转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 76 / 138 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000708 Chr01 NC_080387.1:15845899-15845913promoter 内 370-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 15849530-15850611(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr02G001094 Chr02 NC_080388.1:19741312-19741326promoter 内 369-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 19735577-19737694(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr04G001614 Chr04 NC_080390.1:26890548-26890562promoter 内 339-353 bp - 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26862887-26886900(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr03G002545 Chr03 NC_080389.1:40619135-40619149promoter 内 306-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 40622830-40623603(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCTTGATTA
SmilChr02G000242 Chr02 NC_080388.1:3128941-3128955promoter 内 303-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3122092-3125257(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr04G002042 Chr04 NC_080390.1:33149313-33149327promoter 内 289-303 bp - 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33144636-33145615(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GAGTCACTACCGTTG
SmilChr05G002594 Chr05 NC_080391.1:29176121-29176135promoter 内 282-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 29167972-29172416(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TAACGGTCGGCTTAA
SmilChr02G000438 Chr02 NC_080388.1:5708057-5708071promoter 内 273-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5702172-5704343(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CCGAAGGTACCGTTG
SmilChr08G002716 Chr08 NC_080394.1:26764959-26764973promoter 内 252-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26758796-26761224(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGTAGTCAACCGTTG
SmilChr03G003223 Chr03 NC_080389.1:49904194-49904208promoter 内 235-249 bp + 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 49899621-49900442(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr03G004755 Chr03 NC_080389.1:64651837-64651851promoter 内 208-222 bp + 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 64633916-64648058(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr06G002244 Chr06 NC_080392.1:31810263-31810277promoter 内 207-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 31814057-31814815(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTAAGCCGACCGTTA
SmilChr05G003114 Chr05 NC_080391.1:39678727-39678741promoter 内 197-211 bp - 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39682531-39684565(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr06G001753 Chr06 NC_080392.1:20437792-20437806promoter 内 193-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20425784-20433998(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGAAAACGACCGTTT
SmilChr06G001141 Chr06 NC_080392.1:11487137-11487151promoter 内 175-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11481547-11483325(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GCATACAAACCGTTG
SmilChr02G000762 Chr02 NC_080388.1:12419268-12419282promoter 内 170-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 12414325-12415451(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr02G004762 Chr02 NC_080388.1:69796894-69796908promoter 内 163-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 69800732-69803068(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATCAATCA
SmilChr03G003843 Chr03 NC_080389.1:57553688-57553702promoter 内 163-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57557526-57571693(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GTTGTATTACCGTTG
SmilChr02G002768 Chr02 NC_080388.1:47740435-47740449promoter 内 105-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47744331-47750293(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCCAAGCTC
SmilChr07G003452 Chr07 NC_080393.1:38555146-38555160promoter 内 102-116 bp + 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38550287-38551261(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr08G001041 Chr08 NC_080394.1:7932007-7932021promoter 内 102-116 bp + 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7935906-7940189(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCAAACAAACCGTTG
SmilChr02G000436 Chr02 NC_080388.1:5703543-5703557promoter 内 72-86 bp + 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5697018-5699628(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTACCTTCGG
SmilChr07G000450 Chr07 NC_080393.1:3178152-3178166promoter 内 71-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3182082-3185392(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTCCTTGACCGTTG
SmilChr05G002415 Chr05 NC_080391.1:26687984-26687998promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26680501-26684021(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr05G001251 Chr05 NC_080391.1:10638056-10638070promoter 内 2-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 10642055-10645817(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTGTATGC
SmilChr07G003586 Chr07 NC_080393.1:41890081-41890095promoter 内 3573-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 4 41879818-41889667(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATAACAATACCGTTG
SmilChr07G003587 Chr07 NC_080393.1:41890081-41890095promoter 内 2249-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 4 41887044-41888343(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATAACAATACCGTTG
SmilChr02G001966 Chr02 NC_080388.1:35592166-35592180promoter 内 469-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 4 35595698-35597599(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTAGCGACCGTTT
SmilChr05G002923 Chr05 NC_080391.1:35187748-35187762promoter 内 2467-2481 bp - 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 35183081-35186228(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACACAACGACCGTTA
SmilChr04G002520 Chr04 NC_080390.1:40232656-40232670promoter 内 3980-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 40231648-40232649(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTTAAATGACCGTTT
SmilChr04G002567 Chr04 NC_080390.1:40984742-40984756promoter 内 3655-3669 bp - 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 40980378-40984410(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATGTTCAACCGTTG
SmilChr06G002891 Chr06 NC_080392.1:41764162-41764176promoter 内 3549-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 41761342-41763724(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGTTAGAAACCGTTG
SmilChr07G003548 Chr07 NC_080393.1:41163279-41163293promoter 内 3038-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 41164242-41167141(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATAACCAGACCGTTA
SmilChr08G003054 Chr08 NC_080394.1:30705078-30705092promoter 内 2320-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 30700162-30703411(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TCAATTATACCGTTG
SmilChr05G003240 Chr05 NC_080391.1:41643195-41643209promoter 内 2116-2130 bp - 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 41645080-41646769(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTTATAG
SmilChr04G003886 Chr04 NC_080390.1:54685879-54685893promoter 内 1180-1194 bp - 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 54681522-54683072(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAGAAAAAACCGTTG
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