转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004246; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021799-RA_Salv SmilChr08G004246 WRKY XP_057780410.1 MP00422 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9791 个结合位点 6535 个候选靶基因 第 100 / 131 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002452 Chr02 NC_080388.1:42781428-42781440promoter 内 931-943 bp - 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42784498-42789111(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GATGTTGACTATA
SmilChr02G003907 Chr02 NC_080388.1:61123971-61123983promoter 内 852-864 bp - 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61127120-61129344(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTCGTTGACTGCT
SmilChr01G003251 Chr01 NC_080387.1:51230763-51230775promoter 内 712-724 bp + 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51223504-51227486(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GATGTTGACTATA
SmilChr01G001731 Chr01 NC_080387.1:31904178-31904190promoter 内 697-709 bp + 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31898722-31900886(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGAATTGACTTTA
SmilChr01G000240 Chr01 NC_080387.1:4491627-4491639promoter 内 640-652 bp + 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4494988-4496928(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAATGTA
SmilChr01G000402 Chr01 NC_080387.1:8220759-8220771promoter 内 575-587 bp + 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8224185-8226475(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAATTCC
SmilChr02G005347 Chr02 NC_080388.1:74280396-74280408promoter 内 559-571 bp - 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 74283838-74287538(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATATTTGACTTGT
SmilChr02G003904 Chr02 NC_080388.1:61123971-61123983promoter 内 557-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61115982-61120539(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGCAGTCAACGAA
SmilChr02G004119 Chr02 NC_080388.1:63470552-63470564promoter 内 555-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 63473998-63478395(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AAATTTGACTTCG
SmilChr01G005081 Chr01 NC_080387.1:68680881-68680893promoter 内 554-566 bp - 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 68671744-68677446(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATAAGTCAAATAT
SmilChr01G000425 Chr01 NC_080387.1:8525886-8525898promoter 内 413-425 bp + 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8514196-8522310(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GGAGTTGACTGTA
SmilChr02G004108 Chr02 NC_080388.1:63380360-63380372promoter 内 393-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 63375759-63376764(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATAAGTCAAATAT
SmilChr02G000371 Chr02 NC_080388.1:4714206-4714218promoter 内 363-375 bp - 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4707394-4710580(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AACAGTCAACAGT
SmilChr02G000093 Chr02 NC_080388.1:1222119-1222131promoter 内 301-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1215198-1218431(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TGTTTTGACTTTC
SmilChr01G002014 Chr01 NC_080387.1:35694633-35694645promoter 内 221-233 bp + 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35689427-35690865(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATATTTGACTTAT
SmilChr02G004831 Chr02 NC_080388.1:70429781-70429793promoter 内 213-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 70416876-70426005(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CTCGTTGACATTA
SmilChr03G001136 Chr03 NC_080389.1:13093703-13093715promoter 内 185-197 bp + 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13087507-13089899(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACCGTTGACCAAC
SmilChr03G000287 Chr03 NC_080389.1:3259718-3259730promoter 内 128-140 bp + 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3263591-3264484(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAAGTCAAAGAA
SmilChr01G000793 Chr01 NC_080387.1:17226240-17226252promoter 内 102-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 17214513-17222353(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TACATTGACTTTA
SmilChr02G001037 Chr02 NC_080388.1:18470068-18470080promoter 内 79-91 bp - 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18466052-18466158(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TAAAGTCAATTCC
SmilChr01G005567 Chr01 NC_080387.1:72464661-72464673promoter 内 71-83 bp - 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 72458824-72460743(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AGAAGTCAAACCA
SmilChr01G002861 Chr01 NC_080387.1:47196867-47196879promoter 内 59-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 47189925-47192937(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATATTTGACTTAT
SmilChr01G004292 Chr01 NC_080387.1:61139135-61139147promoter 内 28-40 bp - 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61132968-61135174(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AACAGTCAACAGT
SmilChr02G003197 Chr02 NC_080388.1:53132307-53132319promoter 内 1555-1567 bp - 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 4 53134753-53138329(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CCGGTTGACTAGT
SmilChr03G000688 Chr03 NC_080389.1:7683787-7683799promoter 内 2423-2435 bp - 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 3 7680743-7682221(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 GCAAGTCAAAGAG
SmilChr02G002952 Chr02 NC_080388.1:50064751-50064763promoter 内 3669-3681 bp + 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 50062262-50064431(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CACATTGACTTTA
SmilChr02G002906 Chr02 NC_080388.1:49374138-49374150promoter 内 3639-3651 bp - 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 49374500-49376633(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CACATTGACTTTA
SmilChr03G000199 Chr03 NC_080389.1:2265549-2265561promoter 内 3203-3215 bp + 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 2266347-2275551(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATTAGTCAACTAA
SmilChr01G003506 Chr01 NC_080387.1:53638366-53638378promoter 内 3177-3189 bp + 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 53639190-53642825(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ACTAGTCAACCGG
SmilChr01G000234 Chr01 NC_080387.1:4397276-4397288promoter 内 2974-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 4395398-4396261(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 ATATGTCAACGAT
SmilChr02G002616 Chr02 NC_080388.1:45392592-45392604promoter 内 2843-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 45393750-45408835(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CTCTTTGACTTGC
SmilChr02G000673 Chr02 NC_080388.1:10403179-10403191promoter 内 2746-2758 bp + 1243 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 10399954-10401936(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 TTAGTTGACTAAT
SmilChr01G003273 Chr01 NC_080387.1:51441895-51441907promoter 内 2002-2014 bp + 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 51433922-51439908(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 AATGTTGACTATA
SmilChr02G000194 Chr02 NC_080388.1:2412951-2412963promoter 内 1994-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 2414958-2416379(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAAAAG
SmilChr01G000575 Chr01 NC_080387.1:11925911-11925923promoter 内 1934-1946 bp + 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 11927978-11931142(+) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAAAAG
SmilChr02G001380 Chr02 NC_080388.1:26122649-26122661promoter 内 1934-1946 bp - 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 26117462-26120594(-) SMil_00021799-RA_Salv MP00422 CAAAGTCAAAAAG
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