转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 78 / 147 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002423 Chr04 NC_080390.1:38868857-38868870promoter 内 1140-1153 bp + 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 38871718-38873046(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTCTTCT
SmilChr04G002729 Chr04 NC_080390.1:42905663-42905676promoter 内 1085-1098 bp - 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 42908579-42915947(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTAAGTCAACAA
SmilChr02G003936 Chr02 NC_080388.1:61439009-61439022promoter 内 981-994 bp + 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 61434867-61436002(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCAAAAGTCAAAAC
SmilChr02G002722 Chr02 NC_080388.1:47061005-47061018promoter 内 891-904 bp + 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 47056261-47057908(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTGGGTCAACGA
SmilChr01G000029 Chr01 NC_080387.1:547672-547685promoter 内 886-899 bp + 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 543996-544570(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAAAGTCAAAGT
SmilChr04G000614 Chr04 NC_080390.1:6937608-6937621promoter 内 619-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 6929908-6934239(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTATGAG
SmilChr04G001740 Chr04 NC_080390.1:28652663-28652676promoter 内 516-529 bp - 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 28643947-28649191(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTGTTGA
SmilChr04G000824 Chr04 NC_080390.1:10345548-10345561promoter 内 414-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 10332171-10341974(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTGGGTCAACGA
SmilChr04G001088 Chr04 NC_080390.1:15609202-15609215promoter 内 401-414 bp + 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 15601917-15605615(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAAACC
SmilChr02G000994 Chr02 NC_080388.1:17454987-17455000promoter 内 383-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 17458605-17462223(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTGTTCA
SmilChr03G001457 Chr03 NC_080389.1:17405636-17405649promoter 内 373-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 17398274-17402021(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAAAGTCAAAGT
SmilChr02G000321 Chr02 NC_080388.1:4034574-4034587promoter 内 343-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 4038232-4039837(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATCAGAGTCAACCC
SmilChr02G001949 Chr02 NC_080388.1:35153982-35153995promoter 内 338-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 35157645-35158717(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGAAGAGTCAACAT
SmilChr02G000328 Chr02 NC_080388.1:4176150-4176163promoter 内 186-199 bp + 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 4179965-4180783(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTTGACTTTGAT
SmilChr02G001341 Chr02 NC_080388.1:24985072-24985085promoter 内 55-68 bp - 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 24989018-24994857(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGAAGAGTCAACAT
SmilChr01G003233 Chr01 NC_080387.1:51097595-51097608promoter 内 3943-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51097653-51101873(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTATATT
SmilChr02G004730 Chr02 NC_080388.1:69530466-69530479promoter 内 3812-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69529517-69530290(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTTTTGACTTTTGT
SmilChr01G003022 Chr01 NC_080387.1:49272949-49272962promoter 内 3795-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49273155-49275950(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTTCACG
SmilChr04G002654 Chr04 NC_080390.1:41946653-41946666promoter 内 3772-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41946882-41950074(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGCCAAGTCAACAA
SmilChr01G000998 Chr01 NC_080387.1:21016186-21016199promoter 内 3759-3772 bp + 229 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21016428-21018133(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTTTGAT
SmilChr03G004577 Chr03 NC_080389.1:63661802-63661815promoter 内 3753-3766 bp + 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63658036-63661567(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGGAAGTCAACAC
SmilChr04G002613 Chr04 NC_080390.1:41547206-41547219promoter 内 3708-3721 bp - 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41547499-41550623(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGCCAAGTCAACAA
SmilChr02G000422 Chr02 NC_080388.1:5412291-5412304promoter 内 3705-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5410858-5412008(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTGGGTCAACGA
SmilChr01G001501 Chr01 NC_080387.1:28860551-28860564promoter 内 3699-3712 bp - 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28858320-28860262(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCTTTGACTTGTCA
SmilChr01G002033 Chr01 NC_080387.1:35943579-35943592promoter 内 3548-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35944032-35944170(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGATAAGTCAACAT
SmilChr02G004502 Chr02 NC_080388.1:67540888-67540901promoter 内 3545-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 67528523-67540445(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTCCAAGTCAACCC
SmilChr01G001232 Chr01 NC_080387.1:24768099-24768112promoter 内 3468-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24762242-24767579(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCATAAGTCAACAT
SmilChr01G002073 Chr01 NC_080387.1:36634183-36634196promoter 内 3447-3460 bp + 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36630279-36633642(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAACAGTCAACAA
SmilChr01G000503 Chr01 NC_080387.1:10205130-10205143promoter 内 3241-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10205890-10206875(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGCTGAGTCAACGT
SmilChr04G001312 Chr04 NC_080390.1:20961272-20961285promoter 内 3167-3180 bp + 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20962106-20967363(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCATTGACTTATTT
SmilChr02G001200 Chr02 NC_080388.1:22142305-22142318promoter 内 3127-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 22140193-22141444(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGGGAGTCAACGG
SmilChr04G001267 Chr04 NC_080390.1:20124537-20124550promoter 内 3085-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20118567-20123634(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAACAGTCAACAA
SmilChr01G005085 Chr01 NC_080387.1:68727369-68727382promoter 内 3063-3076 bp - 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 68724846-68726444(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTCTCAC
SmilChr04G001244 Chr04 NC_080390.1:19578077-19578090promoter 内 3000-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19574648-19577089(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAAAAAGTCAAGGC
SmilChr02G004729 Chr02 NC_080388.1:69530466-69530479promoter 内 2976-2989 bp - 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69526894-69529454(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTTTTGACTTTTGT
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