转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 93 / 137 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003964 Chr02 NC_080388.1:61796418-61796428promoter 内 2458-2468 bp + 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 61791360-61794885(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr02G004073 Chr02 NC_080388.1:63014788-63014798promoter 内 2436-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 63016353-63020836(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGTG
SmilChr02G000562 Chr02 NC_080388.1:7904515-7904525promoter 内 2414-2424 bp - 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7906102-7906208(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr02G004806 Chr02 NC_080388.1:70232278-70232288promoter 内 2406-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70225492-70230693(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr02G004448 Chr02 NC_080388.1:66827962-66827972promoter 内 2405-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 66829558-66829664(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr01G002273 Chr01 NC_080387.1:39497938-39497948promoter 内 2399-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39499540-39499646(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr01G002757 Chr01 NC_080387.1:45911641-45911651promoter 内 2399-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45909943-45910049(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr03G000715 Chr03 NC_080389.1:7936473-7936483promoter 内 2399-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7934775-7934881(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr03G003658 Chr03 NC_080389.1:55411438-55411448promoter 内 2399-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 55413040-55413146(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr03G002913 Chr03 NC_080389.1:45874720-45874730promoter 内 2387-2397 bp + 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45873010-45873116(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr03G003533 Chr03 NC_080389.1:53941192-53941202promoter 内 2384-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 53934900-53939585(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr02G004976 Chr02 NC_080388.1:71648522-71648532promoter 内 2366-2376 bp - 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71650157-71655342(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAAGTTGAT
SmilChr01G003415 Chr01 NC_080387.1:52791830-52791840promoter 内 2363-2373 bp - 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52787901-52790202(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGAA
SmilChr01G000397 Chr01 NC_080387.1:8157079-8157089promoter 内 2323-2333 bp - 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8154334-8155411(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGTG
SmilChr01G005264 Chr01 NC_080387.1:70105543-70105553promoter 内 2272-2282 bp + 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70107272-70111578(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAACTTGAA
SmilChr01G002956 Chr01 NC_080387.1:48425769-48425779promoter 内 2224-2234 bp + 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 48418977-48424002(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGC
SmilChr01G005281 Chr01 NC_080387.1:70202574-70202584promoter 内 2222-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70204353-70208629(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAACTTGAA
SmilChr01G001371 Chr01 NC_080387.1:27053288-27053298promoter 内 2209-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 27055080-27057634(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr02G002264 Chr02 NC_080388.1:40092774-40092784promoter 内 2162-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 40085942-40090945(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGC
SmilChr03G003439 Chr03 NC_080389.1:52787421-52787431promoter 内 2091-2101 bp + 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 52782533-52785521(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr01G003006 Chr01 NC_080387.1:49096382-49096392promoter 内 2034-2044 bp + 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49098349-49102127(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGAA
SmilChr03G001846 Chr03 NC_080389.1:25383132-25383142promoter 内 1968-1978 bp + 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 25376689-25381109(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAAGTTGGC
SmilChr03G000767 Chr03 NC_080389.1:8783564-8783574promoter 内 1924-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 8779824-8781497(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAA
SmilChr02G000634 Chr02 NC_080388.1:9599600-9599610promoter 内 1912-1922 bp + 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9601689-9604337(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGAA
SmilChr03G003003 Chr03 NC_080389.1:46878002-46878012promoter 内 1890-1900 bp + 2101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46880113-46883906(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGAA
SmilChr02G001328 Chr02 NC_080388.1:24740692-24740702promoter 内 1868-1878 bp + 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24742825-24747007(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGAA
SmilChr01G000525 Chr01 NC_080387.1:10706178-10706188promoter 内 1855-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 10702889-10704042(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr02G000058 Chr02 NC_080388.1:748360-748370promoter 内 1819-1829 bp + 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 750542-752749(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGAA
SmilChr01G002862 Chr01 NC_080387.1:47214300-47214310promoter 内 1784-1794 bp - 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47216517-47219785(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAA
SmilChr02G001205 Chr02 NC_080388.1:22221125-22221135promoter 内 1752-1762 bp + 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 22223374-22227993(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAT
SmilChr02G001404 Chr02 NC_080388.1:26633151-26633161promoter 内 1702-1712 bp + 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 26629385-26630862(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr01G003754 Chr01 NC_080387.1:55935347-55935357promoter 内 1669-1679 bp + 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 55931377-55933025(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
SmilChr01G003032 Chr01 NC_080387.1:49355567-49355577promoter 内 1656-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49357912-49361275(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGAA
SmilChr02G002231 Chr02 NC_080388.1:39678778-39678788promoter 内 1656-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 39662614-39676443(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CACAAGTTGAA
SmilChr01G005032 Chr01 NC_080387.1:68282966-68282976promoter 内 1633-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 68278485-68280608(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGTG
SmilChr03G003274 Chr03 NC_080389.1:50699031-50699041promoter 内 1627-1637 bp + 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 50694656-50696667(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAAGTTGAT
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