转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 106 / 121 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005520 Chr02 NC_080388.1:75304143-75304157promoter 内 467-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 75292744-75300623(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACTTAGATCTTAG
SmilChr03G004558 Chr03 NC_080389.1:63539607-63539621promoter 内 457-471 bp - 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63543151-63546017(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTAAGCCC
SmilChr02G004450 Chr02 NC_080388.1:66861272-66861286promoter 内 452-466 bp + 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 66852740-66857737(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAATT
SmilChr03G000203 Chr03 NC_080389.1:2294732-2294746promoter 内 394-408 bp - 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2298339-2302432(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAATT
SmilChr04G002405 Chr04 NC_080390.1:38598363-38598377promoter 内 376-390 bp + 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 38593744-38594752(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTACATAC
SmilChr01G004436 Chr01 NC_080387.1:62449847-62449861promoter 内 368-382 bp - 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62453480-62462374(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCTACGT
SmilChr02G002046 Chr02 NC_080388.1:36862005-36862019promoter 内 359-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36865647-36866610(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTATATGA
SmilChr03G001261 Chr03 NC_080389.1:14559564-14559578promoter 内 355-369 bp - 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 14545865-14555932(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGGTTGGATCTGAC
SmilChr05G001096 Chr05 NC_080391.1:9122357-9122371promoter 内 345-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9126013-9128618(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTATGTTT
SmilChr01G000180 Chr01 NC_080387.1:3046086-3046100promoter 内 340-354 bp - 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 3040681-3042439(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTATAGATCTGTT
SmilChr01G001034 Chr01 NC_080387.1:21490715-21490729promoter 内 333-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 21494383-21495550(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTTCAAATCTGAA
SmilChr02G004055 Chr02 NC_080388.1:62864842-62864856promoter 内 310-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62868533-62877844(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTATTAAT
SmilChr02G004790 Chr02 NC_080388.1:70102513-70102527promoter 内 246-260 bp + 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70095998-70098772(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTATAATT
SmilChr05G000579 Chr05 NC_080391.1:4349847-4349861promoter 内 160-174 bp + 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4353688-4357366(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGATTTAGATCTATT
SmilChr02G002018 Chr02 NC_080388.1:36379901-36379915promoter 内 119-133 bp - 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36383783-36388678(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGCGTAC
SmilChr03G003075 Chr03 NC_080389.1:47783852-47783866promoter 内 82-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 47777344-47779947(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCATAGAT
SmilChr02G003462 Chr02 NC_080388.1:55911815-55911829promoter 内 3881-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 3 55907528-55911709(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTAAGATCTAAATTG
SmilChr04G001901 Chr04 NC_080390.1:31056830-31056844promoter 内 3800-3814 bp - 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 31057031-31060003(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTCGTTTA
SmilChr02G000416 Chr02 NC_080388.1:5300321-5300335promoter 内 2595-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 5301727-5303520(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCATATAGATCTGTA
SmilChr03G001782 Chr03 NC_080389.1:24334962-24334976promoter 内 2042-2056 bp - 1945 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 24336921-24337700(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTCGCACT
SmilChr02G000053 Chr02 NC_080388.1:709139-709153promoter 内 1788-1802 bp + 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 700214-706940(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTACACAA
SmilChr01G004336 Chr01 NC_080387.1:61486077-61486091promoter 内 1776-1790 bp - 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 61473782-61483866(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAATTAGATCTATG
SmilChr02G003282 Chr02 NC_080388.1:54136764-54136778promoter 内 1579-1593 bp + 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 2 54133913-54134356(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATGATT
SmilChr04G000377 Chr04 NC_080390.1:3795274-3795288promoter 内 3974-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3795301-3796462(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGAATAGATCTGCT
SmilChr04G000420 Chr04 NC_080390.1:4461038-4461052promoter 内 3958-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4461081-4462226(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGAATAGATCTGCT
