转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 8 / 137 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003321 Chr01 NC_080387.1:51917299-51917309promoter 内 2822-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 51914857-51916130(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGCA
SmilChr02G000372 Chr02 NC_080388.1:4711693-4711703promoter 内 2576-2586 bp + 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 4713118-4719768(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGCA
SmilChr01G005154 Chr01 NC_080387.1:69326222-69326232promoter 内 2450-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 69324610-69324681(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr02G005282 Chr02 NC_080388.1:73863502-73863512promoter 内 2441-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 73859527-73861952(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGCA
SmilChr02G004869 Chr02 NC_080388.1:70787452-70787462promoter 内 2237-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 70789216-70791726(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGCA
SmilChr03G001263 Chr03 NC_080389.1:14602862-14602872promoter 内 2236-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 14598107-14601107(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTGGCG
SmilChr01G002059 Chr01 NC_080387.1:36405904-36405914promoter 内 1981-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 36407924-36411467(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr02G003569 Chr02 NC_080388.1:56854572-56854582promoter 内 1946-1956 bp - 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 56856627-56857276(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr03G003254 Chr03 NC_080389.1:50417717-50417727promoter 内 1824-1834 bp + 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 50419894-50426027(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGCA
SmilChr01G002013 Chr01 NC_080387.1:35682267-35682277promoter 内 1795-1805 bp + 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 35676485-35680071(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr01G004023 Chr01 NC_080387.1:58643191-58643201promoter 内 1788-1798 bp + 2203 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 58638171-58640988(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTGGCG
SmilChr03G001862 Chr03 NC_080389.1:25709536-25709546promoter 内 1754-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 25711783-25712259(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCCACTTGCA
SmilChr02G002423 Chr02 NC_080388.1:42196013-42196023promoter 内 1753-1763 bp - 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 42198261-42199616(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr03G002910 Chr03 NC_080389.1:45859648-45859658promoter 内 1750-1760 bp + 2241 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 45856219-45857407(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr02G005589 Chr02 NC_080388.1:75677268-75677278promoter 内 1689-1699 bp - 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 75679580-75682317(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr01G001138 Chr01 NC_080387.1:23175287-23175297promoter 内 1644-1654 bp - 2347 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 23177644-23181219(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTGGCG
SmilChr01G005345 Chr01 NC_080387.1:70679543-70679553promoter 内 1415-1425 bp - 2576 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 70672390-70676967(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGCA
SmilChr02G005096 Chr02 NC_080388.1:72535719-72535729promoter 内 1314-1324 bp - 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 72524507-72533042(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGCA
SmilChr02G005327 Chr02 NC_080388.1:74124086-74124096promoter 内 1276-1286 bp - 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 74126811-74128986(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr02G005326 Chr02 NC_080388.1:74124086-74124096promoter 内 1204-1214 bp - 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 74118531-74121299(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGCA
SmilChr02G004830 Chr02 NC_080388.1:70400090-70400100promoter 内 1051-1061 bp - 2940 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 70403040-70416313(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr01G000768 Chr01 NC_080387.1:16809802-16809812promoter 内 918-928 bp + 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 16812885-16820170(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCCACTTGCA
SmilChr02G002978 Chr02 NC_080388.1:50330737-50330747promoter 内 807-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 50333931-50336240(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr01G005477 Chr01 NC_080387.1:71768899-71768909promoter 内 661-671 bp + 3330 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 71759353-71765569(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr01G004850 Chr01 NC_080387.1:66651482-66651492promoter 内 644-654 bp - 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 66645360-66648135(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCCACTTGCA
SmilChr02G003268 Chr02 NC_080388.1:53937300-53937310promoter 内 478-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 53940823-53941464(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCCACTTGCA
SmilChr03G001288 Chr03 NC_080389.1:15098815-15098825promoter 内 420-430 bp + 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 15089338-15095244(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr01G003805 Chr01 NC_080387.1:56424374-56424384promoter 内 296-306 bp - 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 56428079-56443511(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr01G001845 Chr01 NC_080387.1:33396502-33396512promoter 内 134-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 33400369-33405408(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr03G002232 Chr03 NC_080389.1:35223022-35223032promoter 内 28-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 35216607-35219059(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTGGCG
SmilChr01G003833 Chr01 NC_080387.1:56651999-56652009promoter 内 8-18 bp - 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 56655992-56661823(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAAGTTGCA
SmilChr01G001011 Chr01 NC_080387.1:21234965-21234975promoter 内 2170-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 6 21236796-21236868(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GGCAACTTGCT
SmilChr01G001010 Chr01 NC_080387.1:21234965-21234975promoter 内 1680-1690 bp + 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 6 21227796-21232654(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAAGTTGCC
SmilChr02G000097 Chr02 NC_080388.1:1263280-1263290promoter 内 1314-1324 bp - 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 1265967-1268801(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAAGTTGCC
SmilChr03G000915 Chr03 NC_080389.1:10473652-10473662promoter 内 1187-1197 bp - 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 10469068-10470848(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GGCAACTTGCT
SmilChr03G002991 Chr03 NC_080389.1:46725635-46725645promoter 内 846-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 46728790-46730217(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAAGTTGCC
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