转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 103 / 164 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002518 Chr06 NC_080392.1:36076567-36076581promoter 内 3755-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 36076813-36078617(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTGAAA
SmilChr06G000766 Chr06 NC_080392.1:7142258-7142272promoter 内 3559-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7135218-7141830(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTCACGA
SmilChr03G002545 Chr03 NC_080389.1:40622358-40622372promoter 内 3529-3543 bp - 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 40622830-40623603(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTATGTT
SmilChr02G004193 Chr02 NC_080388.1:64251338-64251352promoter 内 3474-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64251865-64253084(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGATGGGTAGGTAGT
SmilChr05G000967 Chr05 NC_080391.1:7812823-7812837promoter 内 3447-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7809252-7812283(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTTGGTAGTTGTA
SmilChr06G002833 Chr06 NC_080392.1:41126552-41126566promoter 内 3432-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 41123290-41125997(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGGAGGTAGGTTCA
SmilChr06G002834 Chr06 NC_080392.1:41126552-41126566promoter 内 3397-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 41125081-41125962(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGGAGGTAGGTTCA
SmilChr07G001486 Chr07 NC_080393.1:11696945-11696959promoter 内 3380-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11697566-11700419(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGAGGGTAGGTTTG
SmilChr03G003881 Chr03 NC_080389.1:57903361-57903375promoter 内 3369-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 57900534-57902743(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGGAGGTAGGTACC
SmilChr07G004550 Chr07 NC_080393.1:58226988-58227002promoter 内 3326-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58223058-58226327(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTGAAT
SmilChr07G001537 Chr07 NC_080393.1:12465166-12465180promoter 内 3288-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12465879-12502598(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGAGGGTAGGTTTG
SmilChr06G000871 Chr06 NC_080392.1:8233425-8233439promoter 内 3287-3301 bp - 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8234139-8237204(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTAACTACCAATTC
SmilChr07G001538 Chr07 NC_080393.1:12509262-12509276promoter 内 3284-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12509979-12517865(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGAGGGTAGGTGTT
SmilChr05G000910 Chr05 NC_080391.1:7221686-7221700promoter 内 3276-3290 bp + 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7222411-7228531(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAAGAGTAGGTGGA
SmilChr04G003264 Chr04 NC_080390.1:49361632-49361646promoter 内 3272-3286 bp + 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 49362361-49365000(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAATGAGTAGGTGAA
SmilChr05G000904 Chr05 NC_080391.1:7168239-7168253promoter 内 3254-3268 bp - 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7164771-7167506(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTTGGTAGTTGTA
SmilChr03G001455 Chr03 NC_080389.1:17380806-17380820promoter 内 3241-3255 bp - 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 17377904-17380060(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAGGGGTAGGTGAT
SmilChr05G001725 Chr05 NC_080391.1:16560415-16560429promoter 内 3228-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 16561188-16563669(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTGAAGTAGGTGTG
SmilChr05G002040 Chr05 NC_080391.1:21232480-21232494promoter 内 3144-3158 bp + 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 21233337-21242290(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTTGGTAGTTGTA
SmilChr06G003056 Chr06 NC_080392.1:43451848-43451862promoter 内 3127-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 43452722-43454303(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCCATTG
SmilChr06G000753 Chr06 NC_080392.1:6983462-6983476promoter 内 3044-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6980550-6982519(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTACCTACCAAAAT
SmilChr05G000597 Chr05 NC_080391.1:4500096-4500110promoter 内 3031-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4497631-4499140(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTAGGAT
SmilChr06G002363 Chr06 NC_080392.1:34415519-34415533promoter 内 2980-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34416540-34418733(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCCATTC
SmilChr04G002029 Chr04 NC_080390.1:32996327-32996341promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 32992541-32995303(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTGAGTAGGTGTG
SmilChr07G002699 Chr07 NC_080393.1:26330249-26330263promoter 内 2951-2965 bp + 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26327640-26329213(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACTTTCG
SmilChr03G004530 Chr03 NC_080389.1:63347977-63347991promoter 内 2944-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 63342244-63346934(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTTTG
SmilChr08G000113 Chr08 NC_080394.1:709612-709626promoter 内 2884-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 710729-713875(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCGTGAGTAGGTGGC
SmilChr02G001524 Chr02 NC_080388.1:28371041-28371055promoter 内 2819-2833 bp - 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 28372223-28372725(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTTCCGT
SmilChr05G003553 Chr05 NC_080391.1:47434143-47434157promoter 内 2738-2752 bp - 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 47435406-47436224(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTTCAGT
SmilChr07G004370 Chr07 NC_080393.1:56241234-56241248promoter 内 2725-2739 bp - 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56242510-56245743(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTATTTA
SmilChr02G003121 Chr02 NC_080388.1:52222818-52222832promoter 内 2687-2701 bp - 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52224132-52225238(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTGTTC
SmilChr05G001226 Chr05 NC_080391.1:10338762-10338776promoter 内 2681-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 10332894-10337456(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGAACCTACCATATT
SmilChr04G000740 Chr04 NC_080390.1:9000881-9000895promoter 内 2654-2668 bp + 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 9002228-9002334(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTGAGGTAGGTTTG
SmilChr01G000510 Chr01 NC_080387.1:10390978-10390992promoter 内 2573-2587 bp - 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 10389458-10389564(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTGAGGTAGGTTTG
SmilChr01G000521 Chr01 NC_080387.1:10651622-10651636promoter 内 2573-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 10653050-10653156(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTGAGGTAGGTTTG
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SmilChr04G001007 Chr04 NC_080390.1:14029688-14029702promoter 内 2573-2587 bp - 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14028168-14028274(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTGAGGTAGGTTTG
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