转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001298-RA_Salv SmilChr05G001961 MIKC_MADS XP_057766054.1 MP00077 TTCCAAAAATGGAAA

可能结合的靶基因

9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 100 / 123 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000662 Chr03 NC_080389.1:7409284-7409298promoter 内 3674-3688 bp + 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 7405691-7408971(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr02G001352 Chr02 NC_080388.1:25291539-25291553promoter 内 3672-3686 bp + 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 25288281-25291224(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr02G001440 Chr02 NC_080388.1:27084899-27084913promoter 内 3671-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 27085229-27088122(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr02G003201 Chr02 NC_080388.1:53170953-53170967promoter 内 3670-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 53167782-53170636(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr01G001384 Chr01 NC_080387.1:27249347-27249361promoter 内 3666-3680 bp - 321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 27249682-27252555(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr01G002418 Chr01 NC_080387.1:41620805-41620819promoter 内 3661-3675 bp + 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 41617606-41620479(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr02G002435 Chr02 NC_080388.1:42404781-42404795promoter 内 3656-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42401551-42404450(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr01G001590 Chr01 NC_080387.1:29920344-29920358promoter 内 3652-3666 bp - 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 29920693-29923607(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr03G000486 Chr03 NC_080389.1:5188098-5188112promoter 内 3649-3663 bp - 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5180191-5187760(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCTAAAAATGACAA
SmilChr02G002023 Chr02 NC_080388.1:36459224-36459238promoter 内 3648-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 36456009-36458885(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr01G003846 Chr01 NC_080387.1:56777196-56777210promoter 内 3643-3657 bp - 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56773403-56776852(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTCCAAAAATGATAA
SmilChr02G000937 Chr02 NC_080388.1:16351483-16351497promoter 内 3640-3654 bp + 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 16347731-16351136(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr02G002269 Chr02 NC_080388.1:40147478-40147492promoter 内 3627-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 40147852-40150693(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr01G005631 Chr01 NC_080387.1:72764848-72764862promoter 内 3609-3623 bp - 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 72760374-72764470(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCTAAAAATGACAA
SmilChr03G000900 Chr03 NC_080389.1:10291911-10291925promoter 内 3581-3595 bp - 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 10290789-10291505(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTCCAAAAAAAAAAA
SmilChr02G003615 Chr02 NC_080388.1:57408958-57408972promoter 内 3580-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57409379-57422409(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr01G003819 Chr01 NC_080387.1:56546011-56546025promoter 内 3546-3560 bp - 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56542953-56545570(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCCAAAAAAAAAAA
SmilChr01G002455 Chr01 NC_080387.1:42156508-42156522promoter 内 3544-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 42152156-42156065(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CAACACAAATGGATA
SmilChr02G003554 Chr02 NC_080388.1:56722995-56723009promoter 内 3538-3552 bp + 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56717584-56722546(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGTCATTTTTAGAA
SmilChr01G006068 Chr01 NC_080387.1:76086769-76086783promoter 内 3515-3529 bp - 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 76087255-76090162(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr01G002210 Chr01 NC_080387.1:38428939-38428953promoter 内 3503-3517 bp - 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 38429437-38430229(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTTTTTTTGGAG
SmilChr01G000182 Chr01 NC_080387.1:3133315-3133329promoter 内 3502-3516 bp - 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 3133814-3136631(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr01G000032 Chr01 NC_080387.1:551477-551491promoter 内 3450-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 549504-550940(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTTTTTTTGGAG
SmilChr03G000506 Chr03 NC_080389.1:5452481-5452495promoter 内 3437-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 5453045-5453746(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGTCATTTTTAGAA
SmilChr02G001630 Chr02 NC_080388.1:30259799-30259813promoter 内 3429-3443 bp - 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30260371-30268091(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTATCATTTTTGGAC
SmilChr01G005541 Chr01 NC_080387.1:72232746-72232760promoter 内 3427-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 72230622-72232186(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGTCATTTTTAGAA
SmilChr01G003696 Chr01 NC_080387.1:55333416-55333430promoter 内 3426-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 55333991-55336720(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCTAAAAATGACAA
SmilChr01G000033 Chr01 NC_080387.1:551477-551491promoter 内 3419-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 552059-556937(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTCCAAAAAAAAAAA
SmilChr01G005522 Chr01 NC_080387.1:72030862-72030876promoter 内 3401-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 72028792-72030276(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGTCATTTTTAGAA
SmilChr01G003820 Chr01 NC_080387.1:56546011-56546025promoter 内 3392-3406 bp - 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 56546620-56550205(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTTTTTTTGGGA
SmilChr01G001924 Chr01 NC_080387.1:34388793-34388807promoter 内 3391-3405 bp - 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 34384607-34388197(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCTAAAAATGACAA
SmilChr02G001648 Chr02 NC_080388.1:30577330-30577344promoter 内 3362-3376 bp - 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 30577969-30585793(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTATCATTTTTGGAC
SmilChr01G003948 Chr01 NC_080387.1:57858444-57858458promoter 内 3349-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 57859096-57862319(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCTTAAAATGGAAT
SmilChr01G002248 Chr01 NC_080387.1:39095499-39095513promoter 内 3330-3344 bp - 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 39096170-39098340(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr01G001027 Chr01 NC_080387.1:21415170-21415184promoter 内 3320-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 21415851-21418013(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATTTTTGGAC
SmilChr01G002961 Chr01 NC_080387.1:48508211-48508225promoter 内 3295-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 48506974-48507519(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCCCAAAAAAAAAAA
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SmilChr02G002234 Chr02 NC_080388.1:39676359-39676373promoter 内 2808-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.8/ 100 1 39677552-39681626(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTCCAAAAATAAAAA