345929-61345943promoter 内 3825-3839 bp + 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 61346105-61348946(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr08G001720 Chr08 NC_080394.1:14427525-14427539promoter 内 3804-3818 bp + 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 14427722-14432121(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCCATTC
SmilChr07G001414 Chr07 NC_080393.1:11010751-11010765promoter 内 3761-3775 bp - 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11010366-11010525(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCAACTACCACATG
SmilChr08G002485 Chr08 NC_080394.1:23758762-23758776promoter 内 3651-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23753795-23758426(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCATTCT
SmilChr07G001639 Chr07 NC_080393.1:13833494-13833508promoter 内 3634-3648 bp - 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 13829470-13833141(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCCCCCACCACCAC
SmilChr03G004447 Chr03 NC_080389.1:62609300-62609314promoter 内 3590-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 62609711-62615303(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTACCTACCCACAT
SmilChr08G001623 Chr08 NC_080394.1:13433885-13433899promoter 内 3566-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 13434320-13437455(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAGGGTTAGGTGGG
SmilChr02G000549 Chr02 NC_080388.1:7640739-7640753promoter 内 3421-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 7641319-7646267(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATTAGGTAGGTGGC
SmilChr06G003190 Chr06 NC_080392.1:44803243-44803257promoter 内 3277-3291 bp - 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44803967-44807305(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGTAGTAGGTGAA
SmilChr02G002586 Chr02 NC_080388.1:44958981-44958995promoter 内 3204-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44958127-44958198(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTGTGGTAGTTGTA
SmilChr02G001255 Chr02 NC_080388.1:23048662-23048676promoter 内 3200-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23049463-23051744(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATAACCACCACCAC
SmilChr03G001348 Chr03 NC_080389.1:15722481-15722495promoter 内 3179-3193 bp - 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15718797-15721673(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTAACTACCACTTC
SmilChr06G002255 Chr06 NC_080392.1:31982961-31982975promoter 内 3145-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 31983817-31985971(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCTCCA
SmilChr06G002792 Chr06 NC_080392.1:40619043-40619057promoter 内 3098-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40616940-40618154(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATAAGGGTAGGTAGG
SmilChr03G001629 Chr03 NC_080389.1:20991327-20991341promoter 内 3066-3080 bp + 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 20992262-20994544(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCTAAGC
SmilChr08G000013 Chr08 NC_080394.1:117536-117550promoter 内 2970-2984 bp + 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 112386-116519(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTTGAGTAGGTGGG
SmilChr03G001876 Chr03 NC_080389.1:26046420-26046434promoter 内 2936-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 26022430-26045369(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGGG
SmilChr07G001640 Chr07 NC_080393.1:13833494-13833508promoter 内 2894-2908 bp - 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 13834601-13837969(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGGGGGG
SmilChr03G001321 Chr03 NC_080389.1:15466259-15466273promoter 内 2884-2898 bp - 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 15463229-15465156(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCATGGA
SmilChr03G001427 Chr03 NC_080389.1:16904588-16904602promoter 内 2563-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16906026-16907941(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCATGGA
SmilChr07G000312 Chr07 NC_080393.1:2090210-2090224promoter 内 2478-2492 bp + 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2091733-2097108(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTACAG
SmilChr08G002053 Chr08 NC_080394.1:18401652-18401666promoter 内 2399-2413 bp + 1588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 18376140-18400064(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATTAGGTAGGTGGC
SmilChr07G000133 Chr07 NC_080393.1:786696-786710promoter 内 2397-2411 bp + 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 788300-789816(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACAACCACCACCAT
SmilChr03G002331 Chr03 NC_080389.1:36773439-36773453promoter 内 2352-2366 bp - 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 36770655-36771804(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTACTTC
SmilChr05G002677 Chr05 NC_080391.1:30242394-30242408promoter 内 2345-2359 bp - 1642 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30244050-30246705(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATTCAGTAGGTGGA
SmilChr08G002486 Chr08 NC_080394.1:23758762-23758776promoter 内 2325-2339 bp - 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23760438-23760794(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAATGGTAGGTAGC
SmilChr07G003879 Chr07 NC_080393.1:48420846-48420860promoter 内 2318-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48422529-48427938(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGTAGTAGGTGAA
SmilChr01G002349 Chr01 NC_080387.1:40643233-40643247promoter 内 2253-2267 bp - 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40637857-40641499(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCGTAGA
SmilChr08G004211 Chr08 NC_080394.1:51503783-51503797promoter 内 2251-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 51505533-51509465(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACACCTACTACTTC
SmilChr01G003671 Chr01 NC_080387.1:55157144-55157158promoter 内 2221-2235 bp - 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 55153174-55155378(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACACCTACCGACAA
SmilChr04G002202 Chr04 NC_080390.1:35650026-35650040promoter 内 2193-2207 bp - 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 35642919-35648232(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATAACTACCACACT
SmilChr02G004179 Chr02 NC_080388.1:64076496-64076510promoter 内 2159-2173 bp - 1828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 64078338-64090839(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTATT
SmilChr05G003086 Chr05 NC_080391.1:39062751-39062765promoter 内 1973-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39056843-39060737(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTATT
SmilChr05G003073 Chr05 NC_080391.1:38657128-38657142promoter 内 1968-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 38659161-38659899(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTATT
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