转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020124-RA_Salv SmilChr01G001885 WRKY XP_057806790.1 MP00171 AAAAGTCAACGAT

可能结合的靶基因

9833 个结合位点 7182 个候选靶基因 第 101 / 144 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002499 Chr03 NC_080389.1:39811351-39811363promoter 内 3340-3352 bp - 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39808289-39810702(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAAACC
SmilChr03G000692 Chr03 NC_080389.1:7729538-7729550promoter 内 3331-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7730208-7731614(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTAA
SmilChr03G001930 Chr03 NC_080389.1:27097286-27097298promoter 内 3293-3305 bp - 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 27097994-27106553(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTAA
SmilChr02G004236 Chr02 NC_080388.1:64544351-64544363promoter 内 3271-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 64545081-64552300(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTCTTTGACTTCT
SmilChr04G001741 Chr04 NC_080390.1:28658911-28658923promoter 内 3267-3279 bp - 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 28659645-28662241(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTAA
SmilChr01G001018 Chr01 NC_080387.1:21351247-21351259promoter 内 3262-3274 bp + 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 21345982-21350520(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TACTTTGACTTTA
SmilChr03G003561 Chr03 NC_080389.1:54260654-54260666promoter 内 3249-3261 bp + 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 54255753-54259914(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCAGTTGACTCAG
SmilChr01G005375 Chr01 NC_080387.1:70980929-70980941promoter 内 3192-3204 bp - 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 70973790-70980132(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ATTAGTCAACCAT
SmilChr01G001929 Chr01 NC_080387.1:34455078-34455090promoter 内 3182-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 34455897-34457066(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAAGTCAATGCA
SmilChr01G002204 Chr01 NC_080387.1:38364570-38364582promoter 内 3171-3183 bp - 818 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 38362829-38363752(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTTGGTCAACGGA
SmilChr01G000839 Chr01 NC_080387.1:18134970-18134982promoter 内 3166-3178 bp + 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 18111466-18134147(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CGAGTTGACTAGG
SmilChr01G002514 Chr01 NC_080387.1:43077971-43077983promoter 内 3152-3164 bp + 837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 43076010-43077134(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTAA
SmilChr03G002776 Chr03 NC_080389.1:44174577-44174589promoter 内 3080-3092 bp - 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44165206-44173668(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAATGTCAACGAG
SmilChr03G004644 Chr03 NC_080389.1:64011774-64011786promoter 内 3075-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 64012700-64016917(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAGTTGACTTAA
SmilChr04G000567 Chr04 NC_080390.1:6316846-6316858promoter 内 3063-3075 bp - 926 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6317784-6322797(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAGTTGACTTGA
SmilChr02G005368 Chr02 NC_080388.1:74372911-74372923promoter 内 2975-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74368868-74371897(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TATGTTGACTTGT
SmilChr02G000316 Chr02 NC_080388.1:3981819-3981831promoter 内 2907-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 3982913-3984679(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGCATTGACTTTA
SmilChr04G002616 Chr04 NC_080390.1:41579452-41579464promoter 内 2858-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41571501-41578321(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTAA
SmilChr01G001089 Chr01 NC_080387.1:22339761-22339773promoter 内 2854-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 22340908-22346205(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TACTTTGACTTTA
SmilChr01G000829 Chr01 NC_080387.1:17838881-17838893promoter 内 2844-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 17840038-17840523(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCAAGTCAACTTA
SmilChr03G001775 Chr03 NC_080389.1:24197537-24197549promoter 内 2831-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 24198707-24198812(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAGTTGACTTGC
SmilChr03G002508 Chr03 NC_080389.1:39933589-39933601promoter 内 2804-2816 bp + 1185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39934786-39936151(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAACAC
SmilChr01G000967 Chr01 NC_080387.1:20513537-20513549promoter 内 2802-2814 bp + 1187 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20514736-20517654(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GAATGTCAACGCA
SmilChr03G004154 Chr03 NC_080389.1:60337009-60337021promoter 内 2761-2773 bp + 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60330852-60335781(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TACTTTGACTTTA
SmilChr02G005444 Chr02 NC_080388.1:74816616-74816628promoter 内 2695-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74817922-74820746(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTAA
SmilChr02G002791 Chr02 NC_080388.1:47968270-47968282promoter 内 2648-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 47962680-47966929(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TACTTTGACTTTA
SmilChr04G002558 Chr04 NC_080390.1:40884927-40884939promoter 内 2604-2616 bp - 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 40886324-40890834(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AAAGTTGACTTGA
SmilChr04G000574 Chr04 NC_080390.1:6408274-6408286promoter 内 2580-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6409695-6411980(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CAAAGTCAAACCG
SmilChr03G001767 Chr03 NC_080389.1:24100810-24100822promoter 内 2567-2579 bp - 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 24098717-24099388(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TGAAGTCAACCTA
SmilChr02G000169 Chr02 NC_080388.1:2180259-2180271promoter 内 2525-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 2177866-2178795(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TTAAGTCAACTAA
SmilChr02G002331 Chr02 NC_080388.1:41006636-41006648promoter 内 2515-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41008122-41013262(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 AACTTTGACTTCT
SmilChr01G003008 Chr01 NC_080387.1:49120521-49120533promoter 内 2514-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49122008-49123376(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GCCTTTGACTTAA
SmilChr02G000378 Chr02 NC_080388.1:4762381-4762393promoter 内 2424-2436 bp - 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4763958-4767482(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 GGTGTTGACTACC
SmilChr03G003854 Chr03 NC_080389.1:57647422-57647434promoter 内 2406-2418 bp + 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 57640631-57645839(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 ACATTTGACTTTG
SmilChr01G000382 Chr01 NC_080387.1:7858543-7858555promoter 内 2403-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7856244-7856957(-) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 TAAGTTGACTTGC
SmilChr01G003218 Chr01 NC_080387.1:50953190-50953202promoter 内 2383-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 50954808-50957390(+) SMil_00020124-RA_Salv MP00171 CTCTTTGACTTCT
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