转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 75 / 139 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000883 Chr04 NC_080390.1:11263619-11263630promoter 内 1695-1706 bp - 2295 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 11265925-11267310(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAATC
SmilChr01G004916 Chr01 NC_080387.1:67197497-67197508promoter 内 1609-1620 bp + 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 67193509-67195116(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCTCCT
SmilChr01G000585 Chr01 NC_080387.1:12630850-12630861promoter 内 1552-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 12625330-12628412(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAATC
SmilChr04G000587 Chr04 NC_080390.1:6536685-6536696promoter 内 1541-1552 bp - 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 6539145-6540464(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCATGT
SmilChr02G005239 Chr02 NC_080388.1:73565344-73565355promoter 内 1505-1516 bp + 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 73567840-73571789(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTTTGACGTGGA
SmilChr03G003588 Chr03 NC_080389.1:54541639-54541650promoter 内 1196-1207 bp - 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 54544444-54546455(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCATTC
SmilChr02G002169 Chr02 NC_080388.1:38915777-38915788promoter 内 1063-1074 bp + 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 38911880-38912850(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCATTG
SmilChr02G004088 Chr02 NC_080388.1:63167352-63167363promoter 内 933-944 bp - 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 63161852-63164295(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATGTGACGTGGA
SmilChr03G000607 Chr03 NC_080389.1:6710251-6710262promoter 内 771-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 6706463-6707032(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGGA
SmilChr03G002621 Chr03 NC_080389.1:41611286-41611297promoter 内 765-776 bp - 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 41602122-41608061(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAATGACGTGGG
SmilChr01G000873 Chr01 NC_080387.1:18608967-18608978promoter 内 763-774 bp + 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 18604931-18605740(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACTT
SmilChr01G000870 Chr01 NC_080387.1:18572620-18572631promoter 内 701-712 bp + 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 18567168-18569331(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACTT
SmilChr03G000682 Chr03 NC_080389.1:7630038-7630049promoter 内 693-704 bp + 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 7625512-7626741(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAATG
SmilChr01G002368 Chr01 NC_080387.1:40878127-40878138promoter 内 647-658 bp - 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 40872592-40874784(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTTTGACGTGGA
SmilChr02G001032 Chr02 NC_080388.1:18261636-18261647promoter 内 645-656 bp + 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 18264992-18268102(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGAAGACGTGGA
SmilChr02G001392 Chr02 NC_080388.1:26449996-26450007promoter 内 623-634 bp + 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 26442907-26446629(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCATGT
SmilChr04G000956 Chr04 NC_080390.1:12667008-12667019promoter 内 303-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 12659602-12663321(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCTTCC
SmilChr01G003900 Chr01 NC_080387.1:57293218-57293229promoter 内 124-135 bp - 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 57286627-57289352(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGAAGACGTGGG
SmilChr03G000864 Chr03 NC_080389.1:9836178-9836189promoter 内 66-77 bp + 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 9840113-9843954(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACATGACGTGGA
SmilChr03G001182 Chr03 NC_080389.1:13574547-13574558promoter 内 3970-3981 bp + 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 13574578-13577024(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CTTTGACGTGGT
SmilChr02G003636 Chr02 NC_080388.1:57734592-57734603promoter 内 3953-3964 bp + 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 57730340-57734555(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCACTT
SmilChr04G000681 Chr04 NC_080390.1:7905133-7905144promoter 内 3952-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 7905182-7906160(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCAATG
SmilChr04G003462 Chr04 NC_080390.1:51095265-51095276promoter 内 3938-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 51095328-51104879(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACCACGTCACTT
SmilChr02G002882 Chr02 NC_080388.1:49096453-49096464promoter 内 3918-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49094072-49096381(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAAGT
SmilChr02G002978 Chr02 NC_080388.1:50333848-50333859promoter 内 3918-3929 bp - 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 50333931-50336240(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAAGT
SmilChr01G001103 Chr01 NC_080387.1:22576547-22576558promoter 内 3911-3922 bp - 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 22569983-22576468(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GAATGACGTGGA
SmilChr02G002822 Chr02 NC_080388.1:48336403-48336414promoter 内 3879-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48336525-48342033(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ATGTGACGTGGA
SmilChr01G002133 Chr01 NC_080387.1:37321702-37321713promoter 内 3856-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 37316020-37321568(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGACGTCAGTT
SmilChr02G002115 Chr02 NC_080388.1:37906939-37906950promoter 内 3853-3864 bp - 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 37907087-37910401(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCATAT
SmilChr01G004300 Chr01 NC_080387.1:61179896-61179907promoter 内 3852-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 61176901-61179758(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGTACACGTGGC
SmilChr04G000779 Chr04 NC_080390.1:9537520-9537531promoter 内 3829-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9531284-9537359(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGTACA
SmilChr04G002424 Chr04 NC_080390.1:38874525-38874536promoter 内 3828-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 38874698-38876047(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCATGT
SmilChr03G000348 Chr03 NC_080389.1:3916220-3916231promoter 内 3823-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3916398-3917393(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCTACGTCAGCA
SmilChr04G001927 Chr04 NC_080390.1:31378690-31378701promoter 内 3799-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 31378892-31380915(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCATGT
SmilChr04G003300 Chr04 NC_080390.1:49713447-49713458promoter 内 3730-3741 bp + 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49713718-49715006(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCTGACGTGCA
SmilChr01G001063 Chr01 NC_080387.1:21996413-21996424promoter 内 3725-3736 bp + 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 21996689-22001360(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 ACATGACGTGGA
SmilChr02G003637 Chr02 NC_080388.1:57734592-57734603promoter 内 3695-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 57734898-57741109(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AAGTGACGTGGA
SmilChr04G001474 Chr04 NC_080390.1:24183689-24183700promoter 内 3679-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 24184011-24185285(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCGACGTCAGAT
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