转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 8 / 149 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000522 Chr01 NC_080387.1:10657687-10657701promoter 内 1989-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 10659699-10665472(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr04G001201 Chr04 NC_080390.1:18400132-18400146promoter 内 1897-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18402236-18412053(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr02G001010 Chr02 NC_080388.1:17853794-17853808promoter 内 1855-1869 bp + 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 17848167-17851662(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr01G001141 Chr01 NC_080387.1:23359645-23359659promoter 内 1643-1657 bp - 2344 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 23355771-23357301(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATCTTATCCACAAA
SmilChr01G003825 Chr01 NC_080387.1:56583435-56583449promoter 内 1600-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56585836-56587390(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCCTTATCCACAAT
SmilChr02G004910 Chr02 NC_080388.1:71112494-71112508promoter 内 1548-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 71109250-71110055(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTGTGGATAAAGTT
SmilChr04G000898 Chr04 NC_080390.1:11551515-11551529promoter 内 1286-1300 bp + 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 11547810-11548814(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAGTGGATAAGGAC
SmilChr03G002040 Chr03 NC_080389.1:30813100-30813114promoter 内 1134-1148 bp - 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30815967-30837413(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr04G001548 Chr04 NC_080390.1:25584361-25584375promoter 内 1076-1090 bp + 2911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 25578979-25581450(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTGTGGATAAGGAA
SmilChr02G001663 Chr02 NC_080388.1:30850514-30850528promoter 内 742-756 bp - 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30853773-30857355(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr01G000588 Chr01 NC_080387.1:12740229-12740243promoter 内 701-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 12743529-12746523(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr01G000587 Chr01 NC_080387.1:12740229-12740243promoter 内 694-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 12736830-12736936(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATCTTATCCAATTA
SmilChr02G001249 Chr02 NC_080388.1:22960162-22960176promoter 内 686-700 bp - 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 22963477-22964250(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr02G001159 Chr02 NC_080388.1:21149239-21149253promoter 内 643-657 bp - 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 21152597-21153340(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr01G000357 Chr01 NC_080387.1:7393168-7393182promoter 内 624-638 bp + 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 7389110-7389805(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr02G002669 Chr02 NC_080388.1:46211003-46211017promoter 内 582-596 bp - 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 46195215-46207598(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTCCTTATCCACTTC
SmilChr01G001116 Chr01 NC_080387.1:22805232-22805246promoter 内 574-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 22800547-22801819(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr02G002813 Chr02 NC_080388.1:48179050-48179064promoter 内 573-587 bp - 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 48182478-48183750(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr04G001281 Chr04 NC_080390.1:20412757-20412771promoter 内 571-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 20408629-20409341(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATCTTATCCAATTA
SmilChr04G002774 Chr04 NC_080390.1:43525869-43525883promoter 内 569-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 43529301-43530784(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr04G002319 Chr04 NC_080390.1:37491826-37491840promoter 内 529-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 37485007-37488368(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr03G003227 Chr03 NC_080389.1:49996324-49996338promoter 内 512-526 bp + 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 49989855-49992849(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr01G000219 Chr01 NC_080387.1:3862489-3862503promoter 内 376-390 bp + 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3854243-3858878(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr02G000509 Chr02 NC_080388.1:7006853-7006867promoter 内 371-385 bp - 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 7010483-7028520(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr01G003563 Chr01 NC_080387.1:54230400-54230414promoter 内 288-302 bp - 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54224244-54226701(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTCCTTATCCACTTC
SmilChr01G000517 Chr01 NC_080387.1:10613911-10613925promoter 内 218-232 bp + 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 10617694-10624408(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATCTTATCCAATTA
SmilChr04G000245 Chr04 NC_080390.1:2212748-2212762promoter 内 137-151 bp - 3850 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2216612-2219167(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAAGATA
SmilChr01G001113 Chr01 NC_080387.1:22745708-22745722promoter 内 33-47 bp - 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 22737791-22741754(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATCTTATCCAATTA
SmilChr04G001198 Chr04 NC_080390.1:18332373-18332387promoter 内 4-18 bp - 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18325993-18328390(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATCTTATCCAATTA
SmilChr04G004046 Chr04 NC_080390.1:55675744-55675758promoter 内 616-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 55679129-55680176(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTGGATAATGTT
SmilChr02G005260 Chr02 NC_080388.1:73685725-73685739promoter 内 2871-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 73686855-73688340(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACATTATCCAATAT
SmilChr02G001466 Chr02 NC_080388.1:27393248-27393262promoter 内 2517-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 27390573-27391778(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAAGAAT
SmilChr01G005653 Chr01 NC_080387.1:72897638-72897652promoter 内 2253-2267 bp - 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 72893237-72895904(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCTATTAA
SmilChr01G004843 Chr01 NC_080387.1:66572527-66572541promoter 内 1908-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 66562443-66570448(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGAGGATAAGGTA
SmilChr01G005108 Chr01 NC_080387.1:68864362-68864376promoter 内 2821-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 68865542-68866791(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTCCTTATCCAAATT
SmilChr02G000025 Chr02 NC_080388.1:254107-254121promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 249842-252586(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTGGATAAGATC
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SmilChr04G001998 Chr04 NC_080390.1:32337412-32337426promoter 内 1701-1715 bp + 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 1 32335047-32335126(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAATTGGATAATGTT
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SmilChr04G003099 Chr04 NC_080390.1:47588333-47588347promoter 内 2116-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 47582813-47586462(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAGTGGATAAGGGT
SmilChr01G001574 Chr01 NC_080387.1:29785131-29785145promoter 内 2103-2117 bp + 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 29787029-29788408(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCAAAAG
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SmilChr02G004885 Chr02 NC_080388.1:70934529-70934543promoter 内 1638-1652 bp - 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 70929384-70932180(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACTTTATCCATAAT
SmilChr04G001378 Chr04 NC_080390.1:22369815-22369829promoter 内 1610-1624 bp - 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 22372206-22374247(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTTTGGATAAGGCG
SmilChr04G001376 Chr04 NC_080390.1:22369815-22369829promoter 内 1196-1210 bp - 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 22365800-22367024(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCAAAAG
SmilChr01G000073 Chr01 NC_080387.1:1266049-1266063promoter 内 663-677 bp + 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 1269387-1271849(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCAAAAG