转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 99 / 134 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002466 Chr02 NC_080388.1:43012215-43012229promoter 内 967-981 bp + 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43015249-43018157(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGTTAATGATGAA
SmilChr03G002363 Chr03 NC_080389.1:37274723-37274737promoter 内 958-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37268295-37271694(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGTTAATGATGAA
SmilChr01G002441 Chr01 NC_080387.1:41988674-41988688promoter 内 867-881 bp - 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41991808-41992807(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTAGCATC
SmilChr02G000537 Chr02 NC_080388.1:7396560-7396574promoter 内 768-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7399793-7400930(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTTCATCA
SmilChr02G002034 Chr02 NC_080388.1:36623375-36623389promoter 内 715-729 bp - 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36626661-36627458(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCAACTCA
SmilChr03G002832 Chr03 NC_080389.1:44852601-44852615promoter 内 700-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44848608-44849314(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATAATTACTTTT
SmilChr01G003683 Chr01 NC_080387.1:55223123-55223137promoter 内 662-676 bp - 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55226462-55226658(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTATCATTATAGTT
SmilChr01G006064 Chr01 NC_080387.1:76059777-76059791promoter 内 660-674 bp + 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 76063118-76066924(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAACAAATGATTAC
SmilChr01G006154 Chr01 NC_080387.1:76981111-76981125promoter 内 659-673 bp - 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 76974631-76977783(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGTTAATGATGAA
SmilChr01G001411 Chr01 NC_080387.1:27702081-27702095promoter 内 446-460 bp - 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27705636-27708347(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTATCATTATATTT
SmilChr01G003142 Chr01 NC_080387.1:50249224-50249238promoter 内 425-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50252800-50259192(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACATCATTATATTT
SmilChr02G003695 Chr02 NC_080388.1:58403327-58403341promoter 内 248-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58407080-58409466(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGTTAATGATGAA
SmilChr01G005855 Chr01 NC_080387.1:74497496-74497510promoter 内 235-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 74491655-74493744(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTTTAATGATGGA
SmilChr01G005525 Chr01 NC_080387.1:72121256-72121270promoter 内 50-64 bp + 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72125207-72127564(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAAAAATGATTAA
SmilChr03G001054 Chr03 NC_080389.1:12255574-12255588promoter 内 34-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12246577-12251621(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGTTAATGATGAA
SmilChr01G004656 Chr01 NC_080387.1:64661769-64661783promoter 内 3245-3259 bp - 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 4 64662525-64663003(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTAAATTT
SmilChr02G002627 Chr02 NC_080388.1:45617756-45617770promoter 内 3746-3760 bp - 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 3 45611248-45617515(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAAAAATGATTAG
SmilChr01G005046 Chr01 NC_080387.1:68397712-68397726promoter 内 3920-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 68397793-68401166(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATTTT
SmilChr03G003239 Chr03 NC_080389.1:50286693-50286707promoter 内 3804-3818 bp + 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 50286890-50290839(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATTTT
SmilChr03G002268 Chr03 NC_080389.1:35807552-35807566promoter 内 3781-3795 bp - 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 35806557-35807346(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATTAATGATGAA
SmilChr01G006148 Chr01 NC_080387.1:76952293-76952307promoter 内 3712-3726 bp - 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 76952582-76955077(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCGTTAAT
SmilChr02G003600 Chr02 NC_080388.1:57179746-57179760promoter 内 3503-3517 bp + 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 57180244-57180920(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATACAATGATTTC
SmilChr01G003584 Chr01 NC_080387.1:54415764-54415778promoter 内 3441-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 54416324-54421669(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATGTCAATGATTGT
SmilChr03G001091 Chr03 NC_080389.1:12612213-12612227promoter 内 3415-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 12612799-12615022(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTAAATTT
SmilChr03G002852 Chr03 NC_080389.1:45111270-45111284promoter 内 3194-3208 bp - 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 45106738-45110477(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAATGTCATGATTAC
SmilChr03G000293 Chr03 NC_080389.1:3359956-3359970promoter 内 3087-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 3357796-3359056(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTAAATTT
SmilChr01G004808 Chr01 NC_080387.1:66301123-66301137promoter 内 2888-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 66295259-66300024(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTATCATTATTATC
SmilChr02G004880 Chr02 NC_080388.1:70886334-70886348promoter 内 2786-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 70887549-70898316(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAGAAATGATTGT
SmilChr01G003487 Chr01 NC_080387.1:53423069-53423083promoter 内 2499-2513 bp + 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 53418370-53421581(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACGATG
SmilChr03G001825 Chr03 NC_080389.1:25005184-25005198promoter 内 2335-2349 bp - 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 25000658-25003532(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAGAAATGATTGT
SmilChr02G003599 Chr02 NC_080388.1:57179746-57179760promoter 内 2246-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 57174378-57178005(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTGTATTT
SmilChr01G006147 Chr01 NC_080387.1:76946021-76946035promoter 内 2210-2224 bp - 1777 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 76947812-76948804(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCGTTAAT
SmilChr01G006145 Chr01 NC_080387.1:76946021-76946035promoter 内 1843-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 76941736-76943877(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAACGATGATTAA
SmilChr02G004112 Chr02 NC_080388.1:63411824-63411838promoter 内 1834-1848 bp - 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 63413991-63416190(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTGAAATC
SmilChr03G002725 Chr03 NC_080389.1:43265651-43265665promoter 内 1724-1738 bp - 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 43267928-43268418(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTACATTG
SmilChr02G004871 Chr02 NC_080388.1:70796304-70796318promoter 内 1701-1715 bp + 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 70798604-70803077(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTAGAAATGATTAA
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SmilChr02G003181 Chr02 NC_080388.1:52965317-52965331promoter 内 576-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 52968742-52974121(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTCTCAC
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