转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G004480; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00029285-RA_Salv SmilChr07G004480 WRKY XP_057776222.1 MP00531 CTTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9784 个结合位点 6663 个候选靶基因 第 103 / 134 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001006 Chr03 NC_080389.1:11388564-11388576promoter 内 1205-1217 bp - 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 11391360-11392626(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTCATAGTCAAAG
SmilChr02G002933 Chr02 NC_080388.1:49834890-49834902promoter 内 1192-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49827147-49832093(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GAAGAAGTCAATA
SmilChr01G000743 Chr01 NC_080387.1:16432171-16432183promoter 内 1144-1156 bp + 2845 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16435028-16436925(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr03G001410 Chr03 NC_080389.1:16738978-16738990promoter 内 1135-1147 bp - 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16741844-16760432(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
SmilChr02G001575 Chr02 NC_080388.1:29256126-29256138promoter 内 1124-1136 bp + 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29251984-29253261(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
SmilChr01G000886 Chr01 NC_080387.1:18923833-18923845promoter 内 1107-1119 bp + 2882 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18926727-18927868(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr02G003136 Chr02 NC_080388.1:52380180-52380192promoter 内 1103-1115 bp + 2886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52375114-52377294(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
SmilChr02G001246 Chr02 NC_080388.1:22903319-22903331promoter 内 1079-1091 bp + 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 22897350-22900409(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
SmilChr02G003597 Chr02 NC_080388.1:57158128-57158140promoter 内 1038-1050 bp - 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57161091-57168412(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAAAGAGTCAAAT
SmilChr01G002400 Chr01 NC_080387.1:41353093-41353105promoter 内 1029-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41356065-41357075(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr02G002415 Chr02 NC_080388.1:42122146-42122158promoter 内 1020-1032 bp - 2969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42118035-42119177(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTTGTCA
SmilChr03G001464 Chr03 NC_080389.1:17504721-17504733promoter 内 1011-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 17499893-17501743(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
SmilChr02G000025 Chr02 NC_080388.1:255597-255609promoter 内 978-990 bp - 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 249842-252586(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTTGTCA
SmilChr02G001369 Chr02 NC_080388.1:25807134-25807146promoter 内 967-979 bp - 3022 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 25810168-25810274(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TGAGAAGTCAATG
SmilChr01G000830 Chr01 NC_080387.1:17859666-17859678promoter 内 956-968 bp + 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 17862711-17873987(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr02G001956 Chr02 NC_080388.1:35297818-35297830promoter 内 946-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35300873-35303013(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
SmilChr01G002711 Chr01 NC_080387.1:45365479-45365491promoter 内 889-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45358651-45362379(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr01G003499 Chr01 NC_080387.1:53593455-53593467promoter 内 886-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53588664-53590352(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTATCTT
SmilChr01G003532 Chr01 NC_080387.1:53950074-53950086promoter 内 880-892 bp + 3109 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53935019-53946965(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
SmilChr01G004044 Chr01 NC_080387.1:58866797-58866809promoter 内 872-884 bp - 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58869926-58875331(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
SmilChr01G001392 Chr01 NC_080387.1:27378326-27378338promoter 内 866-878 bp - 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27372506-27375203(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr01G002548 Chr01 NC_080387.1:43580131-43580143promoter 内 845-857 bp + 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43568349-43576987(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTAATAGTCAAAT
SmilChr02G002545 Chr02 NC_080388.1:44304923-44304935promoter 内 837-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 44308087-44311158(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr02G003011 Chr02 NC_080388.1:50763795-50763807promoter 内 816-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50759571-50760622(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr02G004676 Chr02 NC_080388.1:69104827-69104839promoter 内 816-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 69108012-69110559(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 AAGATAGTCAAAA
SmilChr02G003900 Chr02 NC_080388.1:61096675-61096687promoter 内 802-814 bp + 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61099874-61102522(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GGATGACTTTTTC
SmilChr01G000722 Chr01 NC_080387.1:16153286-16153298promoter 内 797-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16148191-16150094(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr03G001625 Chr03 NC_080389.1:20881600-20881612promoter 内 769-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 20875128-20878380(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
SmilChr01G001773 Chr01 NC_080387.1:32643918-32643930promoter 内 761-773 bp + 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 32647158-32649996(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr01G004723 Chr01 NC_080387.1:65428233-65428245promoter 内 746-758 bp - 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 65423872-65424990(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GTTTGACTATTAA
SmilChr02G001837 Chr02 NC_080388.1:33476748-33476760promoter 内 722-734 bp + 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33471214-33473481(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 GACATAGTCAAAC
SmilChr02G002699 Chr02 NC_080388.1:46772410-46772422promoter 内 707-719 bp + 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46775704-46776824(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TTTTGACTTATGA
SmilChr02G000536 Chr02 NC_080388.1:7388941-7388953promoter 内 705-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 7392237-7393374(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 TCTAAAGTCAAGA
SmilChr02G002636 Chr02 NC_080388.1:45742503-45742515promoter 内 696-708 bp - 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45745808-45746275(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
SmilChr01G000199 Chr01 NC_080387.1:3430394-3430406promoter 内 678-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3433717-3434676(+) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTTGACTTTAGT
SmilChr02G000990 Chr02 NC_080388.1:17422741-17422753promoter 内 670-682 bp + 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 17418789-17419422(-) SMil_00029285-RA_Salv MP00531 ACTAAAGTCAAGT
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