转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 93 / 142 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002032 Chr02 NC_080388.1:36617359-36617373promoter 内 570-584 bp - 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36620790-36622199(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACGTGGTAGGTATT
SmilChr07G003761 Chr07 NC_080393.1:45935111-45935125promoter 内 295-309 bp + 3692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45938817-45945151(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCATATG
SmilChr05G004036 Chr05 NC_080391.1:54328284-54328298promoter 内 266-280 bp + 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54323422-54324563(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAATGGTAGGTACA
SmilChr06G000269 Chr06 NC_080392.1:1820425-1820439promoter 内 262-276 bp - 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1824164-1824278(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTCAGGTAGGTAGA
SmilChr08G001416 Chr08 NC_080394.1:11344502-11344516promoter 内 240-254 bp - 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11335875-11340755(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTGTTTC
SmilChr01G004419 Chr01 NC_080387.1:62309906-62309920promoter 内 235-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62313672-62316505(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAGTAGTAGGTGAT
SmilChr07G003354 Chr07 NC_080393.1:36021852-36021866promoter 内 226-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36025627-36030300(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCATAAT
SmilChr01G004277 Chr01 NC_080387.1:61000608-61000622promoter 内 210-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 61004399-61005116(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATTTGGTAGGTAAC
SmilChr03G000663 Chr03 NC_080389.1:7433202-7433216promoter 内 205-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7436998-7438713(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGGGGTAGGTAAC
SmilChr03G000970 Chr03 NC_080389.1:11001119-11001133promoter 内 138-152 bp + 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 10995564-10997270(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGAAAGTAGGTGGG
SmilChr08G001944 Chr08 NC_080394.1:17082709-17082723promoter 内 115-129 bp - 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 17086595-17089872(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAATGGTAGGTACA
SmilChr07G000316 Chr07 NC_080393.1:2106267-2106281promoter 内 82-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 2110186-2113364(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTGCACT
SmilChr08G001567 Chr08 NC_080394.1:12891318-12891332promoter 内 50-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12885092-12887381(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCATTCA
SmilChr01G002060 Chr01 NC_080387.1:36423345-36423359promoter 内 3606-3620 bp - 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 36421133-36422964(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTACCTACCGATTT
SmilChr01G002584 Chr01 NC_080387.1:43971480-43971494promoter 内 3446-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 43970859-43970939(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCCATCT
SmilChr06G002506 Chr06 NC_080392.1:35938493-35938507promoter 内 2757-2771 bp - 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 35936050-35937263(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACACCCGC
SmilChr01G005351 Chr01 NC_080387.1:70758556-70758570promoter 内 2607-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 70754586-70757176(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTAATGGTAGGTGTA
SmilChr04G001824 Chr04 NC_080390.1:29749312-29749326promoter 内 1717-1731 bp + 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 29751596-29755212(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACTAACCC
SmilChr08G002220 Chr08 NC_080394.1:20204330-20204344promoter 内 1259-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 20207072-20210178(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACTAACCC
SmilChr01G005017 Chr01 NC_080387.1:68172743-68172757promoter 内 1112-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 68167299-68169868(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCCATAA
SmilChr02G003779 Chr02 NC_080388.1:59475864-59475878promoter 内 3974-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59474405-59475851(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTACAAG
SmilChr06G002104 Chr06 NC_080392.1:28102941-28102955promoter 内 3974-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 28102968-28104414(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTACAAG
SmilChr07G003503 Chr07 NC_080393.1:39908667-39908681promoter 内 3974-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 39908694-39910141(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTACAAG
SmilChr03G000766 Chr03 NC_080389.1:8773528-8773542promoter 内 3953-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8760405-8773494(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCCAATA
SmilChr07G002237 Chr07 NC_080393.1:20559824-20559838promoter 内 3911-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 20558742-20559748(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAAAAA
SmilChr08G000035 Chr08 NC_080394.1:247960-247974promoter 内 3824-3838 bp - 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 248137-250766(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGAAAGGTAGGTGTA
SmilChr04G002946 Chr04 NC_080390.1:45795087-45795101promoter 内 3717-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45793024-45794817(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CACGTGGTAGTTGTG
SmilChr01G006053 Chr01 NC_080387.1:76019566-76019580promoter 内 3612-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 76018001-76019191(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCGTAAT
SmilChr07G001689 Chr07 NC_080393.1:14307132-14307146promoter 内 3406-3420 bp + 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 14307727-14315705(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACATAAA
SmilChr04G002847 Chr04 NC_080390.1:44582854-44582868promoter 内 3371-3385 bp - 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44581122-44582238(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAAAAA
SmilChr08G001313 Chr08 NC_080394.1:10463434-10463448promoter 内 3316-3330 bp + 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10464119-10464904(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTAACACTTA
SmilChr07G002043 Chr07 NC_080393.1:18525213-18525227promoter 内 3279-3293 bp - 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 18525935-18527535(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACAAAGGTAGGTGAA
SmilChr02G003845 Chr02 NC_080388.1:60211660-60211674promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 60206723-60210901(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAAAAA
SmilChr02G004213 Chr02 NC_080388.1:64383133-64383147promoter 内 3206-3220 bp + 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 64380776-64382352(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATTTGGTAGGTGAT
SmilChr07G003875 Chr07 NC_080393.1:48289312-48289326promoter 内 3103-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 48286736-48288428(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTGCTCT
SmilChr07G004230 Chr07 NC_080393.1:54580816-54580830promoter 内 3086-3100 bp - 901 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54581731-54582974(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAATGGGTAGGTGGC
SmilChr03G001376 Chr03 NC_080389.1:16248062-16248076promoter 内 3074-3088 bp + 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 16248989-16250404(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GATACCTACCCTCCC
SmilChr01G003008 Chr01 NC_080387.1:49121075-49121089promoter 内 3068-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 49122008-49123376(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACCACTC
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SmilChr07G000123 Chr07 NC_080393.1:707810-707824promoter 内 3052-3066 bp + 935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 704005-706875(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTAAGGTAGGTGAA
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SmilChr01G002556 Chr01 NC_080387.1:43692172-43692186promoter 内 2693-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 43686050-43690878(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTTGGTAGGTAAA
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