转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 106 / 146 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006084 Chr01 NC_080387.1:76278374-76278387promoter 内 283-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 76282092-76285016(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TATGTTGACTTCTC
SmilChr03G001405 Chr03 NC_080389.1:16641800-16641813promoter 内 280-293 bp - 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16634872-16638092(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCATTTGACTTTGT
SmilChr04G002651 Chr04 NC_080390.1:41890061-41890074promoter 内 268-281 bp + 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 41885763-41886341(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAAAAT
SmilChr03G003925 Chr03 NC_080389.1:58337754-58337767promoter 内 259-272 bp - 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 58330695-58334025(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCCATTGACTTTGT
SmilChr02G003712 Chr02 NC_080388.1:58703954-58703967promoter 内 168-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 58696385-58700134(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCTGTTGACTATAT
SmilChr02G001265 Chr02 NC_080388.1:23216755-23216768promoter 内 165-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 23212039-23212932(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAGAGTCAACACA
SmilChr03G002498 Chr03 NC_080389.1:39795564-39795577promoter 内 149-162 bp + 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 39788471-39791725(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGAAAGTCAAACTG
SmilChr01G004240 Chr01 NC_080387.1:60722759-60722772promoter 内 132-145 bp + 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60715424-60718903(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGAAGTCAACTAA
SmilChr03G000466 Chr03 NC_080389.1:5004019-5004032promoter 内 132-145 bp - 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4977151-5000163(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTTTTGACTTTTT
SmilChr04G000255 Chr04 NC_080390.1:2326200-2326213promoter 内 119-132 bp - 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 2316991-2322331(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCATTTGACTTTGT
SmilChr04G001957 Chr04 NC_080390.1:31763983-31763996promoter 内 99-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31767885-31769396(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATAAAGTCAAATAC
SmilChr03G001802 Chr03 NC_080389.1:24619398-24619411promoter 内 93-106 bp - 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24614628-24615503(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGGGTTGACTCGTG
SmilChr01G000323 Chr01 NC_080387.1:6380146-6380159promoter 内 78-91 bp + 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6384069-6392414(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGTTGACTGCGA
SmilChr04G004043 Chr04 NC_080390.1:55665729-55665742promoter 内 63-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55655543-55661804(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAAAGTCAAATAG
SmilChr02G004016 Chr02 NC_080388.1:62460623-62460636promoter 内 60-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62454021-62456695(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCTTTGACTTGAT
SmilChr04G002726 Chr04 NC_080390.1:42872610-42872623promoter 内 60-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42876551-42880067(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAGTTTGACTTTCC
SmilChr03G001027 Chr03 NC_080389.1:12007286-12007299promoter 内 56-69 bp + 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 12002290-12003354(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAAAAT
SmilChr03G001216 Chr03 NC_080389.1:13980951-13980964promoter 内 4-17 bp - 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13973700-13976967(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATTTTTGACTTTTT
SmilChr04G003647 Chr04 NC_080390.1:52977758-52977771promoter 内 3638-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 52975421-52977408(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGATGGTCAACGGA
SmilChr03G000249 Chr03 NC_080389.1:2937634-2937647promoter 内 2592-2605 bp + 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 2939043-2943253(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAGTTGACTTCCC
SmilChr02G000240 Chr02 NC_080388.1:3098120-3098133promoter 内 2176-2189 bp - 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 3099945-3104334(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACTAGTCAACCGG
SmilChr01G006041 Chr01 NC_080387.1:75947347-75947360promoter 内 988-1001 bp + 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 75941861-75944347(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGAAAGTCAAATGG
SmilChr01G006042 Chr01 NC_080387.1:75947347-75947360promoter 内 306-319 bp + 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 75951042-75951501(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCATTTGACTTTCG
SmilChr02G002231 Chr02 NC_080388.1:39676486-39676499promoter 内 3945-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 39662614-39676443(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATTTTGACTTTTT
SmilChr01G002024 Chr01 NC_080387.1:35795044-35795057promoter 内 3922-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 35793992-35794978(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCATTGACTTATT
SmilChr03G001151 Chr03 NC_080389.1:13277675-13277688promoter 内 3902-3915 bp - 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 13274311-13277589(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATTTTGACTTTTT
SmilChr03G002293 Chr03 NC_080389.1:36136308-36136321promoter 内 3789-3802 bp + 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 36136520-36139697(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATTTTGACTTTTT
SmilChr04G001160 Chr04 NC_080390.1:17164959-17164972promoter 内 3787-3800 bp - 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 17161589-17164758(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATTTTGACTTTTT
SmilChr02G003661 Chr02 NC_080388.1:57998193-57998206promoter 内 3670-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 57998524-57999158(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTTGTTGACTTATT
SmilChr03G003824 Chr03 NC_080389.1:57330414-57330427promoter 内 3592-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 57326595-57330018(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGGGTTGACTCTAA
SmilChr03G002463 Chr03 NC_080389.1:39079036-39079049promoter 内 3525-3538 bp + 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 39079512-39082377(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATTTTGACTTTTT
SmilChr01G000608 Chr01 NC_080387.1:13457708-13457721promoter 内 3334-3347 bp - 654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 13458375-13460408(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAGTGTCAACGAC
SmilChr01G003506 Chr01 NC_080387.1:53638365-53638378promoter 内 3176-3189 bp - 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 53639190-53642825(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACTAGTCAACCGG
SmilChr03G000248 Chr03 NC_080389.1:2937634-2937647promoter 内 2987-3000 bp + 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 2933852-2936633(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGGAAGTCAACTTA
SmilChr02G005505 Chr02 NC_080388.1:75181230-75181243promoter 内 2847-2860 bp - 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 75174159-75180089(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTATTTGACTTTTC
SmilChr01G001953 Chr01 NC_080387.1:34743266-34743279promoter 内 2830-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 34739024-34742108(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAGTGTCAACGAC
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