转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001269; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019281-RA_Salv SmilChr05G001269 G2-like XP_057765199.1 MP00252 AAAAGAATATTCC

可能结合的靶基因

9780 个结合位点 6478 个候选靶基因 第 103 / 130 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003916 Chr02 NC_080388.1:61253439-61253451promoter 内 2192-2204 bp + 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61250076-61251642(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGTATATTCTGTG
SmilChr02G004083 Chr02 NC_080388.1:63105012-63105024promoter 内 2168-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63102560-63103191(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CCAATATTCCCAT
SmilChr03G001404 Chr03 NC_080389.1:16625466-16625478promoter 内 2158-2170 bp - 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16621352-16623635(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAAGAATATACA
SmilChr02G002006 Chr02 NC_080388.1:36193993-36194005promoter 内 2155-2167 bp + 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36195839-36196471(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCAAGAATATGCG
SmilChr01G001903 Chr01 NC_080387.1:34136279-34136291promoter 内 2141-2153 bp + 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34138139-34140145(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTGGAATATTTT
SmilChr02G001990 Chr02 NC_080388.1:35992833-35992845promoter 内 2127-2139 bp + 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35994707-35997326(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TTTAGAATATTCA
SmilChr03G000946 Chr03 NC_080389.1:10742130-10742142promoter 内 2120-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10739515-10740261(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTGGAATATTTT
SmilChr03G000943 Chr03 NC_080389.1:10710220-10710232promoter 内 2119-2131 bp - 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10707604-10708350(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTGGAATATTTT
SmilChr01G000633 Chr01 NC_080387.1:14218367-14218379promoter 内 2091-2103 bp - 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14213891-14216469(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ATGAGAATATATC
SmilChr01G000952 Chr01 NC_080387.1:20161454-20161466promoter 内 2043-2055 bp - 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20146003-20159508(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGACGAATATTTT
SmilChr02G005195 Chr02 NC_080388.1:73209893-73209905promoter 内 2032-2044 bp - 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 73211862-73215804(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCGATC
SmilChr01G003180 Chr01 NC_080387.1:50581525-50581537promoter 内 2028-2040 bp - 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 50583498-50586790(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCCACC
SmilChr01G000603 Chr01 NC_080387.1:13123757-13123769promoter 内 1991-2003 bp - 1998 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 13125767-13129092(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAAATATTCGTCA
SmilChr03G000843 Chr03 NC_080389.1:9622808-9622820promoter 内 1969-1981 bp + 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9617494-9620788(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTAATATTCTTTG
SmilChr02G004386 Chr02 NC_080388.1:66200266-66200278promoter 内 1953-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 66202314-66205202(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCAAGAATATGCG
SmilChr01G001951 Chr01 NC_080387.1:34725290-34725302promoter 内 1943-1955 bp - 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 34727348-34728983(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTGATATTCTCTT
SmilChr02G002005 Chr02 NC_080388.1:36193993-36194005promoter 内 1833-1845 bp + 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 36188049-36191837(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGCATATTCTTGC
SmilChr01G005590 Chr01 NC_080387.1:72564467-72564479promoter 内 1826-1838 bp + 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 72558686-72562304(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GTAATATTCCCAA
SmilChr02G004358 Chr02 NC_080388.1:65874865-65874877promoter 内 1823-1835 bp - 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65868832-65872699(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTGGAATATTTT
SmilChr01G003555 Chr01 NC_080387.1:54178452-54178464promoter 内 1708-1720 bp + 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54180745-54184910(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGACGAATATTTT
SmilChr02G004983 Chr02 NC_080388.1:71709718-71709730promoter 内 1697-1709 bp - 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71712022-71712515(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 ACAATATTCCTTG
SmilChr02G002115 Chr02 NC_080388.1:37904739-37904751promoter 内 1653-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 37907087-37910401(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GCGAGAATATTTC
SmilChr02G004077 Chr02 NC_080388.1:63058821-63058833promoter 内 1639-1651 bp + 2350 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63061183-63063735(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CTAAGAATATTTG
SmilChr02G001068 Chr02 NC_080388.1:18996718-18996730promoter 内 1591-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18992446-18994320(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CGCATATTCTGAG
SmilChr02G003521 Chr02 NC_080388.1:56386575-56386587promoter 内 1560-1572 bp - 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56382676-56384146(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTGGAATATTTT
SmilChr03G001680 Chr03 NC_080389.1:22084843-22084855promoter 内 1507-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22076687-22082361(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGACGAATATTTT
SmilChr02G005004 Chr02 NC_080388.1:71837370-71837382promoter 内 1374-1386 bp - 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71834042-71834755(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGACGAATATTTT
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33567649-33567661promoter 内 1371-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33570279-33572198(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 GGTGGAATATTTT
SmilChr02G004675 Chr02 NC_080388.1:69106588-69106600promoter 内 1358-1370 bp - 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69103412-69103957(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 AAGAGAATATCAC
SmilChr01G003228 Chr01 NC_080387.1:51039216-51039228promoter 内 1297-1309 bp + 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51041920-51053928(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TCGAGAATATGCC
SmilChr02G000217 Chr02 NC_080388.1:2835220-2835232promoter 内 1296-1308 bp - 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 2827451-2832527(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAAGGAATATTGT
SmilChr02G004997 Chr02 NC_080388.1:71798261-71798273promoter 内 1220-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71801042-71803192(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 CAGGGAATATTAT
SmilChr01G001126 Chr01 NC_080387.1:22866418-22866430promoter 内 1159-1171 bp + 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 22861750-22863588(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGGATATTCTGTG
SmilChr03G001844 Chr03 NC_080389.1:25338977-25338989promoter 内 1155-1167 bp - 2834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 25341823-25343163(+) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGGATATTCTGTG
SmilChr01G000489 Chr01 NC_080387.1:9958708-9958720promoter 内 1153-1165 bp + 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9953698-9955872(-) SMil_00019281-RA_Salv MP00252 TGGATATTCTGTG
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