转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 93 / 138 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003833 Chr03 NC_080389.1:57478157-57478167promoter 内 1783-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 57472549-57475949(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr02G004680 Chr02 NC_080388.1:69139827-69139837promoter 内 1735-1745 bp - 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 69135143-69137571(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTA
SmilChr02G004683 Chr02 NC_080388.1:69139827-69139837promoter 内 1667-1677 bp - 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 69142161-69146624(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr03G001514 Chr03 NC_080389.1:18546405-18546415promoter 内 1241-1251 bp + 2750 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 18549165-18551253(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCGTT
SmilChr01G003020 Chr01 NC_080387.1:49216330-49216340promoter 内 1111-1121 bp + 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 49212007-49213450(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr01G004390 Chr01 NC_080387.1:62062177-62062187promoter 内 476-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 62056274-62058662(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTA
SmilChr01G001952 Chr01 NC_080387.1:34733634-34733644promoter 内 343-353 bp + 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 34727999-34729986(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TATCGTACAAT
SmilChr01G003724 Chr01 NC_080387.1:55558414-55558424promoter 内 3971-3981 bp + 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55553418-55558394(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr03G002774 Chr03 NC_080389.1:44139621-44139631promoter 内 3963-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 44139659-44140393(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCGTT
SmilChr02G004248 Chr02 NC_080388.1:64667249-64667259promoter 内 3841-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 64661246-64667099(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGATA
SmilChr01G004244 Chr01 NC_080387.1:60742696-60742706promoter 内 3816-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 60741336-60742521(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGATA
SmilChr03G000404 Chr03 NC_080389.1:4400258-4400268promoter 内 3814-3824 bp + 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 4396603-4400081(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr01G003268 Chr01 NC_080387.1:51362855-51362865promoter 内 3783-3793 bp - 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51363073-51369146(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr03G003482 Chr03 NC_080389.1:53378742-53378752promoter 内 3759-3769 bp + 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53375085-53378510(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr01G003530 Chr01 NC_080387.1:53928337-53928347promoter 内 3685-3695 bp - 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53928653-53930473(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr01G002030 Chr01 NC_080387.1:35870331-35870341promoter 内 3581-3591 bp - 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 35869139-35869921(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCGTT
SmilChr02G004324 Chr02 NC_080388.1:65542567-65542577promoter 内 3517-3527 bp - 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 65539701-65542093(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTA
SmilChr03G001114 Chr03 NC_080389.1:12850980-12850990promoter 内 3501-3511 bp + 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 12851480-12855465(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGCAT
SmilChr02G001269 Chr02 NC_080388.1:23247908-23247918promoter 内 3462-3472 bp - 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 23246512-23247379(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGATA
SmilChr01G003702 Chr01 NC_080387.1:55406053-55406063promoter 内 3457-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55403087-55405519(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr01G004732 Chr01 NC_080387.1:65510586-65510596promoter 内 3444-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 65506016-65510039(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr02G002730 Chr02 NC_080388.1:47215329-47215339promoter 内 3435-3445 bp + 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 47212111-47214773(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr01G005125 Chr01 NC_080387.1:69056107-69056117promoter 内 3342-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 69056766-69059958(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTA
SmilChr01G001735 Chr01 NC_080387.1:31952152-31952162promoter 内 3292-3302 bp - 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 31952861-31954060(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GCCGGTACAAT
SmilChr02G004236 Chr02 NC_080388.1:64544240-64544250promoter 内 3160-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 64545081-64552300(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGCAT
SmilChr02G000552 Chr02 NC_080388.1:7743196-7743206promoter 内 3122-3132 bp - 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 7741022-7742327(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTA
SmilChr02G005544 Chr02 NC_080388.1:75445824-75445834promoter 内 2984-2994 bp + 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 75441220-75444817(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AACGGTACAAT
SmilChr01G001027 Chr01 NC_080387.1:21414756-21414766promoter 内 2906-2916 bp - 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 21415851-21418013(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr03G000188 Chr03 NC_080389.1:2096370-2096380promoter 内 2870-2880 bp - 1121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 2091044-2095249(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGATA
SmilChr02G004313 Chr02 NC_080388.1:65473238-65473248promoter 内 2845-2855 bp + 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 65474394-65474706(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTA
SmilChr02G004245 Chr02 NC_080388.1:64644729-64644739promoter 内 2789-2799 bp + 1202 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 64645941-64648038(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTTTA
SmilChr02G004249 Chr02 NC_080388.1:64667249-64667259promoter 内 2780-2790 bp - 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 64668470-64669673(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TATCGTACAAT
SmilChr02G002574 Chr02 NC_080388.1:44736670-44736680promoter 内 2732-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 44734887-44735411(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGATA
SmilChr01G005815 Chr01 NC_080387.1:74140549-74140559promoter 内 2656-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 74141894-74144092(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TAAAGTACAAT
SmilChr01G001597 Chr01 NC_080387.1:30103032-30103042promoter 内 2421-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 30104612-30107131(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGCGTACAAG
SmilChr01G000718 Chr01 NC_080387.1:16070707-16070717promoter 内 2287-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 16068089-16069003(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGACG
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