转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003761; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009735-RA_Salv SmilChr03G003761 WRKY XP_057798625.1 MP00525 AAAGTCAACGC

可能结合的靶基因

9838 个结合位点 7235 个候选靶基因 第 76 / 145 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000808 Chr03 NC_080389.1:9234961-9234971promoter 内 1794-1804 bp + 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9237168-9238748(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCAGTCAACCC
SmilChr02G000883 Chr02 NC_080388.1:15227415-15227425promoter 内 1770-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 15222287-15225194(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACAA
SmilChr03G002398 Chr03 NC_080389.1:37991363-37991373promoter 内 1744-1754 bp - 2247 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 37985835-37989116(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACAA
SmilChr03G002113 Chr03 NC_080389.1:32889660-32889670promoter 内 1722-1732 bp + 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32887286-32887391(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACCAC
SmilChr01G000849 Chr01 NC_080387.1:18341718-18341728promoter 内 1714-1724 bp - 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 18344005-18344110(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACCAC
SmilChr02G002667 Chr02 NC_080388.1:46173495-46173505promoter 内 1712-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 46175784-46176869(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTC
SmilChr01G000144 Chr01 NC_080387.1:2435272-2435282promoter 内 1660-1670 bp + 2331 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2432032-2432941(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTC
SmilChr03G002582 Chr03 NC_080389.1:41081983-41081993promoter 内 1634-1644 bp - 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 41084350-41090165(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CAGTTGACTCC
SmilChr03G002514 Chr03 NC_080389.1:40009045-40009055promoter 内 1545-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 40011501-40012238(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACAA
SmilChr01G005751 Chr01 NC_080387.1:73592340-73592350promoter 内 1488-1498 bp - 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73588147-73589837(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGGTCAACGA
SmilChr03G004568 Chr03 NC_080389.1:63591358-63591368promoter 内 1477-1487 bp + 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 63593882-63597689(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGGTCAACGA
SmilChr03G003470 Chr03 NC_080389.1:53162369-53162379promoter 内 1409-1419 bp - 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53164961-53171918(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTC
SmilChr02G002839 Chr02 NC_080388.1:48511449-48511459promoter 内 1318-1328 bp - 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 48514132-48515581(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTC
SmilChr04G000314 Chr04 NC_080390.1:2892996-2893006promoter 内 1311-1321 bp + 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2888900-2890316(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTC
SmilChr04G002740 Chr04 NC_080390.1:43071289-43071299promoter 内 1292-1302 bp + 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 43068506-43068590(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTC
SmilChr01G000737 Chr01 NC_080387.1:16343419-16343429promoter 内 1223-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16337692-16340651(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACAA
SmilChr02G002281 Chr02 NC_080388.1:40297890-40297900promoter 内 1153-1163 bp - 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 40288991-40295052(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGGTCAACGA
SmilChr04G001734 Chr04 NC_080390.1:28579568-28579578promoter 内 1133-1143 bp + 2858 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28573260-28576710(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACCAA
SmilChr02G004744 Chr02 NC_080388.1:69651336-69651346promoter 内 1132-1142 bp + 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69654205-69656876(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACAA
SmilChr02G003887 Chr02 NC_080388.1:60959951-60959961promoter 内 1102-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 60953433-60957062(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTC
SmilChr02G002004 Chr02 NC_080388.1:36184578-36184588promoter 内 1048-1058 bp + 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 36187531-36187691(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCAGTCAACCC
SmilChr04G002239 Chr04 NC_080390.1:36153643-36153653promoter 内 988-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 36156656-36164001(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGGTCAACGA
SmilChr03G001025 Chr03 NC_080389.1:11914819-11914829promoter 内 987-997 bp - 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11910604-11911815(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACTG
SmilChr04G000891 Chr04 NC_080390.1:11430431-11430441promoter 内 858-868 bp + 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 11425226-11427298(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACCAA
SmilChr02G003827 Chr02 NC_080388.1:59930908-59930918promoter 内 803-813 bp - 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59934106-59935911(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGGTTGACTGC
SmilChr03G002083 Chr03 NC_080389.1:32044265-32044275promoter 内 686-696 bp + 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32047580-32052217(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGGTCAACGA
SmilChr02G004743 Chr02 NC_080388.1:69651336-69651346promoter 内 647-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69644540-69647992(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTC
SmilChr03G001386 Chr03 NC_080389.1:16371514-16371524promoter 内 623-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16374892-16384279(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGGTCAACGA
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49167120-49167130promoter 内 549-559 bp - 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49170572-49173761(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTC
SmilChr02G001247 Chr02 NC_080388.1:22926358-22926368promoter 内 538-548 bp + 3453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 22919554-22922905(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGTTGACTTC
SmilChr03G003544 Chr03 NC_080389.1:54085908-54085918promoter 内 508-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54081136-54082425(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GGAGTCAACTG
SmilChr01G000151 Chr01 NC_080387.1:2580337-2580347promoter 内 361-371 bp + 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2583977-2585591(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACAA
SmilChr01G001571 Chr01 NC_080387.1:29745001-29745011promoter 内 298-308 bp + 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 29748704-29748775(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACAA
SmilChr01G004843 Chr01 NC_080387.1:66574222-66574232promoter 内 217-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 66562443-66570448(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGGTCAACGA
SmilChr04G002991 Chr04 NC_080390.1:46337403-46337413promoter 内 173-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 46341231-46342816(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TTGGTCAACGG
SmilChr01G000315 Chr01 NC_080387.1:6075476-6075486promoter 内 4-14 bp - 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6069699-6071489(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAAGTCAACAA
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