转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 88 / 133 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002093 Chr04 NC_080390.1:33753909-33753917promoter 内 3775-3783 bp - 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33751699-33753691(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
SmilChr02G002942 Chr02 NC_080388.1:49929636-49929644promoter 内 3762-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49928935-49929405(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr01G004663 Chr01 NC_080387.1:64735092-64735100promoter 内 3751-3759 bp + 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 64733668-64734850(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG
SmilChr01G005539 Chr01 NC_080387.1:72225887-72225895promoter 内 3744-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 72226144-72227093(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G004397 Chr02 NC_080388.1:66325925-66325933promoter 内 3738-3746 bp - 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 66326188-66327944(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG
SmilChr03G002987 Chr03 NC_080389.1:46701248-46701256promoter 内 3711-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 46695374-46700966(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
SmilChr01G002166 Chr01 NC_080387.1:37729870-37729878promoter 内 3700-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 37730171-37731070(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G000532 Chr03 NC_080389.1:5733584-5733592promoter 内 3630-3638 bp + 363 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5729640-5733221(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG
SmilChr02G004420 Chr02 NC_080388.1:66525585-66525593promoter 内 3615-3623 bp + 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 66525971-66527914(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
SmilChr02G004822 Chr02 NC_080388.1:70333243-70333251promoter 内 3604-3612 bp - 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 70328542-70332854(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr04G001540 Chr04 NC_080390.1:25369980-25369988promoter 内 3581-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 25364426-25369568(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr04G002455 Chr04 NC_080390.1:39309703-39309711promoter 内 3557-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 39307868-39309267(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr01G004659 Chr01 NC_080387.1:64679213-64679221promoter 内 3550-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 64676701-64678770(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G001837 Chr02 NC_080388.1:33473927-33473935promoter 内 3547-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33471214-33473481(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG
SmilChr03G002755 Chr03 NC_080389.1:43779479-43779487promoter 内 3546-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 43779934-43781498(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG
SmilChr04G002153 Chr04 NC_080390.1:34576700-34576708promoter 内 3495-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 34577206-34577967(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
SmilChr03G000541 Chr03 NC_080389.1:5873520-5873528promoter 内 3466-3474 bp + 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5874055-5878153(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
SmilChr01G000040 Chr01 NC_080387.1:638874-638882promoter 内 3441-3449 bp + 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 635623-638322(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr04G002347 Chr04 NC_080390.1:37861273-37861281promoter 内 3440-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 37861834-37865129(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr04G002222 Chr04 NC_080390.1:35910012-35910020promoter 内 3432-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 35906714-35909451(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G000764 Chr02 NC_080388.1:12446760-12446768promoter 内 3402-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 12444913-12446169(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG
SmilChr03G003094 Chr03 NC_080389.1:47963649-47963657promoter 内 3400-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 47958809-47963056(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr04G001528 Chr04 NC_080390.1:25197025-25197033promoter 内 3365-3373 bp - 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 25197661-25197732(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr01G000567 Chr01 NC_080387.1:11743168-11743176promoter 内 3281-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 11739553-11742456(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G005375 Chr02 NC_080388.1:74427189-74427197promoter 内 3248-3256 bp - 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 74427942-74429920(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G003430 Chr03 NC_080389.1:52639970-52639978promoter 内 3236-3244 bp - 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 52640735-52645165(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G001853 Chr02 NC_080388.1:33749921-33749929promoter 内 3227-3235 bp - 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 33750695-33751658(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr02G001527 Chr02 NC_080388.1:28400089-28400097promoter 内 3191-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 28400899-28404000(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr01G004743 Chr01 NC_080387.1:65610881-65610889promoter 内 3179-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 65611703-65613208(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr03G003703 Chr03 NC_080389.1:55979111-55979119promoter 内 3170-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 55979942-55982925(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr03G001547 Chr03 NC_080389.1:19484149-19484157promoter 内 3132-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 19485018-19486593(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr04G002724 Chr04 NC_080390.1:42851323-42851331promoter 内 3098-3106 bp - 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 42850356-42850428(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G003502 Chr02 NC_080388.1:56218237-56218245promoter 内 3068-3076 bp - 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56216197-56217312(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G005565 Chr02 NC_080388.1:75576378-75576386promoter 内 3035-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 75572911-75575420(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G004755 Chr02 NC_080388.1:69732834-69732842promoter 内 3023-3031 bp + 970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 69733812-69737345(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr03G004135 Chr03 NC_080389.1:60192950-60192958promoter 内 3016-3024 bp - 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 60188638-60191973(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
SmilChr02G003555 Chr02 NC_080388.1:56730361-56730369promoter 内 2979-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 56728232-56729347(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G005297 Chr02 NC_080388.1:73940435-73940443promoter 内 2949-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 73935165-73939391(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr01G004988 Chr01 NC_080387.1:67916322-67916330promoter 内 2939-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 67917384-67919837(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
SmilChr04G001109 Chr04 NC_080390.1:15923167-15923175promoter 内 2937-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 15924231-15929789(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr01G004742 Chr01 NC_080387.1:65610881-65610889promoter 内 2932-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 65603892-65609820(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr04G000482 Chr04 NC_080390.1:5215519-5215527promoter 内 2900-2908 bp + 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 5216620-5220529(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G002803 Chr02 NC_080388.1:48102994-48103002promoter 内 2896-2904 bp - 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 48104099-48106323(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG
SmilChr02G001408 Chr02 NC_080388.1:26712522-26712530promoter 内 2856-2864 bp + 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 26713667-26715983(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTAC
SmilChr03G004452 Chr03 NC_080389.1:62641969-62641977promoter 内 2851-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 62643119-62645997(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG
SmilChr01G005983 Chr01 NC_080387.1:75477194-75477202promoter 内 2848-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 75478347-75479513(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr04G000778 Chr04 NC_080390.1:9529746-9529754promoter 内 2846-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 9524829-9528599(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr01G004972 Chr01 NC_080387.1:67819591-67819599promoter 内 2829-2837 bp - 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 67816486-67818427(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCCACGTCA
SmilChr02G002915 Chr02 NC_080388.1:49468498-49468506promoter 内 2823-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 49464290-49467328(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 TGACGTGGG
SmilChr01G002282 Chr01 NC_080387.1:39609995-39610003promoter 内 2817-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 1 39607158-39608819(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GTACGTGGG