转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 89 / 128 下载 TSV

上一页 89 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004114 Chr05 NC_080391.1:54991439-54991453promoter 内 1211-1225 bp + 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 54994229-54996134(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGGACCACCGCCA
SmilChr01G005367 Chr01 NC_080387.1:70893054-70893068promoter 内 650-664 bp + 3337 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 70885818-70889717(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCTGCAG
SmilChr07G001605 Chr07 NC_080393.1:13401984-13401998promoter 内 3886-3900 bp - 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13402099-13404045(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAATTGG
SmilChr03G001178 Chr03 NC_080389.1:13530082-13530096promoter 内 3677-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13528672-13529772(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCTAA
SmilChr05G000112 Chr05 NC_080391.1:793704-793718promoter 内 3558-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 794147-794851(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTACCGCCACCGCTA
SmilChr05G000111 Chr05 NC_080391.1:732031-732045promoter 内 3553-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 732479-733183(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTACCGCCACCGCTA
SmilChr04G001381 Chr04 NC_080390.1:22420257-22420271promoter 内 3515-3529 bp + 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 22403394-22419785(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCGGTGGCGGCGC
SmilChr02G003191 Chr02 NC_080388.1:53069892-53069906promoter 内 3483-3497 bp - 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53067817-53069388(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCTCCACCGCTG
SmilChr04G002494 Chr04 NC_080390.1:39837156-39837170promoter 内 3454-3468 bp + 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39835092-39836623(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAATTGG
SmilChr01G005946 Chr01 NC_080387.1:75193733-75193747promoter 内 3433-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75194301-75195976(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGACGGCG
SmilChr05G001492 Chr05 NC_080391.1:13686584-13686598promoter 内 3400-3414 bp + 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13687185-13691658(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGACCACCGCCA
SmilChr05G001301 Chr05 NC_080391.1:11242756-11242770promoter 内 3386-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11243371-11245954(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAATTCCACCGCCT
SmilChr02G003192 Chr02 NC_080388.1:53077803-53077817promoter 内 3341-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53075701-53077157(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCTCCACCGCTG
SmilChr08G001933 Chr08 NC_080394.1:16948162-16948176promoter 内 3316-3330 bp + 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 16946093-16947491(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGATGGAG
SmilChr01G005191 Chr01 NC_080387.1:69606646-69606660promoter 内 3145-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69604796-69605804(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCTCCACCGCTG
SmilChr01G005192 Chr01 NC_080387.1:69615958-69615972promoter 内 3145-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69614113-69615116(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCTCCACCGCTG
SmilChr01G005193 Chr01 NC_080387.1:69625264-69625278promoter 内 3044-3058 bp - 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69623420-69624321(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCTCCACCGCTG
SmilChr01G005432 Chr01 NC_080387.1:71479134-71479148promoter 内 2977-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71474331-71478124(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGTCGATGG
SmilChr04G003438 Chr04 NC_080390.1:50920887-50920901promoter 内 2954-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50921934-50925611(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGAGGC
SmilChr02G001006 Chr02 NC_080388.1:17746221-17746235promoter 内 2852-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17747370-17751640(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGAGA
SmilChr01G005171 Chr01 NC_080387.1:69475402-69475416promoter 内 2829-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 69473519-69474244(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCGTCACCGCCG
SmilChr07G004189 Chr07 NC_080393.1:53906059-53906073promoter 内 2698-2712 bp - 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53907362-53913051(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGTGAG
SmilChr03G001308 Chr03 NC_080389.1:15368056-15368070promoter 内 2664-2678 bp + 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 15369393-15370731(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCCGTCACCGCCG
SmilChr02G004953 Chr02 NC_080388.1:71492126-71492140promoter 内 2623-2637 bp + 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71488154-71490762(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGACTCGG
SmilChr01G005945 Chr01 NC_080387.1:75193733-75193747promoter 内 2464-2478 bp - 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75190777-75192210(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCGTCCACCGCCG
SmilChr04G001872 Chr04 NC_080390.1:30540419-30540433promoter 内 2442-2456 bp + 1545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30541978-30544066(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCTTCCACCGACT
SmilChr03G002241 Chr03 NC_080389.1:35331668-35331682promoter 内 2402-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 35333267-35335667(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGATGGAG
SmilChr08G002793 Chr08 NC_080394.1:27642188-27642202promoter 内 2384-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 27636692-27640585(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGTTGA
SmilChr02G004617 Chr02 NC_080388.1:68686171-68686185promoter 内 2315-2329 bp - 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 68679256-68684499(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGCTCCACCGGCG
SmilChr08G003005 Chr08 NC_080394.1:30120833-30120847promoter 内 2286-2300 bp - 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30122548-30127311(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGATGGTGGAGGCGG
SmilChr05G003644 Chr05 NC_080391.1:48868336-48868350promoter 内 2277-2291 bp + 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 48864636-48866626(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGAGGA
SmilChr01G002108 Chr01 NC_080387.1:37145687-37145701promoter 内 2250-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37141366-37143950(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCCATCCACCGCCT
SmilChr03G001450 Chr03 NC_080389.1:17298774-17298788promoter 内 2180-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17300595-17303234(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGTGAAGG
SmilChr04G000904 Chr04 NC_080390.1:11787068-11787082promoter 内 2018-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11781730-11785099(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAATCGCCACCGCCA
SmilChr07G001959 Chr07 NC_080393.1:17058877-17058891promoter 内 2003-2017 bp + 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17060875-17066439(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCCATCCACCGCCT
SmilChr04G001920 Chr04 NC_080390.1:31288374-31288388promoter 内 1976-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 31290399-31291507(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGACGGAGA
SmilChr08G000215 Chr08 NC_080394.1:1476809-1476823promoter 内 1883-1897 bp + 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1471203-1474705(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGAGGA
SmilChr08G000988 Chr08 NC_080394.1:7420155-7420169promoter 内 1857-1871 bp - 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7422299-7427734(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGACGA
SmilChr08G001031 Chr08 NC_080394.1:7843422-7843436promoter 内 1819-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7845604-7851019(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGACGA
SmilChr06G001187 Chr06 NC_080392.1:12085430-12085444promoter 内 1806-1820 bp - 2181 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12081317-12083249(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGACCACCGCCA
SmilChr01G000361 Chr01 NC_080387.1:7423970-7423984promoter 内 1725-1739 bp + 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7426246-7428349(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCAGCCACCGCCG
SmilChr05G002356 Chr05 NC_080391.1:25575500-25575514promoter 内 1711-1725 bp - 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 25577790-25578711(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCAACGA
SmilChr05G001383 Chr05 NC_080391.1:12362027-12362041promoter 内 1618-1632 bp - 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12364410-12366462(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGCAGATGG
SmilChr03G004731 Chr03 NC_080389.1:64473762-64473776promoter 内 1603-1617 bp + 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 64468803-64471378(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCGGTGGCGGTGG
SmilChr06G002053 Chr06 NC_080392.1:27056905-27056919promoter 内 1428-1442 bp - 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 27053630-27054346(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCAGCCACCGCCG
SmilChr01G000247 Chr01 NC_080387.1:4652931-4652945promoter 内 1361-1375 bp - 2626 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 4649148-4650305(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCAGCCACCGCCG
SmilChr01G001798 Chr01 NC_080387.1:32838738-32838752promoter 内 1205-1219 bp - 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32833863-32835956(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCGTCCACCGCCG
SmilChr02G003034 Chr02 NC_080388.1:51052890-51052904promoter 内 1158-1172 bp - 2829 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51055733-51058690(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGTCGT
SmilChr04G001505 Chr04 NC_080390.1:24762728-24762742promoter 内 1124-1138 bp - 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 24765605-24768768(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCCGCGA
SmilChr03G000566 Chr03 NC_080389.1:6173444-6173458promoter 内 832-846 bp + 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6176613-6177715(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTATCGCCACCGCCA