转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012717-RA_Salv SmilChr01G004114 WRKY XP_057781125.1 MP00284 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6552 个候选靶基因 第 82 / 132 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001449 Chr01 NC_080387.1:28203907-28203917promoter 内 1032-1042 bp - 2959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28196534-28200948(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACATGTCAACG
SmilChr01G001181 Chr01 NC_080387.1:23863877-23863887promoter 内 473-483 bp - 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23859430-23860359(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACATGTCAACG
SmilChr01G001225 Chr01 NC_080387.1:24541115-24541125promoter 内 470-480 bp - 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 24531958-24537594(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ACATGTCAACG
SmilChr02G000809 Chr02 NC_080388.1:13562976-13562986promoter 内 214-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13556601-13559199(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TAGAGTCAACT
SmilChr02G003335 Chr02 NC_080388.1:54590029-54590039promoter 内 45-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 54593985-54596290(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACATGT
SmilChr02G001827 Chr02 NC_080388.1:33293208-33293218promoter 内 3282-3292 bp + 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 4 33289039-33292499(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTGAT
SmilChr02G000932 Chr02 NC_080388.1:16245360-16245370promoter 内 1795-1805 bp + 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 4 16239087-16243164(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTCA
SmilChr02G003419 Chr02 NC_080388.1:55416549-55416559promoter 内 3838-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 55413708-55416396(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr02G001480 Chr02 NC_080388.1:27685161-27685171promoter 内 2372-2382 bp - 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 27683437-27683542(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G001397 Chr01 NC_080387.1:27462815-27462825promoter 内 778-788 bp - 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 27466038-27466984(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr03G001270 Chr03 NC_080389.1:14775545-14775555promoter 内 189-199 bp + 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 14770163-14771743(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr03G000609 Chr03 NC_080389.1:6729511-6729521promoter 内 3928-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 6729584-6730950(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAACA
SmilChr01G004650 Chr01 NC_080387.1:64579600-64579610promoter 内 3755-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 64579846-64585707(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr03G000367 Chr03 NC_080389.1:4102470-4102480promoter 内 3695-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 4102776-4104254(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GATAGTCAACA
SmilChr02G001060 Chr02 NC_080388.1:18841110-18841120promoter 内 3498-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 18841613-18842665(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G004952 Chr02 NC_080388.1:71482613-71482623promoter 内 3371-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 71483243-71487460(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTCA
SmilChr02G003960 Chr02 NC_080388.1:61769888-61769898promoter 内 3340-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 61770549-61774436(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr01G001209 Chr01 NC_080387.1:24311484-24311494promoter 内 3304-3314 bp - 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 24312181-24321725(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr01G004074 Chr01 NC_080387.1:59178794-59178804promoter 内 3219-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 59176511-59178022(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr03G001805 Chr03 NC_080389.1:24665924-24665934promoter 内 2937-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 24666988-24675013(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G002173 Chr01 NC_080387.1:37815642-37815652promoter 内 2928-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 37813497-37814579(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GATAGTCAACA
SmilChr02G005325 Chr02 NC_080388.1:74116161-74116171promoter 内 2663-2673 bp + 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 74117499-74118391(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ATCAGTCAACG
SmilChr01G000590 Chr01 NC_080387.1:12824844-12824854promoter 内 2638-2648 bp - 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 12820889-12823491(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G005558 Chr01 NC_080387.1:72399791-72399801promoter 内 2399-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 72395385-72398199(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr01G003376 Chr01 NC_080387.1:52452787-52452797promoter 内 2269-2279 bp - 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 52450397-52451065(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr01G002572 Chr01 NC_080387.1:43820959-43820969promoter 内 2062-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 43815300-43819030(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTCA
SmilChr01G000269 Chr01 NC_080387.1:5207278-5207288promoter 内 2031-2041 bp + 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 5209248-5209817(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G000935 Chr02 NC_080388.1:16330751-16330761promoter 内 2002-2012 bp + 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 16332750-16336805(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G004551 Chr01 NC_080387.1:63628271-63628281promoter 内 1912-1922 bp - 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 63623874-63626192(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AATTGTCAACG
SmilChr03G001618 Chr03 NC_080389.1:20624196-20624206promoter 内 1731-1741 bp - 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 20619149-20621936(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G002667 Chr02 NC_080388.1:46173496-46173506promoter 内 1713-1723 bp - 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 46175784-46176869(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTCA
SmilChr01G001188 Chr01 NC_080387.1:24036099-24036109promoter 内 1626-1636 bp - 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 24038474-24039574(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTTCA
SmilChr01G005013 Chr01 NC_080387.1:68147237-68147247promoter 内 1529-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 68141937-68144775(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACAATT
SmilChr01G004272 Chr01 NC_080387.1:60962770-60962780promoter 内 1478-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 60965293-60968483(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTAAA
SmilChr01G004488 Chr01 NC_080387.1:63008497-63008507promoter 内 1162-1172 bp + 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 63011336-63014466(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAACA
SmilChr01G000234 Chr01 NC_080387.1:4399255-4399265promoter 内 997-1007 bp - 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 4395398-4396261(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G005323 Chr02 NC_080388.1:74116161-74116171promoter 内 870-880 bp + 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 74110219-74113040(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTGAT
SmilChr03G001471 Chr03 NC_080389.1:17553854-17553864promoter 内 751-761 bp + 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 17557104-17560495(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGAAGTCAAAG
SmilChr01G002712 Chr01 NC_080387.1:45364867-45364877promoter 内 657-667 bp + 3334 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 45368211-45371658(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 AATTGTCAACG
SmilChr02G004066 Chr02 NC_080388.1:62951098-62951108promoter 内 606-616 bp + 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 62945020-62947713(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTCA
SmilChr02G000671 Chr02 NC_080388.1:10356428-10356438promoter 内 600-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 10352142-10353037(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr02G001015 Chr02 NC_080388.1:17893654-17893664promoter 内 587-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 17888415-17890250(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G001828 Chr02 NC_080388.1:33296407-33296417promoter 内 583-593 bp - 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 33299825-33301518(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTCA
SmilChr01G000282 Chr01 NC_080387.1:5536783-5536793promoter 内 476-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 5531763-5533268(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G005457 Chr02 NC_080388.1:74885845-74885855promoter 内 437-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 74889409-74896486(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CGTTGACTGAT
SmilChr01G000979 Chr01 NC_080387.1:20740593-20740603promoter 内 394-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 20744200-20746027(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G006061 Chr01 NC_080387.1:76056366-76056376promoter 内 358-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 76048442-76052733(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 ATCAGTCAACG
SmilChr01G000202 Chr01 NC_080387.1:3478673-3478683promoter 内 341-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 3470653-3475023(-) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTAC
SmilChr02G004422 Chr02 NC_080388.1:66547938-66547948promoter 内 221-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 66551718-66553390(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 TGTTGACTATC
SmilChr02G004835 Chr02 NC_080388.1:70468801-70468811promoter 内 197-207 bp - 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 70472605-70475789(+) SMil_00012717-RA_Salv MP00284 CTTTGACTTCA