SmilChr01G000690 Chr01 NC_080387.1:15432378-15432392promoter 内 3914-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 15426418-15432305(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGCTGGGATCTGAT
SmilChr01G002994 Chr01 NC_080387.1:48862836-48862850promoter 内 3898-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48859269-48862747(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCATCTAAATCTGAA
SmilChr03G000355 Chr03 NC_080389.1:3977132-3977146promoter 内 3857-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3977276-3978322(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGAATAGATCTGCT
SmilChr02G003283 Chr02 NC_080388.1:54136764-54136778promoter 内 3848-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54136917-54140515(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATCATGGATCTGAA
SmilChr01G005416 Chr01 NC_080387.1:71376377-71376391promoter 内 3810-3824 bp - 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71373066-71376200(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAATAGATCTACA
SmilChr01G005598 Chr01 NC_080387.1:72590563-72590577promoter 内 3798-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72589418-72590374(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAATGGATCTGAA
SmilChr04G001958 Chr04 NC_080390.1:31791579-31791593promoter 内 3781-3795 bp - 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31790335-31791373(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTGTAGATCTGTT
SmilChr01G005564 Chr01 NC_080387.1:72442375-72442389promoter 内 3734-3748 bp + 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72440327-72442122(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTACAATT
SmilChr02G005236 Chr02 NC_080388.1:73550122-73550136promoter 内 3696-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73550427-73555379(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTATACAC
SmilChr03G000359 Chr03 NC_080389.1:4026985-4026999promoter 内 3693-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 4025434-4026691(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCTAGATCCGCC
SmilChr03G002197 Chr03 NC_080389.1:34587532-34587546promoter 内 3686-3700 bp + 301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 34585683-34587231(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGAGATCTAAAGTT
SmilChr03G004018 Chr03 NC_080389.1:59170106-59170120promoter 内 3678-3692 bp + 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 59170429-59175337(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTGTAGATCTGTT
SmilChr04G003826 Chr04 NC_080390.1:54363042-54363056promoter 内 3670-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54363373-54365077(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGAGATCTAAAGTT
SmilChr03G003525 Chr03 NC_080389.1:53852724-53852738promoter 内 3669-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53850877-53852406(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTTGT
SmilChr01G002275 Chr01 NC_080387.1:39521912-39521926promoter 内 3572-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 39522341-39524619(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTAGATCGAGA
SmilChr04G000876 Chr04 NC_080390.1:11116937-11116951promoter 内 3538-3552 bp + 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11117400-11120160(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTATAGATCTCAT
SmilChr02G000054 Chr02 NC_080388.1:710835-710849promoter 内 3491-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 709977-710339(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGTGTAGATCTGCG
SmilChr02G004040 Chr02 NC_080388.1:62716623-62716637promoter 内 3342-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 62717282-62719057(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAAGATCTATATTT
SmilChr02G002871 Chr02 NC_080388.1:48905931-48905945promoter 内 3320-3334 bp + 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 48893646-48905264(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTACATGA
SmilChr02G005079 Chr02 NC_080388.1:72428914-72428928promoter 内 3312-3326 bp + 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72421915-72428239(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAATGCA
SmilChr03G001501 Chr03 NC_080389.1:18356482-18356496promoter 内 3295-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 18355401-18355790(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTACAATT
SmilChr02G003711 Chr02 NC_080388.1:58688790-58688804promoter 内 3284-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58689507-58689580(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTGATAGATCTGGA
SmilChr03G003577 Chr03 NC_080389.1:54383763-54383777promoter 内 3254-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54379225-54383030(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAAGATCTAATTTT
SmilChr04G003047 Chr04 NC_080390.1:47010209-47010223promoter 内 3254-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 47004320-47009476(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCGTCACA
SmilChr03G000948 Chr03 NC_080389.1:10751742-10751756promoter 内 3207-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 10752536-10754032(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTATTCGC