转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 107 / 144 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000662 Chr03 NC_080389.1:7409412-7409424promoter 内 3548-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 7405691-7408971(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr01G002418 Chr01 NC_080387.1:41620933-41620945promoter 内 3535-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 41617606-41620479(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr02G002516 Chr02 NC_080388.1:43659995-43660007promoter 内 3439-3451 bp + 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 43657037-43659445(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr01G000183 Chr01 NC_080387.1:3142975-3142987promoter 内 3376-3388 bp - 613 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 3143600-3146417(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr03G001324 Chr03 NC_080389.1:15491244-15491256promoter 内 3296-3308 bp + 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 15491949-15495918(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAAAT
SmilChr01G001027 Chr01 NC_080387.1:21415044-21415056promoter 内 3194-3206 bp - 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 21415851-21418013(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr03G000483 Chr03 NC_080389.1:5139559-5139571promoter 内 3127-3139 bp + 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 5133232-5138697(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAGGTTGACTAAT
SmilChr02G003918 Chr02 NC_080388.1:61273221-61273233promoter 内 2957-2969 bp + 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 61266207-61272189(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr03G004382 Chr03 NC_080389.1:62025841-62025853promoter 内 2955-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 62026887-62029727(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAACCAA
SmilChr03G001494 Chr03 NC_080389.1:18230007-18230019promoter 内 2933-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 18231075-18233159(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAAAT
SmilChr03G000693 Chr03 NC_080389.1:7737308-7737320promoter 内 2836-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 7738473-7743080(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGCAGTCAACCCG
SmilChr04G000772 Chr04 NC_080390.1:9487841-9487853promoter 内 2668-2680 bp + 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 9485336-9486520(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CGGGTTGACTGCT
SmilChr01G001351 Chr01 NC_080387.1:26787227-26787239promoter 内 2338-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 26788890-26794211(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGCAGTCAACCCG
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15070177-15070189promoter 内 2258-2270 bp - 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 15071920-15075086(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr01G000181 Chr01 NC_080387.1:3133189-3133201promoter 内 2035-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 3129296-3131235(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAAAT
SmilChr02G000192 Chr02 NC_080388.1:2408755-2408767promoter 内 1832-1844 bp + 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 2410924-2412487(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TATAGTCAACAAT
SmilChr02G004361 Chr02 NC_080388.1:65884642-65884654promoter 内 1828-1840 bp + 2161 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 65886815-65891848(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACAAGTCAACTTT
SmilChr02G002591 Chr02 NC_080388.1:45056864-45056876promoter 内 1688-1700 bp + 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 45059177-45060382(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAAAT
SmilChr02G002396 Chr02 NC_080388.1:41857821-41857833promoter 内 1611-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 41860211-41863413(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGGAGTCAACAAC
SmilChr01G001026 Chr01 NC_080387.1:21415044-21415056promoter 内 1434-1446 bp - 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 21412190-21412489(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAAAT
SmilChr01G002726 Chr01 NC_080387.1:45618355-45618367promoter 内 1378-1390 bp - 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 45620978-45622168(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CGGGTTGACTGCT
SmilChr01G000983 Chr01 NC_080387.1:20839156-20839168promoter 内 1202-1214 bp + 2787 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 20841955-20843842(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAAAT
SmilChr04G001452 Chr04 NC_080390.1:23874144-23874156promoter 内 915-927 bp - 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 23868397-23871070(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAAAAT
SmilChr03G003997 Chr03 NC_080389.1:59011160-59011172promoter 内 787-799 bp - 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 59014374-59017640(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTGTTTGACTTTG
SmilChr03G004158 Chr03 NC_080389.1:60359155-60359167promoter 内 668-680 bp - 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 60362488-60378219(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CGGGTTGACTGCT
SmilChr04G000267 Chr04 NC_080390.1:2433625-2433637promoter 内 432-444 bp + 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 2426574-2430068(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAGTTGACTTGT
SmilChr02G005530 Chr02 NC_080388.1:75366825-75366837promoter 内 377-389 bp + 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 75359946-75363213(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTAGTTGACTATG
SmilChr03G000466 Chr03 NC_080389.1:5004020-5004032promoter 内 132-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 4977151-5000163(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr03G002119 Chr03 NC_080389.1:32936532-32936544promoter 内 3978-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 32933148-32936521(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr04G000912 Chr04 NC_080390.1:11865447-11865459promoter 内 3976-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11858716-11865434(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGCAGTCAACAGT
SmilChr02G002493 Chr02 NC_080388.1:43370956-43370968promoter 内 3972-3984 bp + 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43367254-43370939(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TGAGTTGACTTCA
SmilChr04G001320 Chr04 NC_080390.1:21285811-21285823promoter 内 3954-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 21283386-21285776(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr03G001442 Chr03 NC_080389.1:17193433-17193445promoter 内 3943-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 17190121-17193387(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr02G000940 Chr02 NC_080388.1:16392085-16392097promoter 内 3931-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16388761-16392027(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr03G004319 Chr03 NC_080389.1:61562353-61562365promoter 内 3930-3942 bp - 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61544876-61562294(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAACCAA
SmilChr02G004696 Chr02 NC_080388.1:69295315-69295327promoter 内 3921-3933 bp - 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69295395-69295793(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTCTTTGACTTAC
SmilChr03G004506 Chr03 NC_080389.1:63156945-63156957promoter 内 3897-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63156382-63156853(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCAAGTCAACCAA
SmilChr03G002064 Chr03 NC_080389.1:31500537-31500549promoter 内 3859-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31500679-31503818(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr03G000348 Chr03 NC_080389.1:3916228-3916240promoter 内 3831-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3916398-3917393(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGCAGTCAACAGT
SmilChr04G000436 Chr04 NC_080390.1:4622729-4622741promoter 内 3831-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4619364-4622571(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr03G004317 Chr03 NC_080389.1:61528010-61528022promoter 内 3779-3791 bp - 210 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61528232-62709468(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTGGTTGACTTGA
SmilChr03G000067 Chr03 NC_080389.1:768024-768036promoter 内 3734-3746 bp + 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 766367-767769(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAGTTGACTTGT
SmilChr01G005351 Chr01 NC_080387.1:70757444-70757456promoter 内 3721-3733 bp + 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70754586-70757176(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TCCGTTGACCAAA
SmilChr02G002467 Chr02 NC_080388.1:43051109-43051121promoter 内 3719-3731 bp - 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43051391-43054449(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr04G000352 Chr04 NC_080390.1:3335619-3335631promoter 内 3691-3703 bp - 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3335929-3339006(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr03G003305 Chr03 NC_080389.1:51244203-51244215promoter 内 3673-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 51244531-51247597(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr03G001623 Chr03 NC_080389.1:20827586-20827598promoter 内 3666-3678 bp + 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20825715-20827263(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTGTTGACTATA
SmilChr02G000127 Chr02 NC_080388.1:1736833-1736845promoter 内 3655-3667 bp + 334 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1733520-1736499(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT
SmilChr04G001034 Chr04 NC_080390.1:14688638-14688650promoter 内 3649-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14687242-14688298(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTCGTTGGCTTTC
SmilChr02G000309 Chr02 NC_080388.1:3893511-3893523promoter 内 3617-3629 bp - 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3893895-3896873(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ATTTTTGACTTTT