转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 101 / 162 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr07G004736 Chr07 NC_080393.1:60232851-60232869promoter 内 2713-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60223975-60231581(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTAGTATGGAGA
SmilChr08G002660 Chr08 NC_080394.1:26077088-26077106promoter 内 2674-2692 bp - 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 26074041-26075779(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCATGCTCAAAC
SmilChr02G000236 Chr02 NC_080388.1:3018600-3018618promoter 内 2647-2665 bp - 1336 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 3016743-3017264(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTATTTTTCCCAT
SmilChr07G000956 Chr07 NC_080393.1:6874870-6874888promoter 内 2639-2657 bp - 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6876232-6882258(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACATTGTCAGAGTCAACA
SmilChr02G000854 Chr02 NC_080388.1:14549339-14549357promoter 内 2621-2639 bp + 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 14546214-14547977(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TACGAAGACCTAGTCAACA
SmilChr01G001940 Chr01 NC_080387.1:34607024-34607042promoter 内 2600-2618 bp - 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34587467-34605641(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTGAGGTAGTAGA
SmilChr04G002358 Chr04 NC_080390.1:38066495-38066513promoter 内 2583-2601 bp + 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 38067913-38069409(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTTTTCGAGGAG
SmilChr04G004170 Chr04 NC_080390.1:56341690-56341708promoter 内 2560-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56343131-56349827(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTTTGTTTGAAGGTCAACG
SmilChr05G004240 Chr05 NC_080391.1:56208097-56208115promoter 内 2539-2557 bp + 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56209559-56211841(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGGGCCCATAA
SmilChr07G000737 Chr07 NC_080393.1:5137349-5137367promoter 内 2507-2525 bp + 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 5130726-5135873(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TACCCCCAAAAAGTCAACT
SmilChr02G000369 Chr02 NC_080388.1:4696033-4696051promoter 内 2451-2469 bp - 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4693613-4694501(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTTAATTGCTT
SmilChr03G001706 Chr03 NC_080389.1:22651083-22651101promoter 内 2446-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22652638-22657573(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAACTTGACAGAGTCAACA
SmilChr06G003072 Chr06 NC_080392.1:43612637-43612655promoter 内 2400-2418 bp - 1583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 43608328-43611054(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTGATAGCTGTCA
SmilChr05G004293 Chr05 NC_080391.1:56677335-56677353promoter 内 2371-2389 bp - 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56678965-56680666(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGCTAAATTTAAGTCAACT
SmilChr04G002703 Chr04 NC_080390.1:42546105-42546123promoter 内 2307-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42547799-42549174(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTAAAAACACCAGTCAACA
SmilChr07G002733 Chr07 NC_080393.1:26821025-26821043promoter 内 2265-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 26816941-26819307(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CCGTTAACTTTAGTCAACT
SmilChr04G002849 Chr04 NC_080390.1:44597501-44597519promoter 内 2237-2255 bp + 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44595315-44595755(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAAAAATCGGCGGTCAACG
SmilChr08G003542 Chr08 NC_080394.1:38069850-38069868promoter 内 2133-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 38066815-38068000(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGGCCTCTGTT
SmilChr08G002107 Chr08 NC_080394.1:18931193-18931211promoter 内 2094-2112 bp - 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18926376-18929304(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCCGGACTAGGC
SmilChr04G002763 Chr04 NC_080390.1:43392613-43392631promoter 内 2089-2107 bp - 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 43394525-43397242(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TATACTGCACAAGTCAACA
SmilChr03G004544 Chr03 NC_080389.1:63437004-63437022promoter 内 2083-2101 bp - 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 63438922-63444677(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAATCTGATGAAGTCAACC
SmilChr01G002588 Chr01 NC_080387.1:44010850-44010868promoter 内 2004-2022 bp - 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44012847-44012918(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATCGTCGTAATAGTCAACC
SmilChr04G003925 Chr04 NC_080390.1:54931137-54931155promoter 内 1969-1987 bp - 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54921534-54929123(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTAAGTCGAATGT
SmilChr02G000859 Chr02 NC_080388.1:14758347-14758365promoter 内 1952-1970 bp + 2031 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 14755255-14756316(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TACGAAGACCTAGTCAACA
SmilChr04G001469 Chr04 NC_080390.1:24119652-24119670promoter 内 1946-1964 bp - 2037 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24121707-24130736(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGATCGGAAGAGTCAACC
SmilChr08G003262 Chr08 NC_080394.1:33621654-33621672promoter 内 1942-1960 bp + 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 33623713-33626393(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTGGATGAATTA
SmilChr04G003388 Chr04 NC_080390.1:50440037-50440055promoter 内 1872-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 50442166-50443160(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATCTAGGTACAAGTCAACT
SmilChr06G000150 Chr06 NC_080392.1:1054442-1054460promoter 内 1869-1887 bp + 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1049420-1052328(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TAAATGAAAAAAGTCAACC
SmilChr02G000237 Chr02 NC_080388.1:3018600-3018618promoter 内 1779-1797 bp - 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 3020822-3022040(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATGGGAAAAATAGTCAACT
SmilChr05G003647 Chr05 NC_080391.1:48905406-48905424promoter 内 1778-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 48907629-48912151(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGCAGCGGAAAC
SmilChr02G005569 Chr02 NC_080388.1:75591662-75591680promoter 内 1752-1770 bp + 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75584703-75589431(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CACTCACACATAGTCAACA
SmilChr03G002344 Chr03 NC_080389.1:36980551-36980569promoter 内 1752-1770 bp - 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 36977173-36978320(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTGCGATGGGCAG
SmilChr01G005616 Chr01 NC_080387.1:72675278-72675296promoter 内 1740-1758 bp - 2243 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72672952-72673035(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTACATTGATTTG
SmilChr02G004462 Chr02 NC_080388.1:67040120-67040138promoter 内 1703-1721 bp - 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 67036686-67037840(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTAAAATGTCTC
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