转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 76 / 138 下载 TSV

上一页 76 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004171 Chr02 NC_080388.1:64014584-64014597promoter 内 912-925 bp + 3076 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64004190-64011508(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTACTATT
SmilChr02G001954 Chr02 NC_080388.1:35257101-35257114promoter 内 836-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 35252986-35253949(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGCTGCCTAACTAC
SmilChr01G001684 Chr01 NC_080387.1:31070030-31070043promoter 内 665-678 bp - 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 31073366-31074461(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CGTTACCTAATTAA
SmilChr01G002991 Chr01 NC_080387.1:48836146-48836159promoter 内 658-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48828537-48832816(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTTACCTAATATG
SmilChr01G000565 Chr01 NC_080387.1:11695998-11696011promoter 内 610-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 11699389-11703233(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTGTTAGGTTGCA
SmilChr02G003689 Chr02 NC_080388.1:58280351-58280364promoter 内 583-596 bp + 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 58283769-58293795(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACGGTTAGGTAATT
SmilChr02G005566 Chr02 NC_080388.1:75572699-75572712promoter 内 548-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 75576152-75579955(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATATTAGGTAAAT
SmilChr01G005032 Chr01 NC_080387.1:68284057-68284070promoter 内 539-552 bp + 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 68278485-68280608(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTTACCTAATACC
SmilChr01G005031 Chr01 NC_080387.1:68278554-68278567promoter 内 532-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 68272982-68275098(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTTTACCTAATACC
SmilChr03G002502 Chr03 NC_080389.1:39860233-39860246promoter 内 513-526 bp + 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 39863721-39864215(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GACGTTAGGTCAGA
SmilChr01G005875 Chr01 NC_080387.1:74697364-74697377promoter 内 388-401 bp + 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74700977-74710158(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTGTTAGGTTCCC
SmilChr01G001529 Chr01 NC_080387.1:29283931-29283944promoter 内 370-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29287562-29290363(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACTATTAGGTATAG
SmilChr01G000925 Chr01 NC_080387.1:19609366-19609379promoter 内 352-365 bp + 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 19590326-19605730(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTTACCTAATCAT
SmilChr02G003208 Chr02 NC_080388.1:53237558-53237571promoter 内 272-285 bp - 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53241287-53244838(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAATACCTACTTTT
SmilChr02G002872 Chr02 NC_080388.1:48967356-48967369promoter 内 266-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48957194-48963634(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATATTAGGTAAAT
SmilChr01G005385 Chr01 NC_080387.1:71145677-71145690promoter 内 242-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71149436-71150275(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACTTACCTAATAAT
SmilChr01G001905 Chr01 NC_080387.1:34141777-34141790promoter 内 88-101 bp - 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 34145690-34147238(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTGACCTAACGTC
SmilChr02G004460 Chr02 NC_080388.1:67032021-67032034promoter 内 3841-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 67024212-67031874(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGTTAGGTTATA
SmilChr02G002374 Chr02 NC_080388.1:41585611-41585624promoter 内 3515-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 41582996-41585138(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGGTTAGGTTATA
SmilChr01G001774 Chr01 NC_080387.1:32653771-32653784promoter 内 3196-3209 bp + 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 32650047-32652979(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGGGCCTAACTAA
SmilChr02G004522 Chr02 NC_080388.1:67777964-67777977promoter 内 3040-3053 bp - 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 67778925-67780760(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CACAACCTAACACA
SmilChr02G003543 Chr02 NC_080388.1:56592411-56592424promoter 内 2229-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 56594183-56600988(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAACACCTAACCCA
SmilChr01G002300 Chr01 NC_080387.1:39832552-39832565promoter 内 1810-1823 bp + 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 39823665-39830374(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAAAACCTAACCAA
SmilChr01G002797 Chr01 NC_080387.1:46461550-46461563promoter 内 3906-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 46458193-46461468(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAACACCTAACACT
SmilChr01G003009 Chr01 NC_080387.1:49128323-49128336promoter 内 3861-3874 bp + 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 49127526-49128196(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACAACCTAACTCA
SmilChr02G002204 Chr02 NC_080388.1:39260049-39260062promoter 内 3831-3844 bp - 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 39257977-39259892(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTATTAGGTATAT
SmilChr02G005347 Chr02 NC_080388.1:74283575-74283588promoter 内 3738-3751 bp + 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 74283838-74287538(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGAGTTAGGCCTAA
SmilChr01G001796 Chr01 NC_080387.1:32824565-32824578promoter 内 3719-3732 bp + 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 32824847-32825280(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATGTTAGGTCTTC
SmilChr02G004933 Chr02 NC_080388.1:71313533-71313546promoter 内 3490-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 71314044-71314942(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CATGGTAGGTATTC
SmilChr03G002239 Chr03 NC_080389.1:35270632-35270645promoter 内 3484-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 35271149-35272183(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCGAATTTT
SmilChr01G001326 Chr01 NC_080387.1:26371993-26372006promoter 内 3482-3495 bp + 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 26372512-26378022(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GACGTTAGGTCTAA
SmilChr01G004281 Chr01 NC_080387.1:61031131-61031144promoter 内 3361-3374 bp + 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 61029608-61030504(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGCAACCTAACCAA
SmilChr03G002074 Chr03 NC_080389.1:31696020-31696033promoter 内 3308-3321 bp + 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 31696713-31698796(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAGGTTAGGTGATT
SmilChr02G003317 Chr02 NC_080388.1:54447497-54447510promoter 内 3201-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 54442745-54446710(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATGACCTAACTAT
SmilChr02G004658 Chr02 NC_080388.1:68990984-68990997promoter 内 3196-3209 bp - 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 68989181-68990192(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTTGTTAGGTCACA
SmilChr02G001324 Chr02 NC_080388.1:24729658-24729671promoter 内 3032-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 24730627-24732489(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAAAACCTAACAAT
SmilChr02G002494 Chr02 NC_080388.1:43374416-43374429promoter 内 3008-3021 bp + 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 43373357-43373436(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGACCTAACGTC
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SmilChr01G003778 Chr01 NC_080387.1:56181641-56181654promoter 内 460-473 bp - 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 56177508-56178113(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TACGTTAGGTCAAA