转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 77 / 141 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001251 Chr04 NC_080390.1:19736826-19736840promoter 内 3527-3541 bp + 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 19733491-19736366(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCTCACCGACGCCC
SmilChr05G004097 Chr05 NC_080391.1:54822541-54822555promoter 内 3476-3490 bp - 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54821311-54822030(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AATTGTCGGCGTCAG
SmilChr08G002020 Chr08 NC_080394.1:17987899-17987913promoter 内 3428-3442 bp + 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 17985635-17987340(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAACCACCGACTCAA
SmilChr06G002638 Chr06 NC_080392.1:37992208-37992222promoter 内 3427-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 37992782-37993966(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTGTCGGCGCTGC
SmilChr06G002639 Chr06 NC_080392.1:37999859-37999873promoter 内 3427-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 38000433-38001640(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTGTCGGCGCTGC
SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53010041-53010055promoter 内 3360-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53010682-53013283(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACACTACCGACATCT
SmilChr06G002384 Chr06 NC_080392.1:34656639-34656653promoter 内 3282-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34657358-34659829(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCAAGG
SmilChr03G002066 Chr03 NC_080389.1:31528505-31528519promoter 内 3224-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31529282-31530244(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCTACCGACATCT
SmilChr08G004735 Chr08 NC_080394.1:56747980-56747994promoter 内 3160-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56742888-56747153(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGCTACCGACAGCA
SmilChr07G003281 Chr07 NC_080393.1:34547631-34547645promoter 内 3084-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34548548-34550901(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGACGTCGGTGAGGA
SmilChr03G004733 Chr03 NC_080389.1:64482228-64482242promoter 内 3068-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64483161-64485049(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTTGATA
SmilChr04G001328 Chr04 NC_080390.1:21432829-21432843promoter 内 2936-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 21422262-21431778(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGTGTCGGTACCGT
SmilChr08G003221 Chr08 NC_080394.1:33076472-33076486promoter 内 2913-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 33073433-33075398(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGTGTCGGTACCGT
SmilChr04G003864 Chr04 NC_080390.1:54565998-54566012promoter 内 2902-2916 bp - 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54562327-54564913(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAATGTCGGTGAGTA
SmilChr07G004289 Chr07 NC_080393.1:55459493-55459507promoter 内 2894-2908 bp + 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 55452141-55458400(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGACACCGACGCTG
SmilChr04G003800 Chr04 NC_080390.1:54183682-54183696promoter 内 2888-2902 bp - 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54180144-54182583(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TATTGGCGGTGGAGT
SmilChr03G001035 Chr03 NC_080389.1:12055071-12055085promoter 内 2881-2895 bp - 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12050264-12053965(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGAGTCGGTGGCCA
SmilChr02G001004 Chr02 NC_080388.1:17728350-17728364promoter 内 2879-2893 bp - 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 17729472-17730424(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCTACCGACATCT
SmilChr03G002777 Chr03 NC_080389.1:44205251-44205265promoter 内 2873-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44181009-44204137(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGACACCGACACGA
SmilChr07G000605 Chr07 NC_080393.1:4127393-4127407promoter 内 2757-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4128637-4132708(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACGGCGGTGGAGG
SmilChr08G003222 Chr08 NC_080394.1:33076472-33076486promoter 内 2734-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 33077739-33079863(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGGTACCGACACAC
SmilChr01G004248 Chr01 NC_080387.1:60785339-60785353promoter 内 2701-2715 bp + 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 60783001-60784053(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTGCACCGACAATC
SmilChr02G003708 Chr02 NC_080388.1:58638028-58638042promoter 内 2669-2683 bp + 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58634544-58636710(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TAGACACCGACAGCT
SmilChr02G001661 Chr02 NC_080388.1:30835079-30835093promoter 内 2599-2613 bp + 1388 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 30836481-30838937(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGTGTCGGTACCGT
SmilChr08G002154 Chr08 NC_080394.1:19429910-19429924promoter 内 2568-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 19431343-19433245(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCAAGG
SmilChr02G001441 Chr02 NC_080388.1:27103564-27103578promoter 内 2566-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 27099113-27102143(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCTGGCGGTGGAGC
SmilChr01G001329 Chr01 NC_080387.1:26462573-26462587promoter 内 2488-2502 bp - 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26464086-26473494(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGAGCACCGACAATC
SmilChr05G003154 Chr05 NC_080391.1:40295370-40295384promoter 内 2448-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 40292169-40293831(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACGGCGGTGGAGG
SmilChr08G002977 Chr08 NC_080394.1:29842690-29842704promoter 内 2448-2462 bp + 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 29844243-29845562(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGTGTCGGTACCGT
SmilChr02G001447 Chr02 NC_080388.1:27141510-27141524promoter 内 2420-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 27137826-27139943(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTGTGTCGGTACCGT
SmilChr04G003975 Chr04 NC_080390.1:55224603-55224617promoter 内 2407-2421 bp - 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 55221383-55223023(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGTGGCGGTGGAGA
SmilChr06G003004 Chr06 NC_080392.1:42911988-42912002promoter 内 2377-2391 bp + 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 42902035-42910378(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTGCACCGACAATC
SmilChr04G004168 Chr04 NC_080390.1:56323587-56323601promoter 内 2366-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56318929-56321966(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCAACACCGACGCGG
SmilChr01G004349 Chr01 NC_080387.1:61694400-61694414promoter 内 2324-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 61690687-61692737(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CATCGACCGACACTT
SmilChr01G004959 Chr01 NC_080387.1:67685953-67685967promoter 内 2307-2321 bp - 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 67687647-67692378(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCGTCG
SmilChr06G003094 Chr06 NC_080392.1:43798600-43798614promoter 内 2233-2247 bp - 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 43800368-43805304(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGCCGCCT
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