转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 8 / 144 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004358 Chr01 NC_080387.1:61764860-61764872promoter 内 2010-2022 bp + 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61766851-61768995(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr03G000818 Chr03 NC_080389.1:9376346-9376358promoter 内 2009-2021 bp + 1980 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9378338-9380847(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr01G002311 Chr01 NC_080387.1:40086318-40086330promoter 内 1962-1974 bp + 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 40088357-40090827(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G003542 Chr02 NC_080388.1:56583696-56583708promoter 内 1958-1970 bp - 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 56585739-56586593(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGCTTTGACTTTT
SmilChr01G002153 Chr01 NC_080387.1:37532748-37532760promoter 内 1795-1807 bp - 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 37529358-37530554(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr01G001628 Chr01 NC_080387.1:30349327-30349339promoter 内 1406-1418 bp - 2583 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 30341174-30346744(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GATAGTCAACGAC
SmilChr04G001449 Chr04 NC_080390.1:23813484-23813496promoter 内 1255-1267 bp + 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 23810666-23810750(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGCTTTGACTTTT
SmilChr03G003513 Chr03 NC_080389.1:53741170-53741182promoter 内 1227-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 53734229-53738408(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGAGGTCAACGGC
SmilChr02G003601 Chr02 NC_080388.1:57249627-57249639promoter 内 1221-1233 bp - 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 57243195-57246859(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G000421 Chr02 NC_080388.1:5402525-5402537promoter 内 1030-1042 bp + 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 5395162-5399566(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTCGTTGACTATC
SmilChr01G002795 Chr01 NC_080387.1:46446247-46446259promoter 内 1021-1033 bp + 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 46449227-46450838(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAAGTCAACACC
SmilChr02G004535 Chr02 NC_080388.1:67906604-67906616promoter 内 986-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 67909619-67911240(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr03G003369 Chr03 NC_080389.1:52047561-52047573promoter 内 909-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52050653-52052145(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAGCC
SmilChr02G001363 Chr02 NC_080388.1:25617204-25617216promoter 内 777-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 25607442-25613992(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTCGTTGACCTTT
SmilChr02G004533 Chr02 NC_080388.1:67906604-67906616promoter 内 540-552 bp + 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 67898323-67903155(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGCTTTGACTTTT
SmilChr01G002793 Chr01 NC_080387.1:46446247-46446259promoter 内 250-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 46437765-46442508(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGTGTTGACTTTG
SmilChr01G001825 Chr01 NC_080387.1:33197785-33197797promoter 内 1981-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 6 33194132-33195777(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCCGTTGACTTCC
SmilChr03G001060 Chr03 NC_080389.1:12297941-12297953promoter 内 3597-3609 bp - 392 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 12298345-12300900(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GACGTTGACTTGG
SmilChr02G005364 Chr02 NC_080388.1:74353163-74353175promoter 内 1404-1416 bp + 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 74348519-74350578(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCCGTTGACCTGT
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38946143-38946155promoter 内 831-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 38949313-38953240(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTCGTTGACCTTG
SmilChr02G003332 Chr02 NC_080388.1:54563570-54563582promoter 内 3718-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 54563853-54572590(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TACGTTGACTTTA
SmilChr03G001047 Chr03 NC_080389.1:12196301-12196313promoter 内 3312-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 12196990-12199512(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GACGTTGACTTGG
SmilChr01G004623 Chr01 NC_080387.1:64254473-64254485promoter 内 2973-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 64255501-64262368(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTCGTTGACTTTA
SmilChr01G002366 Chr01 NC_080387.1:40834221-40834233promoter 内 1002-1014 bp + 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 40837220-40839089(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAGGTCAACGCC
SmilChr02G004577 Chr02 NC_080388.1:68273938-68273950promoter 内 2810-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 68262909-68272759(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AACGTTGACCTTG
SmilChr02G001730 Chr02 NC_080388.1:31790182-31790194promoter 内 2749-2761 bp + 1240 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 31788837-31788942(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CACGTTGACCTTT
SmilChr01G000360 Chr01 NC_080387.1:7427034-7427046promoter 内 2737-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 7425677-7425782(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CACGTTGACCTTT
SmilChr04G001571 Chr04 NC_080390.1:26061779-26061791promoter 内 2815-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 26062965-26070875(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAAAGTCAAAGGC
SmilChr03G001318 Chr03 NC_080389.1:15455540-15455552promoter 内 2040-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 15452950-15453591(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCTGTTGACTTTC
SmilChr01G004800 Chr01 NC_080387.1:66206362-66206374promoter 内 1863-1875 bp - 2126 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 66208500-66209420(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTGGTTGACTTTT
SmilChr01G000421 Chr01 NC_080387.1:8466796-8466808promoter 内 260-272 bp + 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 8470537-8474719(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAAAGTCAACAGC
SmilChr01G002605 Chr01 NC_080387.1:44245953-44245965promoter 内 3516-3528 bp + 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 44246438-44247302(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAAAGTCAACAGC
SmilChr03G000118 Chr03 NC_080389.1:1292815-1292827promoter 内 2516-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 1294300-1298309(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAAAGTCAACAGC
SmilChr04G001532 Chr04 NC_080390.1:25236269-25236281promoter 内 1653-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 25238617-25239166(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAAAGTCAACAGC
SmilChr03G001547 Chr03 NC_080389.1:19481993-19482005promoter 内 976-988 bp - 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 19485018-19486593(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCTGTTGACTTTC
SmilChr02G005090 Chr02 NC_080388.1:72490295-72490307promoter 内 888-900 bp + 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 72493408-72500890(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCAAGTCAACGAC
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