转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 97 / 142 下载 TSV

上一页 97 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000513 Chr04 NC_080390.1:5638375-5638389promoter 内 1006-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5634144-5635394(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCTTTTT
SmilChr04G001261 Chr04 NC_080390.1:19868750-19868764promoter 内 938-952 bp - 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19871813-19871919(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGGAAGTAGGTGGC
SmilChr04G003609 Chr04 NC_080390.1:52570353-52570367promoter 内 921-935 bp + 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52567181-52567287(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGGAAGTAGGTGGC
SmilChr03G001566 Chr03 NC_080389.1:19794334-19794348promoter 内 920-934 bp + 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19791161-19791267(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGGAAGTAGGTGGC
SmilChr08G002737 Chr08 NC_080394.1:26991981-26991995promoter 内 919-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 26995063-26997014(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTAACT
SmilChr04G001399 Chr04 NC_080390.1:22779050-22779064promoter 内 796-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22775380-22775859(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CAAGAGGTAGGTAGC
SmilChr05G001566 Chr05 NC_080391.1:14323427-14323441promoter 内 768-782 bp + 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14326660-14326730(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTTTTTC
SmilChr02G001764 Chr02 NC_080388.1:32372402-32372416promoter 内 697-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32375706-32377534(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAATTGGTAGGTGAC
SmilChr04G000148 Chr04 NC_080390.1:1293935-1293949promoter 内 684-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1297252-1299763(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCATAAT
SmilChr01G004056 Chr01 NC_080387.1:58994122-58994136promoter 内 580-594 bp - 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 58997543-59001149(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCAACGGTAGGTAAG
SmilChr06G000391 Chr06 NC_080392.1:3128995-3129009promoter 内 495-509 bp + 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3123050-3125503(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTTAAGTAGGTGGA
SmilChr05G003541 Chr05 NC_080391.1:47278708-47278722promoter 内 436-450 bp - 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47282273-47293491(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTATGGTAGGTAAA
SmilChr07G001109 Chr07 NC_080393.1:8178118-8178132promoter 内 381-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8181738-8183995(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGAAGTTAGGTGGA
SmilChr01G003624 Chr01 NC_080387.1:54794511-54794525promoter 内 365-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54798147-54802830(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACTGCACA
SmilChr02G004837 Chr02 NC_080388.1:70495416-70495430promoter 内 358-372 bp + 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 70490461-70491787(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTATGGTAGGTATA
SmilChr07G004129 Chr07 NC_080393.1:53006946-53006960promoter 内 345-359 bp + 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53010602-53013262(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACTACCACCCG
SmilChr02G004229 Chr02 NC_080388.1:64500602-64500616promoter 内 315-329 bp - 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 64491924-64496930(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCAAGCA
SmilChr04G003275 Chr04 NC_080390.1:49442316-49442330promoter 内 248-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49446069-49446175(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACGGAAGTAGGTGGC
SmilChr01G001561 Chr01 NC_080387.1:29623234-29623248promoter 内 226-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 29627009-29628114(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCAAAGGTAGGTAGA
SmilChr08G002468 Chr08 NC_080394.1:23594206-23594220promoter 内 217-231 bp + 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 23585099-23590436(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACGAAGTAGGTGAG
SmilChr07G004125 Chr07 NC_080393.1:52928564-52928578promoter 内 206-220 bp + 3781 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52932359-52936269(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTCTTCC
SmilChr07G002099 Chr07 NC_080393.1:19110422-19110436promoter 内 200-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19100843-19106635(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCATTCG
SmilChr01G003641 Chr01 NC_080387.1:54911158-54911172promoter 内 183-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54914976-54919283(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACTGCACA
SmilChr01G000373 Chr01 NC_080387.1:7682328-7682342promoter 内 102-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7686227-7698295(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGGTGGTAGTTATA
SmilChr07G001482 Chr07 NC_080393.1:11660901-11660915promoter 内 89-103 bp + 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 11656157-11657003(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACAAAGGTAGGTGCA
SmilChr02G004543 Chr02 NC_080388.1:67986043-67986057promoter 内 61-75 bp - 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 67989983-67994776(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATAGGGTAGGTAGA
SmilChr03G003549 Chr03 NC_080389.1:54119878-54119892promoter 内 3370-3384 bp - 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 54115533-54119261(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr05G003737 Chr05 NC_080391.1:50452397-50452411promoter 内 2256-2270 bp - 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 50445181-50450666(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr04G002698 Chr04 NC_080390.1:42477436-42477450promoter 内 1936-1950 bp + 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 42479501-42481258(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr05G003738 Chr05 NC_080391.1:50453063-50453077promoter 内 1161-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 50455903-50457360(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr04G002068 Chr04 NC_080390.1:33433082-33433096promoter 内 3766-3780 bp + 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 33433317-33435846(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr02G002897 Chr02 NC_080388.1:49247222-49247236promoter 内 3626-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 49243032-49246861(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr01G005383 Chr01 NC_080387.1:71077481-71077495promoter 内 3358-3372 bp + 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 71070234-71076852(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr02G000224 Chr02 NC_080388.1:2904273-2904287promoter 内 3254-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 2900591-2903540(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr08G004782 Chr08 NC_080394.1:57144111-57144125promoter 内 3114-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 57142182-57143238(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr06G002649 Chr06 NC_080392.1:38279633-38279647promoter 内 2919-2933 bp - 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 38280715-38281494(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr01G004487 Chr01 NC_080387.1:63005399-63005413promoter 内 2915-2929 bp + 1072 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 63006485-63009676(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr06G000868 Chr06 NC_080392.1:8213040-8213054promoter 内 2565-2579 bp - 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 8214476-8216382(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr03G002235 Chr03 NC_080389.1:35246141-35246155promoter 内 2554-2568 bp + 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 35247588-35248905(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr07G004045 Chr07 NC_080393.1:51777082-51777096promoter 内 2355-2369 bp - 1632 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51774314-51775450(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTACCTACCCTTAT
SmilChr07G004046 Chr07 NC_080393.1:51777082-51777096promoter 内 1757-1771 bp - 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51779326-51784017(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATAAGGGTAGGTAGA
SmilChr05G001018 Chr05 NC_080391.1:8335717-8335731promoter 内 1681-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 8338037-8340830(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr04G001419 Chr04 NC_080390.1:23050351-23050365promoter 内 1428-1442 bp - 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 23040339-23047792(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr01G005699 Chr01 NC_080387.1:73255606-73255620promoter 内 1268-1282 bp - 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 73247640-73252887(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr01G001727 Chr01 NC_080387.1:31814183-31814197promoter 内 1073-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 31817111-31822515(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCATTGA
SmilChr08G004176 Chr08 NC_080394.1:51103694-51103708promoter 内 929-943 bp - 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 51099585-51100636(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr04G002067 Chr04 NC_080390.1:33433082-33433096promoter 内 925-939 bp + 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 33425626-33430020(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTTAGGTAGGTGTA
SmilChr06G000867 Chr06 NC_080392.1:8213040-8213054promoter 内 833-847 bp - 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 8206548-8209886(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT
SmilChr01G001803 Chr01 NC_080387.1:32955675-32955689promoter 内 707-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 32958969-32964067(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCATTGA
SmilChr04G003302 Chr04 NC_080390.1:49745929-49745943promoter 内 655-669 bp + 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 49749275-49750338(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTAAAT