转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 78 / 152 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000857 Chr02 NC_080388.1:14640399-14640417promoter 内 2128-2146 bp + 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14637642-14638544(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGGTGTGGTTGAAGATT
SmilChr01G003989 Chr01 NC_080387.1:58312277-58312295promoter 内 2071-2089 bp - 1912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58314207-58315187(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr01G003014 Chr01 NC_080387.1:49170824-49170842promoter 内 2061-2079 bp + 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49172764-49176736(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTCCTCCACCACCTCCTG
SmilChr02G004526 Chr02 NC_080388.1:67859589-67859607promoter 内 2040-2058 bp - 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 67842087-67857646(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr03G003036 Chr03 NC_080389.1:47258393-47258411promoter 内 2020-2038 bp + 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 47260374-47261035(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGTTGCAACCACATTAGC
SmilChr01G004783 Chr01 NC_080387.1:66030755-66030773promoter 内 2013-2031 bp - 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 66028084-66028785(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAACCCAACCACATTTTT
SmilChr01G005179 Chr01 NC_080387.1:69516163-69516181promoter 内 1967-1985 bp - 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69518197-69522787(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr02G001250 Chr02 NC_080388.1:22988947-22988965promoter 内 1938-1956 bp + 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 22985814-22986902(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATCAGTAGTTGGAAAGG
SmilChr01G005637 Chr01 NC_080387.1:72802187-72802205promoter 内 1876-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 72804312-72805047(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTTCCAACCACACTACA
SmilChr02G004988 Chr02 NC_080388.1:71755667-71755685promoter 内 1862-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71752724-71753546(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr05G001973 Chr05 NC_080391.1:20370154-20370172promoter 内 1774-1792 bp - 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 20372381-20374936(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr05G000123 Chr05 NC_080391.1:985345-985363promoter 内 1759-1777 bp + 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 987587-988033(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTACAACAACCACCTTACC
SmilChr01G005160 Chr01 NC_080387.1:69372863-69372881promoter 内 1744-1762 bp + 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 69375120-69376802(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr05G001226 Chr05 NC_080391.1:10339730-10339748promoter 内 1709-1727 bp + 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 10332894-10337456(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr01G005405 Chr01 NC_080387.1:71309550-71309568promoter 内 1695-1713 bp - 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 71305825-71307262(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr03G000267 Chr03 NC_080389.1:3082435-3082453promoter 内 1673-1691 bp - 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3079532-3080125(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTTTTCAACCACATATTC
SmilChr03G004737 Chr03 NC_080389.1:64505257-64505275promoter 内 1673-1691 bp - 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 64495204-64502947(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr03G002765 Chr03 NC_080389.1:43945949-43945967promoter 内 1666-1684 bp + 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 43948284-43949415(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr02G003233 Chr02 NC_080388.1:53604270-53604288promoter 内 1638-1656 bp - 2345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53600462-53601925(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr05G002309 Chr05 NC_080391.1:24938427-24938445promoter 内 1575-1593 bp - 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24933878-24936019(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTTCCAACTACATCAAT
SmilChr01G004822 Chr01 NC_080387.1:66402552-66402570promoter 内 1560-1578 bp + 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 66396804-66400129(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGAGAGTGGTTGAATAAG
SmilChr05G002046 Chr05 NC_080391.1:21283709-21283727promoter 内 1554-1572 bp - 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21286156-21286228(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr01G001305 Chr01 NC_080387.1:25998436-25998454promoter 内 1537-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 26000900-26005209(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAGCTCAACCACTTACAT
SmilChr01G001681 Chr01 NC_080387.1:31011947-31011965promoter 内 1479-1497 bp - 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 31008781-31009443(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr01G001372 Chr01 NC_080387.1:27055199-27055217promoter 内 1467-1485 bp + 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27057733-27059408(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCACAACAACCACCACCAC
SmilChr05G002256 Chr05 NC_080391.1:24268084-24268102promoter 内 1438-1456 bp + 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 24270647-24276749(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACAACCAACCACCCAGCC
SmilChr03G002650 Chr03 NC_080389.1:42162654-42162672promoter 内 1437-1455 bp + 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42165218-42170027(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr01G005356 Chr01 NC_080387.1:70785404-70785422promoter 内 1427-1445 bp + 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 70787978-70793341(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAGCTCAACCACTTACAT
SmilChr01G001951 Chr01 NC_080387.1:34724772-34724790promoter 内 1425-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 34727348-34728983(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr01G004712 Chr01 NC_080387.1:65269972-65269990promoter 内 1416-1434 bp - 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 65272557-65278064(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr03G003185 Chr03 NC_080389.1:49303433-49303451promoter 内 1360-1378 bp - 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 49295783-49300810(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCCCACAACCACAACTTC
SmilChr03G002947 Chr03 NC_080389.1:46201747-46201765promoter 内 1339-1357 bp + 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46204409-46206841(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr04G003382 Chr04 NC_080390.1:50359355-50359373promoter 内 1330-1348 bp + 2653 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50362026-50363193(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr01G004510 Chr01 NC_080387.1:63192086-63192104promoter 内 1309-1327 bp + 2674 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 63184665-63189412(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCGTGGTGGTTGTGCAGG
SmilChr01G001007 Chr01 NC_080387.1:21188253-21188271promoter 内 1294-1312 bp - 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 21190960-21191082(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
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