转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 102 / 128 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000935 Chr01 NC_080387.1:19829813-19829821promoter 内 3343-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 19827940-19829163(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G004140 Chr01 NC_080387.1:59900125-59900133promoter 内 3289-3297 bp - 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 59897665-59899421(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr02G004601 Chr02 NC_080388.1:68531041-68531049promoter 内 2960-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 68532082-68534809(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G003024 Chr01 NC_080387.1:49298124-49298132promoter 内 2782-2790 bp - 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 49291554-49296913(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr02G003281 Chr02 NC_080388.1:54118388-54118396promoter 内 2740-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 54119649-54123277(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr02G001413 Chr02 NC_080388.1:26760603-26760611promoter 内 2613-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 26761991-26762626(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr02G003991 Chr02 NC_080388.1:62209220-62209228promoter 内 2559-2567 bp + 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 62210662-62215677(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr01G001527 Chr01 NC_080387.1:29256540-29256548promoter 内 2490-2498 bp + 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 29249616-29255037(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G005556 Chr01 NC_080387.1:72381642-72381650promoter 内 2457-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 72377029-72380106(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr02G004819 Chr02 NC_080388.1:70312487-70312495promoter 内 2452-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 70314036-70316452(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr02G000186 Chr02 NC_080388.1:2344561-2344569promoter 内 2445-2453 bp + 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 2346117-2348603(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr02G004301 Chr02 NC_080388.1:65381180-65381188promoter 内 2432-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 65382749-65386575(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr01G002861 Chr01 NC_080387.1:47194546-47194554promoter 内 2384-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 47189925-47192937(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G001554 Chr01 NC_080387.1:29546463-29546471promoter 内 2379-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 29539497-29544849(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr02G001383 Chr02 NC_080388.1:26234933-26234941promoter 内 2375-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 26190173-26233315(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G000182 Chr01 NC_080387.1:3132113-3132121promoter 内 2300-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 3133814-3136631(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G001086 Chr01 NC_080387.1:22304049-22304057promoter 内 2290-2298 bp + 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 22305760-22308579(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr01G006016 Chr01 NC_080387.1:75746202-75746210promoter 内 2239-2247 bp - 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 75747964-75750475(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G000921 Chr01 NC_080387.1:19474960-19474968promoter 内 2144-2152 bp - 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 19476817-19479987(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr02G003359 Chr02 NC_080388.1:54739869-54739877promoter 内 2087-2095 bp - 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 54735600-54737963(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr02G002358 Chr02 NC_080388.1:41363486-41363494promoter 内 2005-2013 bp + 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 41365482-41368906(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr02G005068 Chr02 NC_080388.1:72347181-72347189promoter 内 1809-1817 bp - 2184 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 72342434-72344997(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr01G004854 Chr01 NC_080387.1:66732742-66732750promoter 内 1392-1400 bp + 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 66724952-66730141(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G000462 Chr01 NC_080387.1:9473906-9473914promoter 内 1324-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 9461883-9471237(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr02G003361 Chr02 NC_080388.1:54739869-54739877promoter 内 1277-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 54742593-54743716(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G003670 Chr01 NC_080387.1:55132615-55132623promoter 内 1272-1280 bp + 2721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 55135344-55138558(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr01G005535 Chr01 NC_080387.1:72180972-72180980promoter 内 1217-1225 bp + 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 72183756-72186006(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr02G002223 Chr02 NC_080388.1:39508628-39508636promoter 内 1127-1135 bp - 2866 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 39502948-39505762(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr02G000056 Chr02 NC_080388.1:725177-725185promoter 内 1042-1050 bp + 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 721543-722226(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G005078 Chr01 NC_080387.1:68661995-68662003promoter 内 874-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 68665122-68666594(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr02G003441 Chr02 NC_080388.1:55691354-55691362promoter 内 827-835 bp + 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 55684467-55688188(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr02G001412 Chr02 NC_080388.1:26760603-26760611promoter 内 511-519 bp + 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 26752421-26757121(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G001765 Chr01 NC_080387.1:32441854-32441862promoter 内 490-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 32445365-32445886(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G001256 Chr01 NC_080387.1:25206176-25206184promoter 内 479-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 25198578-25202662(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
SmilChr01G002308 Chr01 NC_080387.1:40010725-40010733promoter 内 438-446 bp - 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 40014288-40021864(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAG
SmilChr01G002250 Chr01 NC_080387.1:39128531-39128539promoter 内 315-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 2 39124182-39124853(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CTTAGGTTT
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