转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 87 / 130 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005520 Chr01 NC_080387.1:72010485-72010493promoter 内 3539-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72007360-72010031(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G003376 Chr02 NC_080388.1:54905510-54905518promoter 内 3537-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54905974-54908622(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTACT
SmilChr01G004110 Chr01 NC_080387.1:59609709-59609717promoter 内 3536-3544 bp + 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59608054-59609252(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G000788 Chr02 NC_080388.1:12958955-12958963promoter 内 3535-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12959421-12959777(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G004858 Chr01 NC_080387.1:66744369-66744377promoter 内 3534-3542 bp - 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66740836-66743910(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G003935 Chr02 NC_080388.1:61416731-61416739promoter 内 3534-3542 bp - 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61412549-61416272(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr01G001145 Chr01 NC_080387.1:23413579-23413587promoter 内 3531-3539 bp + 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23414049-23416919(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G002021 Chr01 NC_080387.1:35778390-35778398promoter 内 3531-3539 bp + 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35776997-35777928(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G001326 Chr02 NC_080388.1:24735190-24735198promoter 内 3530-3538 bp + 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 24735661-24738173(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G002093 Chr01 NC_080387.1:36946886-36946894promoter 内 3529-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36947358-36950451(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G001948 Chr01 NC_080387.1:34695580-34695588promoter 内 3528-3536 bp + 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34696053-34698456(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr01G002347 Chr01 NC_080387.1:40615435-40615443promoter 内 3528-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40608642-40614970(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G002629 Chr01 NC_080387.1:44594753-44594761promoter 内 3528-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44595226-44600028(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G005374 Chr02 NC_080388.1:74421142-74421150promoter 内 3528-3536 bp - 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74421615-74424248(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr01G002801 Chr01 NC_080387.1:46498664-46498672promoter 内 3527-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46496287-46498198(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G005624 Chr01 NC_080387.1:72718266-72718274promoter 内 3526-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72718741-72722620(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr03G000268 Chr03 NC_080389.1:3098198-3098206promoter 内 3526-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3094510-3097731(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr03G000270 Chr03 NC_080389.1:3108984-3108992promoter 内 3526-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3109459-3112277(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G000880 Chr01 NC_080387.1:18699764-18699772promoter 内 3525-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 18700240-18701786(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G000266 Chr02 NC_080388.1:3437407-3437415promoter 内 3522-3530 bp - 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3437886-3447368(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G005054 Chr02 NC_080388.1:72251112-72251120promoter 内 3519-3527 bp - 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72251594-72258458(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G003539 Chr01 NC_080387.1:53997551-53997559promoter 内 3518-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53996979-53997076(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr02G004163 Chr02 NC_080388.1:63960583-63960591promoter 内 3517-3525 bp + 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63959464-63960107(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G004006 Chr02 NC_080388.1:62400480-62400488promoter 内 3516-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62398858-62400003(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G005327 Chr02 NC_080388.1:74126325-74126333promoter 内 3515-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74126811-74128986(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr02G000843 Chr02 NC_080388.1:14327549-14327557promoter 内 3514-3522 bp + 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14328036-14329067(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G003642 Chr01 NC_080387.1:54922258-54922266promoter 内 3513-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54919370-54921778(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G005200 Chr02 NC_080388.1:73264429-73264437promoter 内 3512-3520 bp - 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73264918-73265770(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G001487 Chr01 NC_080387.1:28658670-28658678promoter 内 3511-3519 bp - 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28653686-28658188(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G003313 Chr01 NC_080387.1:51846635-51846643promoter 内 3508-3516 bp - 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51847128-51853630(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3678170-3678178promoter 内 3508-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3676633-3677685(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G005295 Chr02 NC_080388.1:73924427-73924435promoter 内 3508-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73924920-73927227(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G000348 Chr02 NC_080388.1:4517334-4517342promoter 内 3507-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4517828-4518880(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G005507 Chr02 NC_080388.1:75194531-75194539promoter 内 3504-3512 bp + 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75195028-75198078(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr02G005522 Chr02 NC_080388.1:75308892-75308900promoter 内 3504-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75307611-75308403(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr02G001759 Chr02 NC_080388.1:32343579-32343587promoter 内 3503-3511 bp - 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32344077-32354199(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
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