转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 106 / 133 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002800 Chr02 NC_080388.1:48094924-48094932promoter 内 2978-2986 bp + 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48092925-48093909(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr02G000460 Chr02 NC_080388.1:6191721-6191729promoter 内 2958-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6192764-6193343(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr02G004622 Chr02 NC_080388.1:68736322-68736330promoter 内 2914-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 68737409-68737482(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr01G000660 Chr01 NC_080387.1:14725588-14725596promoter 内 2908-2916 bp + 1085 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14726681-14734421(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr03G000602 Chr03 NC_080389.1:6677488-6677496promoter 内 2893-2901 bp - 1100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6678596-6681405(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr03G003833 Chr03 NC_080389.1:57477052-57477060promoter 内 2890-2898 bp - 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 57472549-57475949(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr01G003648 Chr01 NC_080387.1:54953646-54953654promoter 内 2852-2860 bp - 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 54954795-54957194(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G002313 Chr01 NC_080387.1:40122771-40122779promoter 内 2813-2821 bp + 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40115931-40121591(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G000084 Chr01 NC_080387.1:1596448-1596456promoter 内 2792-2800 bp - 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1589839-1595247(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr02G001794 Chr02 NC_080388.1:32718967-32718975promoter 内 2777-2785 bp + 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 32714814-32717751(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G005603 Chr01 NC_080387.1:72603575-72603583promoter 内 2732-2740 bp + 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 72601350-72602314(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G002898 Chr01 NC_080387.1:47667421-47667429promoter 内 2731-2739 bp - 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 47666087-47666159(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr01G003308 Chr01 NC_080387.1:51772578-51772586promoter 内 2699-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 51773880-51777439(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr02G003352 Chr02 NC_080388.1:54713270-54713278promoter 内 2634-2642 bp - 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 54710558-54711911(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr03G000096 Chr03 NC_080389.1:1065289-1065297promoter 内 2604-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1066686-1072914(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G004980 Chr01 NC_080387.1:67853161-67853169promoter 内 2570-2578 bp + 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 67848459-67851738(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G002322 Chr01 NC_080387.1:40294904-40294912promoter 内 2557-2565 bp + 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40287385-40293468(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G001998 Chr01 NC_080387.1:35477913-35477921promoter 内 2541-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35470632-35476461(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr04G001068 Chr04 NC_080390.1:15311512-15311520promoter 内 2526-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 15312987-15315580(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr02G000122 Chr02 NC_080388.1:1667588-1667596promoter 内 2502-2510 bp - 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1663208-1666097(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr01G001353 Chr01 NC_080387.1:26802534-26802542promoter 内 2486-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26804049-26809727(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr02G005289 Chr02 NC_080388.1:73898997-73899005promoter 内 2484-2492 bp - 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 73895707-73897488(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr03G002675 Chr03 NC_080389.1:42464885-42464893promoter 内 2459-2467 bp - 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 42462635-42463351(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr01G000096 Chr01 NC_080387.1:1700980-1700988promoter 内 2452-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1702529-1704456(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr02G001979 Chr02 NC_080388.1:35730923-35730931promoter 内 2438-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35732486-35733390(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr02G004621 Chr02 NC_080388.1:68736322-68736330promoter 内 2436-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 68732778-68734765(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr04G000150 Chr04 NC_080390.1:1320943-1320951promoter 内 2391-2399 bp + 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1310980-1319341(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G005617 Chr01 NC_080387.1:72678081-72678089promoter 内 2373-2381 bp + 1620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 72673286-72676461(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G000085 Chr01 NC_080387.1:1596448-1596456promoter 内 2362-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1598087-1599924(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr03G003390 Chr03 NC_080389.1:52297626-52297634promoter 内 2345-2353 bp + 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 52294179-52295978(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G000586 Chr01 NC_080387.1:12669339-12669347promoter 内 2326-2334 bp + 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 12667289-12667672(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr02G005336 Chr02 NC_080388.1:74217237-74217245promoter 内 2326-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74204023-74215570(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr02G001708 Chr02 NC_080388.1:31431521-31431529promoter 内 2314-2322 bp - 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 31428694-31429842(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ATCACGTGC
SmilChr03G001191 Chr03 NC_080389.1:13714799-13714807promoter 内 2296-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 13707541-13713102(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr01G003165 Chr01 NC_080387.1:50460472-50460480promoter 内 2289-2297 bp + 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 50455202-50458768(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
SmilChr02G000145 Chr02 NC_080388.1:1936690-1936698promoter 内 2282-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1938409-1944296(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGAT
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